9djz

CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 182.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein heavy chain, cytoplasmic

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1218–4092	未记录	Nuclear distribution protein PAC1 × 2 （P39946） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DJZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QMZ Crystal structure of the cytoplasmic dynein heavy chain motor domain 提交 2011-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1364–4092（2729 aa）片段：unp residues 1364-4092	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；16% PEG3350, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.7	分辨率 6.00 Å R-free 0.430
3QMZ Crystal structure of the cytoplasmic dynein heavy chain motor domain 提交 2011-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1364–4092（2729 aa）片段：unp residues 1364-4092	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；16% PEG3350, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.7	分辨率 6.00 Å R-free 0.430
4AI6 Dynein Motor Domain - ADP complex 提交 2012-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1364–3038（1675 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 A 3292–4092（801 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 B 1364–3038（1675 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 B 3292–4092（801 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.40 Å R-free 0.303
4AKG Dynein Motor Domain - ATP complex 提交 2012-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1364–3038（1675 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 A 3292–4092（801 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 B 1364–3038（1675 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 B 3292–4092（801 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å R-free 0.305
4AKH Dynein Motor Domain - AMPPNP complex 提交 2012-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1364–3038（1675 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 A 3292–4092（801 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å R-free 0.302
4AKH Dynein Motor Domain - AMPPNP complex 提交 2012-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1364–3038（1675 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 B 3292–4092（801 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å R-free 0.302
4AKI Dynein Motor Domain - LuAc derivative 提交 2012-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1364–3038（1675 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 A 3292–4092（801 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 B 1364–3038（1675 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092 链 B 3292–4092（801 aa）片段：RESIDUES 1-218,1364-3038,3292-4092	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.70 Å R-free 0.289
4W8F Crystal structure of the dynein motor domain in the AMPPNP-bound state 提交 2014-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1364–3038（1675 aa）链 A 3292–4092（801 aa）	突变：E1849Q 突变：E1849Q	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；4-10% PEG 3350 and 200-300 mM NaAc	分辨率 3.54 Å R-free 0.262
4W8F Crystal structure of the dynein motor domain in the AMPPNP-bound state 提交 2014-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1364–3038（1675 aa）链 B 3292–4092（801 aa）	突变：E1849Q 突变：E1849Q	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；4-10% PEG 3350 and 200-300 mM NaAc	分辨率 3.54 Å R-free 0.262
4W8F Crystal structure of the dynein motor domain in the AMPPNP-bound state 提交 2014-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1364–3038（1675 aa）链 A 3292–4092（801 aa）链 B 1364–3038（1675 aa）链 B 3292–4092（801 aa）	突变：E1849Q 突变：E1849Q 突变：E1849Q 突变：E1849Q	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 8 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；4-10% PEG 3350 and 200-300 mM NaAc	分辨率 3.54 Å R-free 0.262
5AFR N-terminal fragment of dynein heavy chain 提交 2015-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–557（557 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT OF TAIL DOMAIN, RESIDUES 1-557 链 B 1–557（557 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT OF TAIL DOMAIN, RESIDUES 1-557	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.00 Å R-free 0.437
5VH9 Cryo-EM structure of yeast cytoplasmic dynein-1 with Lis1 and ATP 提交 2017-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1448–3028（1581 aa）片段：UNP residues 1448-3028,3298-4092 链 A 3298–4092（795 aa）片段：UNP residues 1448-3028,3298-4092	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
5VLJ Cryo-EM structure of yeast cytoplasmic dynein with Walker B mutation at AAA3 in presence of ATP-VO4 提交 2017-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1448–3028（1581 aa）片段：UNP residues 1448-3028,3298-4092 链 A 3298–4092（795 aa）片段：UNP residues 1448-3028,3298-4092	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.50 Å
6KIO Complex of yeast cytoplasmic dynein MTBD-High and MT without DTT 提交 2019-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 3095–3224（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.94 Å
6KIQ Complex of yeast cytoplasmic dynein MTBD-High and MT with DTT 提交 2019-07-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 3095–3224（130 aa）	突变：I3101C, V3222C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；DTT was added to the final concentration of 1 mM. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
6KJN The microtubule-binding domains of yeast cytoplasmic dynein in the high affinity state 提交 2019-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3095–3232（138 aa）	突变：I3101C, V3222C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1 NMR样品组成 0.75 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cytoplasmic dynein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.75 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cytoplasmic dynein, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6KJO The microtubule-binding domains of yeast cytoplasmic dynein in the low affinity state 提交 2019-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3095–3232（138 aa）片段：The microtubule-binding domain	突变：S3097C, V3222C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1 NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] The microtubule-binding domain of cytoplasmic dynein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] The microtubule-binding domain of cytoplasmic dynein, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
7MI1 X-ray structure of yeast dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound (compound 20) 提交 2021-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1364–3038（1675 aa）链 A 3292–4092（801 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Bis-Tris pH 6.9, 200 mM sodium acetate, 12% PEG 3350, and 10 mM TCEP	分辨率 4.50 Å R-free 0.320
7MI3 Signal subtracted reconstruction of AAA2, AAA3, and AAA4 domains of dynein in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound, Model 4 提交 2021-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1364–3038（1675 aa）链 A 3292–4092（801 aa）	未记录	ZG7 (8S)-6-(3-bromophenoxy)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclopropyl]-7-hydroxypyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonitrile × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7MI6 Yeast dynein motor domain in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound, Model 1 提交 2021-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1364–3038（1675 aa）链 A 3292–4092（801 aa）	突变：E1849Q 突变：E1849Q	ZG7 (8S)-6-(3-bromophenoxy)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclopropyl]-7-hydroxypyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonitrile × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7MI8 Signal subtracted reconstruction of AAA5 and AAA6 domains of dynein in the presence of a pyrazolo-pyrimidinone-based compound, Model 5 提交 2021-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1364–3038（1675 aa）链 A 3292–4092（801 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9DI3 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9DIU CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9DJ7 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1218–4092（2875 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9DJU CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9DJY CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-07	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9DK0 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1218–4092（2875 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9DKD CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-08	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9DKE CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-08	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9DKH CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-08	聚集状态不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1218–4092（2875 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9DKJ CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1218–4092（2875 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9DKM CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9DKX CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9DLD CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9DLE CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-10	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9DMW CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-16	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9DN5 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-16	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9DN7 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-16	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9DNB CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-17	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1219–4092（2874 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9MFV Motor domain with Apo AAA1 and ADP AAA3 from yeast full-length dynein-1 in 0.1 mM ATP condition 提交 2024-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4092（4092 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9MFW Motor domain with ADP AAA1 and ADP AAA3 from yeast full-length dynein-1 in 0.1 mM ATP condition 提交 2024-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4092（4092 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9MFX Motor domain alone with Apo AAA1 and ADP AAA3 from yeast full-length dynein-1 and Pac1 in 0.1 mM ATP condition 提交 2024-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4092（4092 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9MFY Motor domain-Pac1 complex with ADP AAA1 and Apo AAA3 from yeast full-length dynein-1 and Pac1 in 0.1 mM ATP condition 提交 2024-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4092（4092 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 39 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DYHC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–2875； UniProt 1218–4092

