SAXSdb — 9cl3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Particulate methane monooxygenase gamma subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Particulate methane monooxygenase beta subunit × 3 （Q607G3） Particulate methane monooxygenase alpha subunit × 3 （G1UBD1） COPPER (II) ION × 9 (2R)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-heptadec-9-enoate × 57 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q603F1_METCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Ba； PDB构建体 1–239； UniProt 13–251 作者链 Bb； PDB构建体 1–239； UniProt 13–251 作者链 Bc； PDB构建体 1–239； UniProt 13–251

Particulate methane monooxygenase beta subunit

物种未注明

UniProt Q607G3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Particulate methane monooxygenase gamma subunit × 3 （Q603F1） Particulate methane monooxygenase alpha subunit × 3 （G1UBD1） COPPER (II) ION × 9 (2R)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-heptadec-9-enoate × 57 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMOA_METCA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Ca； PDB构建体 1–241； UniProt 6–246 作者链 Cb； PDB构建体 1–241； UniProt 6–246 作者链 Cc； PDB构建体 1–241； UniProt 6–246

Particulate methane monooxygenase alpha subunit

物种未注明

UniProt G1UBD1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Particulate methane monooxygenase gamma subunit × 3 （Q603F1） Particulate methane monooxygenase beta subunit × 3 （Q607G3） COPPER (II) ION × 9 (2R)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-heptadec-9-enoate × 57 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMOB_METCA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Aa； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414 作者链 Ab； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414 作者链 Ac； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cl3
沉积日期 deposition_date	2024-07-10
结构标题 title	Particulate methane monooxygenase in unwashed native membranes
关键词 keywords	membrane protein, metalloenzyme, monooxygenase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9cl3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9cl3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9cl3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.40 Å
Rg（电子密度）	40.21 Å
总 Rg	40.96 Å
原子数	27864
残基数	2586
排除体积	418010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9cl3__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Particulate methane monooxygenase gamma subunit
分子量 formula_weight	27954.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.25
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ba,Bb,Bc
原子数 atom_count	28437

EAPLLDKKWLTFALAIYTVFYLWVRWYEGVYGWSAGLDSFAPEFETYWMNFLYTEIVLEIVTASILWGYLWKTRDRNLAALTPREELRRNFTHLVWLVAYAWAIYWGASYFTEQDGTWHQTIVRDTDFTPSHIIEFYLSYPIYIITGFAAFIYAKTRLPFFAKGISLPYLVLVVGPFMILPNVGLNEWGHTFWFMEELFVAPLHYGFVIFGWLALAVMGTLTQTFYSFAQGGLGQSLCE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Particulate methane monooxygenase beta subunit
分子量 formula_weight	27855.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.18.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ca,Cb,Cc

SAVRSHAEAVQVSRTIDWMALFVVFFVIVGSYHIHAMLTMGDWDFWSDWKDRRLWVTVTPIVLVTFPAAVQSYLWERYRLPWGATVCVLGLLLGEWINRYFNFWGWTYFPINFVFPASLVPGAIILDTVLMLSGSYLFTAIVGAMGWGLIFYPGNWPIIAPLHVPVEYNGMLMSIADIQGYNYVRTGTPEYIRMVEKGTLRTFGKDVAPVSAFFSAFMSILIYFMWHFIGRWFSNERFLQS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Particulate methane monooxygenase alpha subunit
分子量 formula_weight	42832.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ab,Ac

HGEKSQAAFMRMRTIHWYDLSWSKEKVKINETVEIKGKFHVFEGWPETVDEPDVAFLNVGMPGPVFIRKESYIGGQLVPRSVRLEIGKTYDFRVVLKARRPGDWHVHTMMNVQGGGPIIGPGKWITVEGSMSEFRNPVTTLTGQTVDLENYNEGNTYFWHAFWFAIGVAWIGYWSRRPIFIPRLLMVDAGRADELVSATDRKVAMGFLAATILIVVMAMSSANSKYPITIPLQAGTMRGMKPLELPAPTVSVKVEDATYRVPGRAMRMKLTITNHGNSPIRLGEFYTASVRFLDSDVYKDTTGYPEDLLAEDGLSVSDNSPLAPGETRTVDVTASDAAWEVYRLSDIIYDPDSRFAGLLFFFDATGNRQVVQIDAPLIPSFM

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(2R)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-heptadec-9-enoate
分子量 formula_weight	704.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	573

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.59 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	86073

Particulate methane monooxygenase in unwashed native membranes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Particulate methane monooxygenase gamma subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Particulate methane monooxygenase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Particulate methane monooxygenase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9cl3__assembly_1__model_1

9cl3__assembly_1__model_1 | I(q)

9cl3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Particulate methane monooxygenase in unwashed native membranes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Particulate methane monooxygenase gamma subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Particulate methane monooxygenase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Particulate methane monooxygenase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9cl3__assembly_1__model_1

9cl3__assembly_1__model_1 | I(q)

9cl3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)