9dry

CHIP U-box dimer bound to Fab 2F1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 180.4 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dry
沉积日期 deposition_date	2024-09-26
最后修订 last_revision	2025-03-12
结构标题 title	CHIP U-box dimer bound to Fab 2F1
关键词 keywords	E3 Ubiquitin Ligase, Fab, Epitope, Ubiquitination Inhibition, LIGASE, LIGASE-IMMUNE SYSTEM complex; LIGASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.95 Å
零角强度 I(0) i0	130178000.00
分子量 molecular_weight	57475.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56465 Å³
包络体积 envelope_volume	165480 Å³
水化壳体积 shell_volume	29960 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.80 Å
包络 Rg envelope_rg	54.07 Å
形状 Rg shape_rg	54.96 Å
总 Rg total_rg	54.45 Å
总原子数 total_atoms	6160
残基数 n_residues	1024
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.4 Å
Rg (实空间) rg_real	54.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	129800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.3880
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.594
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.624
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.267; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.017; Positv: 1.000; Valcen: 0.170; Smooth: 0.015

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
分子量 formula_weight	8626.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6160

DIPDYLCGKISFELMREPCITPSGITYDRKDIEEHLQRVGHFDPVTRSPLTQEQLIPNLAMKEVIDAFISENGWV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	2F1 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23432.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

QVQLQQWGAGLLKPSETLSLTCAVYGGSFSGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGGVGRVRGDSMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	2F1 Fab light chain
分子量 formula_weight	22929.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

PVLTQPPSVSKALRQTATLTCTGDSNNVGNRGAAWFLLHQGHPPKLLAYRNNDRPSGISERLSASRSGNTASLTITGLQPEDEADYYCSAWDSSLRVQVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	7.02 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16310

fit	/app/data/saxs_computation/dr/9dry/9dry.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dr/9dry/9dry.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dr/9dry/9dry.dat

CHIP U-box dimer bound to Fab 2F1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)