Nuclear distribution protein PAC1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P39946

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–494 链 C； UniProt 1–494	未记录	Dynein heavy chain, cytoplasmic × 1 （P36022） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DJZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7MGM Structure of yeast cytoplasmic dynein with AAA3 Walker B mutation bound to Lis1 提交 2021-04-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8DZZ Cryo-EM structure of chi dynein bound to Lis1 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）链 E 1–494（494 aa）链 F 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8E00 Symmetry expansion of yeast cytoplasmic dynein-1 bound to Lis1 in the chi conformation. 提交 2022-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9DJ7 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9DJU CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9DK0 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9DKH CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9DKM CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9DKX CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–494（494 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9DLD CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9DLE CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9DMW CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-16	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9DN5 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9DN7 CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-16	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9DNB CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1. 提交 2024-09-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–494（494 aa）链 C 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM TrisHCl [pH 8.0], 150 mM KOAc, 2 mM MgOAc, 1mM EGTA, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9MFY Motor domain-Pac1 complex with ADP AAA1 and Apo AAA3 from yeast full-length dynein-1 and Pac1 in 0.1 mM ATP condition 提交 2024-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–494（494 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIS1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–495； UniProt 1–494 作者链 C； PDB构建体 2–495； UniProt 1–494

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9djz
沉积日期 deposition_date	2024-09-07
结构标题 title	CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1.
关键词 keywords	Enzyme, AAA protein, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.34 Å
零角强度 I(0) i0	1573050000.00
分子量 molecular_weight	339190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	427250 Å³
包络体积 envelope_volume	632170 Å³
水化壳体积 shell_volume	97265 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.7 Å
壳层 Rg shell_rg	57.56 Å
包络 Rg envelope_rg	52.56 Å
形状 Rg shape_rg	54.36 Å
总 Rg total_rg	54.36 Å
总原子数 total_atoms	23913
残基数 n_residues	3047
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	182.5 Å
Rg (实空间) rg_real	54.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1573000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8733
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.422
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	149000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.669

