9cqy

Azotobacter vinelandii Oxidized MoFeP (C2 symmetry) obtained using the SPT Labtech chameleon

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 121.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

物种未注明

UniProt P07328

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–492 链 C; UniProt 1–492 未记录 Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain × 2 (P07329) HCA 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 ICS iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon × 2 FE FE (III) ION × 2 CLF FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Samples were frozen with the SPT Labtech chameleon 分辨率 2.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、89 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NIFD_AZOVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492 作者链 C; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492

Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

物种未注明

UniProt P07329

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–523 链 D; UniProt 1–523 未记录 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain × 2 (P07328) HCA 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 ICS iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon × 2 FE FE (III) ION × 2 CLF FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Samples were frozen with the SPT Labtech chameleon 分辨率 2.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NIFK_AZOVI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–523; UniProt 1–523 作者链 D; PDB构建体 1–523; UniProt 1–523

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cqy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cqy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cqy
沉积日期 deposition_date2024-07-19
结构标题 titleAzotobacter vinelandii Oxidized MoFeP (C2 symmetry) obtained using the SPT Labtech chameleon
关键词 keywordsNitrogenase, FeMoCo, nitrogen, P-cluster, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.98
零角强度 I(0) i0798737000.00
分子量 molecular_weight229830.0 kDa
排除体积 excluded_volume285910 ų
包络体积 envelope_volume333810 ų
水化壳体积 shell_volume69945 ų
包络直径 envelope_diameter125.3
壳层 Rg shell_rg46.37
包络 Rg envelope_rg37.95
形状 Rg shape_rg37.98
总 Rg total_rg38.38
总原子数 total_atoms16021
残基数 n_residues1998
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.5
Rg (实空间) rg_real38.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81
I(0) (实空间) i0_real7.9870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal798800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8937
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary44.4
偏度 Skewness skewness0.251
峰度 Kurtosis kurtosis-0.547
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha253700000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.827

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)