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9dgp

Motor domain of dynein-1 complex on microtubules

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 161.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

物种未注明

UniProt A0A480I0V8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–4646 未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9DGP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9DGQ Structure of dynein-1 on microtubules 提交 2024-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 m 1–4646（4646 aa）
链 n 1–4646（4646 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
9DGR Composite structure of dynein-dynactin on microtubules 提交 2024-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric
链 e 1–4646（4646 aa）
链 f 1–4646（4646 aa）
链 m 1–4646（4646 aa）
链 n 1–4646（4646 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.00 Å
9DGS Dynactin and dynein tail region of dynein-dynactin complex on microtubules 提交 2024-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 e 1–4646（4646 aa）
链 f 1–4646（4646 aa）
链 m 1–4646（4646 aa）
链 n 1–4646（4646 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9DGT structure of dynactin, dynein tail with one BICDR from dynein-dynactin-BICDR on microtubules 提交 2024-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 e 1–4646（4646 aa）
链 f 1–4646（4646 aa）
链 m 1–4646（4646 aa）
链 n 1–4646（4646 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
9DGU structure of dynactin, dynein tail with two BICDR from dynein-dynactin-BICDR on microtubules 提交 2024-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：37-meric
链 e 1–4646（4646 aa）
链 f 1–4646（4646 aa）
链 m 1–4646（4646 aa）
链 n 1–4646（4646 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
9DGV structure of dynactin, dynein tail with TRAK2 from dynein-dynactin-TRAK2 on microtubules 提交 2024-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 e 1–4646（4646 aa）
链 f 1–4646（4646 aa）
链 m 1–4646（4646 aa）
链 n 1–4646（4646 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A480I0V8_PIG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–4646； UniProt 1–4646

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9dgp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9dgp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9dgp
沉积日期 deposition_date2024-09-03
结构标题 titleMotor domain of dynein-1 complex on microtubules
关键词 keywordsdynein, microtubule, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.42 Å
零角强度 I(0) i01725700000.00
分子量 molecular_weight349370.0 kDa
排除体积 excluded_volume438630 ų
包络体积 envelope_volume619520 ų
水化壳体积 shell_volume102830 ų
包络直径 envelope_diameter175.8 Å
壳层 Rg shell_rg56.24 Å
包络 Rg envelope_rg47.19 Å
形状 Rg shape_rg48.43 Å
总 Rg total_rg48.67 Å
总原子数 total_atoms24577
残基数 n_residues3037
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax161.2 Å
Rg (实空间) rg_real48.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1726000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8758
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary65.5 Å
偏度 Skewness skewness0.184
峰度 Kurtosis kurtosis-0.326
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha201000000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.884
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)