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dynein heavy chain, cytoplasmic
分子量 formula_weight	331525.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23913

GDQLTHVVEEVKTYDLVWRSIKNLWEDVQRTFETPWCRVDVLLLQSDLANFLRRADELPRAVKQFEMYKSLFSQVNMLTSVNKILVELKDGALKPRHWNMIFRDIGKRQIQKNLLDKLEFSLKDVMVLNLTLNEILLTKIIERAQKEFVIEKSLNRIKKFWKEAQYEVIEHSSGLKLVREWDVLEQACKEDLEELVSMKASNYYKIFEQDCLDLESKLTKLSEIQVNWVEVQFYWLDLYGILGENLDIQNFLPLETSKFKSLTSEYKMITTRAFQLDTTIEVIHIPNFDTTLKLTIDSLKMIKSSLSTFLERQRRQFPRFYFLGNDDLLKIIGSGKHHDQVSKFMKKMFGSIESIIFFEDSITGVRSVEGEVLNLNEKIELKDSIQAQEWLNILDTEIKLSVFTQFRDCLGQLKDGTDIEVVVSKYIFQAILLSAQVMWTELVEKCLQTNEFSKYWKEVDMKIKGLLDKLNKSSDNVKKKIEALLVEYLHFNNVIGQLKNCSTKEEARLLWAKVQKFYQKNDTLDDLNSVFISQSGYLLQYKFEYIGIPERLIYTPLLLVGFATLTDSLHQKYGGCFFGPAGTGKTETVKAFGQNLGRVVVVFNCDDSFDYQVLSRLLVGITQIGAWGCFDEFNRLDEKVLSAVSANIQQIQNGLQVGKSHITLLEEETPLSPHTAVFITLNPGYNGRSELPENLKKSFREFSMKSPQSGTIAEMILQIMGFEDSKSLASKIVHFLELLSSKCSSMNHYHFGLRTLKGVLRNCSPLVSEFGEGEKTVVESLKRVILPSLGDTDELVFKDELSKIFDSAGTPLNSKAIVQCLKDAGQRSGFSMSEEFLKKCMQFYYMQKTQQALILVGKAGCGKTATWKTVIDAMAIFDGHANVVYVIDTKVLTKESLYGSMLKATLEWRDGLFTSILRRVNDDITGTFKNSRIWVVFDSDLDPEYVEAMNSVLDDNKILTLPNGERLPIPPNFRILFETDNLDHTTPATITRCGLLWFSTDVCSISSKIDHLLNKSYEALDNKLSMFELDKLKDLISDSFDMASLTNIFTCSNDLVHILGVRTFNKLETAVQLAVHLISSYRQWFQNLDDKSLKDVITLLIKRSLLYALAGDSTGESQRAFIQTINTYFGHDSQELSDYSTIVIANDKLSFSSFCSEIPSVSLEAHEVMRPDIVIPTIDTIKHEKIFYDLLNSKRGIILCGPPGSGKTMIMNNALRNSSLYDVVGINFSKDTTTEHILSALHRHTNYVTTSKGLTLLPKSDIKNLVLFCDEINLPKLDKYGSQNVVLFLRQLMEKQGFWKTPENKWVTIERIHIVGACNPPTDPGRIPMSERFTRHAAILYLGYPSGKSLSQIYEIYYKAIFKLVPEFRSYTEPFARASVHLYNECKARYSTGLQSHYLFSPRELTRLVRGVYTAINTGPRQTLRSLIRLWAYEAWRIFADRLVGVKEKNSFEQLLYETVDKYLPNQDLGNISSTSLLFSGLLSLDFKEVNKTDLVNFIEERFKTFCDEELEVPMVIHESMVDHILRIDRALKQVQGHMMLIGASRTGKTILTRFVAWLNGLKIVQPKIHRHSNLSDFDMILKKAISDCSLKESRTCLIIDESNILETAFLERMNTLLANADIPDLFQGEEYDKLLNNLRNKTRSLGLLLDTEQELYDWFVGEIAKNLHVVFTICDPTNNKSSAMISSPALFNRCIINWMGDWDTKTMSQVANNMVDVVPMEFTDFIVPEVNKELVFTEPIQTIRDAVVNILIHFDRNFYQKMKVGVNPRSPGYFIDGLRALVKLVTAKYQDLQENQRFVNVGLEKLNESVLKVNELNKTLSKKSTELTEKEKEARSTLDKMLMEQNESERKQEATEEIKKILKVQEEDIRKRKEVVMKSIQDIEPTILEAQRGVKNIKKQQLTEIRSMVNPPSGVKIVMEAVCAILGYQFSNWRDIQQFIRKDDFIHNIVHYDTTLHMKPQIRKYMEEEFLSDPNFTYETINRASKACGPLYQWVNAQINFSKVLENVDPLRQEMKRIEFESLKTKANLLAAEEMTQDLEASIEVSKQKYSLLIRDVEAIKTEMSNVQANLDRSISLVKSLTFEKERWLNTTKQFSKTSQELIGNCIISSIYETYFGHLNERERGDMLVILKRLLGKFAVKYDVNYRFIDYLVTLDEKMKWLECGLDKNDYFLENMSIVMNSQDAVPFLLDPSSHMITVISNYYGNKTVLLSFLEEGFVKRLENAVRFGSVVIIQDGEFFDPIISRLISREFNHAGNRVTVEIGDHEVDVSGDFKLFIHSCDPSGDIPIFLRSRVRLVHFVTNKESIETRIFDITLTEENAEMQRKREDLIKLNTEYRLKLKNLEKRLLEELNNSQGNMLENDELMVTLNNLKKEAMNIEKKLSESEEFFPQFDNLVEEYSIIGKHSVKIFSMLEKFGQFHWFYGISIGQFLSCFKRVFIKKSRETRAARTRVDEILWLLYQEVYCQFSTALDKKFKMIMAMTMFCLYKFDIESEQYKEAVLTMIGVLSESSDGVPKLTVDTNDDLRYLWDYVTTKSYISALNWFKNEFFVDEWNIADVVANSENNYFTMASERDVDGTFKLIELAKASKESLKIIPLGSIENLNYAQEEISKSKIEGGWILLQNIQMSLSWVKTYLHKHVEETKAAEEHEKFKMFMTCHLTGDKLPAPLLQRTDRVVYEDIPGILDTVKDLWGSQFFTGKISGVWSVYCTFLLSWFHALITARTRLVPHGFSKKYYFNDCDFQFASVYLENVLATNSTNNIPWAQVRDHIATIVYGGKIDEEKDLEVVAKLCAHVFCGSDNLQIVPGVRIPQPLLQQSEEEERARLTAILSNTIEPADSLSSWLQLPRESILDYERLQAKEVASSTEQLLQEM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear distribution protein PAC1
分子量 formula_weight	57030.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B

