9daw

STING oligomer bound to cGAMP, C53 and PI(3,5)P2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 108.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9daw
沉积日期 deposition_date	2024-08-22
结构标题 title	STING oligomer bound to cGAMP, C53 and PI(3,5)P2
关键词 keywords	STING, oligomer, PI(3, 5)P2, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-ACTIVATOR complex; SIGNALING PROTEIN/ACTIVATOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.64 Å
零角强度 I(0) i0	324703000.00
分子量 molecular_weight	149290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	188560 Å³
包络体积 envelope_volume	245300 Å³
水化壳体积 shell_volume	57478 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.0 Å
壳层 Rg shell_rg	42.53 Å
包络 Rg envelope_rg	34.04 Å
形状 Rg shape_rg	34.65 Å
总 Rg total_rg	35.18 Å
总原子数 total_atoms	21080
残基数 n_residues	1286
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	324700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8995
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.468
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	67130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Stimulator of interferon genes protein
分子量 formula_weight	39553.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	21080

MPHSSLHPSIPCPRGHGAQKAALVLLSACLVTLWGLGEPPEHTLRYLVLHLASLQLGLLLNGVCSLAEELRHIHSRYRGSYWRTVRACLGCPLRRGALLLLSIYFYYSLPNAVGPPFTWMLALLGLSQALNILLGLKGLAPAEISAVCEKGNFNVAHGLAWSYYIGYLRLILPELQARIRTYNQHYNNLLRGAVSQRLYILLPLDCGVPDNLSMADPNIRFLDKLPQQTGDRAGIKDRVYSNSIYELLENGQRAGTCVLEYATPLQTLFAMSQYSQAGFSREDRLEQAKLFCRTLEDILADAPESQNNCRLIAYQEPADDSSFSLSQEVLRHLRQEEKEEVTVGTSSGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl di[(9Z)-octadec-9-enoate] ;
分子量 formula_weight	1023.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	cGAMP
分子量 formula_weight	674.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1-[(2-chloro-6-fluorophenyl)methyl]-3,3-dimethyl-2-oxo-N-[(2,4,6-trifluorophenyl)methyl]-2,3-dihydro-1H-indole-6-carboxamide
分子量 formula_weight	490.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	219323

fit	/app/data/saxs_computation/da/9daw/9daw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/9daw/9daw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/9daw/9daw.dat