9cq5

Mn-bound RuBisCO from spinach with CABP inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cq5
沉积日期 deposition_date	2024-07-19
最后修订 last_revision	2025-02-05
结构标题 title	Mn-bound RuBisCO from spinach with CABP inhibitor
关键词 keywords	Carboxylase, Oxygenase, Inhibitor, Manganese, PHOTOSYNTHESIS, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.18 Å
零角强度 I(0) i0	4082520000.00
分子量 molecular_weight	535250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	667970 Å³
包络体积 envelope_volume	793030 Å³
水化壳体积 shell_volume	128640 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.3 Å
壳层 Rg shell_rg	59.73 Å
包络 Rg envelope_rg	45.97 Å
形状 Rg shape_rg	46.18 Å
总 Rg total_rg	46.54 Å
总原子数 total_atoms	37696
残基数 n_residues	4712
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.2 Å
Rg (实空间) rg_real	46.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4085000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8860
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.024
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.576
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3371000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.776

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	52849.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	38560

MSPQTETKASVEFKAGVKDYKLTYYTPEYETLDTDILAAFRVSPQPGVPPEEAGAAVAAESSTGTWTTVWTDGLTNLDRYKGRCYHIEPVAGEENQYICYVAYPLDLFEEGSVTNMFTSIVGNVFGFKALRALRLEDLRIPVAYVKTFQGPPHGIQVERDKLNKYGRPLLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENVNSQPFMRWRDRFLFCAEALYKAQAETGEIKGHYLNATAGTCEDMMKRAVFARELGVPIVMHDYLTGGFTANTTLSHYCRDNGLLLHIHRAMHAVIDRQKNHGMHFRVLAKALRLSGGDHIHSGTVVGKLEGERDITLGFVDLLRDDYTEKDRSRGIYFTQSWVSTPGVLPVASGGIHVWHMPALTEIFGDDSVLQFGGGTLGHPWGNAPGAVANRVALEACVQARNEGRDLAREGNTIIREATKWSPELAAACEVWKEIKFEFPAMDTV

Entity 2 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 2
分子量 formula_weight	14638.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P

MQVWPILNLKKYETLSYLPPLTTDQLARQVDYLLNNKWVPCLEFETDHGFVYREHHNSPGYYDGRYWTMWKLPMFGCTDPAQVLNELEECKKEYPNAFIRIIGFDSNREVQCISFIAYKPAGY

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	356.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	864

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	218.029 Å
晶胞边长 b length_b	218.893 Å
晶胞边长 c length_c	111.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	99.510 Å
R 因子 r_factor	0.1987
R_work r_work	0.1965
R_free r_free	0.2424

fit	/app/data/saxs_computation/cq/9cq5/9cq5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cq/9cq5/9cq5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cq/9cq5/9cq5.dat

Mn-bound RuBisCO from spinach with CABP inhibitor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)