GMTNWQQQLPLTDTQKNELDKSVLRYLNWNYKQTVRHEHAQDYESVRHAIVTLSGFLLQESVDRQEFISNNDTSNESMVDIDELLLPKKWNSIVRLQKKIIELEQNTETLVSQIKDLNTQVSELAQFKPTTSNGTSAHNVLKWIPRNLPSCLINVESSVTSVKLHPNLPIVFVATDHGKLYAFDLFNYTIPLASLQSHTKAITSMDVLFTNYTNSSKKNYLVIVTASKDLQIHVFKWVSEECKFQQIRSLLGHEHIVSAVKIWQKNNDVHIASCSRDQTVKIWDFHNGWSLKTFQPHSQWVRSIDVLGDYIISGSHDTTLRLTHWPSGNGLSVGTGHEFPIEKVKFIHFIEDSPEIRFRTPSTDRYKNWGMQYCVSASRDRTIKIWEIPLPTLMAHRAPIPNPTDSNFRCVLTLKGHLSWVRDISIRGQYLFSCADDKSVRCWDLNTGQCLHVWEKLHTGFVNCLDLDVDFDSNVTPRQMMVTGGLDCKSNVFMR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	33037

fit	/app/data/saxs_computation/dj/9djz/9djz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dj/9djz/9djz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dj/9djz/9djz.dat

CryoEM structures of yeast cytoplasmic dynein in the presence of ATP and Lis1.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynein heavy chain, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear distribution protein PAC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)