9d6c

Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir and Bevirimat from enveloped virus like particles

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 168.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d6c
沉积日期 deposition_date	2024-08-14
结构标题 title	Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir and Bevirimat from enveloped virus like particles
关键词 keywords	HIV-1, Gag, CA-SP1, Inhibitor, virion assembly, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.50 Å
零角强度 I(0) i0	3527230000.00
分子量 molecular_weight	486860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	603850 Å³
包络体积 envelope_volume	915310 Å³
水化壳体积 shell_volume	133350 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.7 Å
壳层 Rg shell_rg	62.37 Å
包络 Rg envelope_rg	53.44 Å
形状 Rg shape_rg	54.46 Å
总 Rg total_rg	54.83 Å
总原子数 total_atoms	33972
残基数 n_residues	4176
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.5 Å
Rg (实空间) rg_real	54.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5270e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3530000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8573
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	210800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.397

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Gag
分子量 formula_weight	25700.5 kDa
突变 mutation	T239I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	34620

QMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRVHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVIN

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	Lenacapavir
分子量 formula_weight	968.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 3 non-polymer

描述 description	3alpha-[(3-carboxy-3-methylbutanoyl)oxy]-8alpha,9beta,10alpha,13alpha,17alpha,19beta-lup-20(29)-en-28-oic acid
分子量 formula_weight	584.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	378

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1323040

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