9cg3

Human kidney respiratory complex III

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 176.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-c1 complex subunit 8

物种未注明

UniProt O14949

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–82 链 N; UniProt 1–82 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 QCR8_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82 作者链 N; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82

Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

物种未注明

UniProt P47985

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–274 链 P; UniProt 1–274 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 UCRI_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–274; UniProt 1–274 作者链 P; PDB构建体 1–274; UniProt 1–274

Cytochrome b-c1 complex subunit 9

物种未注明

UniProt Q9UDW1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–63 链 Q; UniProt 1–63 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 QCR9_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–63; UniProt 1–63 作者链 Q; PDB构建体 1–63; UniProt 1–63

Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

物种未注明

UniProt P07919

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–91 链 R; UniProt 1–91 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 QCR6_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–91; UniProt 1–91 作者链 R; PDB构建体 1–91; UniProt 1–91

Cytochrome b-c1 complex subunit 7

物种未注明

UniProt P14927

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–111 链 S; UniProt 1–111 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 QCR7_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–111; UniProt 1–111 作者链 S; PDB构建体 1–111; UniProt 1–111

Cytochrome b-c1 complex subunit 10

物种未注明

UniProt O14957

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–56 链 T; UniProt 1–56 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 QCR10_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–56; UniProt 1–56 作者链 T; PDB构建体 1–56; UniProt 1–56

Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

物种未注明

UniProt P08574

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–325 链 U; UniProt 1–325 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 CY1_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–325; UniProt 1–325 作者链 U; PDB构建体 1–325; UniProt 1–325

Cytochrome b

物种未注明

UniProt P00156

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–380 链 V; UniProt 1–380 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYB_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–380; UniProt 1–380 作者链 V; PDB构建体 1–380; UniProt 1–380

Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

物种未注明

UniProt P22695

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–453 链 W; UniProt 1–453 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 (P31930) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QCR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 W; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453

Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

物种未注明

UniProt P31930

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:20-meric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–480 链 Y; UniProt 1–480 未记录 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 (O14949) Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 (P47985) Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 (Q9UDW1) Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial × 2 (P07919) Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 (P14927) Cytochrome b-c1 complex subunit 10 × 2 (O14957) Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 (P08574) Cytochrome b × 2 (P00156) Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 (P22695) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 QCR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–480; UniProt 1–480 作者链 Y; PDB构建体 1–480; UniProt 1–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cg3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cg3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cg3
沉积日期 deposition_date2024-06-28
结构标题 titleHuman kidney respiratory complex III
关键词 keywordshuman, kidney, respiratory complex III, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.83
零角强度 I(0) i02778630000.00
分子量 molecular_weight451770.0 kDa
排除体积 excluded_volume568900 ų
包络体积 envelope_volume812200 ų
水化壳体积 shell_volume122910 ų
包络直径 envelope_diameter172.5
壳层 Rg shell_rg59.19
包络 Rg envelope_rg52.36
形状 Rg shape_rg53.82
总 Rg total_rg54.01
总原子数 total_atoms31844
残基数 n_residues3994
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax176.6
Rg (实空间) rg_real54.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.25
I(0) (实空间) i0_real2.7790e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.86
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2780000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8852
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary67.0
偏度 Skewness skewness0.212
峰度 Kurtosis kurtosis-0.553
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha277800000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.794

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)