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9e3t

RTA-RUNT-165 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ricin A chain

Ricinus communis

UniProt P02879

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 36–302 片段：residues 40-294 A1BH4 (5M)-5-(2-ethyl-6-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Hepes pH 6.5 and 20% PEG 6000 分辨率 1.80 Å R-free 0.234
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 36–302 片段：residues 40-294 A1BH4 (5M)-5-(2-ethyl-6-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；100 mM Hepes pH 6.5 and 20% PEG 6000 分辨率 1.80 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E3T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BR5 RICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH NEOPTERIN 提交 1998-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 NEO NEOPTERIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.9；pH 8.9
分辨率 2.50 Å
1BR6 RICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH PTEROIC ACID 提交 1998-08-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–302（268 aa）
未记录 PT1 PTEROIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.9；pH 8.9
分辨率 2.30 Å
1IFS RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH ADENOSINE (ADENOSINE BECOMES ADENINE IN THE COMPLEX) 提交 1996-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–298（261 aa） 片段：A CHAIN
突变：I1M, F2V ADE ADENINE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1IFT RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) 提交 1996-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–298（261 aa） 片段：A CHAIN
突变：I1M, F2V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1IFU RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH FORMYCIN 提交 1996-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–298（261 aa） 片段：A CHAIN
突变：I1M, F2V FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1IL3 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 7-DEAZAGUANINE 提交 2001-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 7DG 7-DEAZAGUANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1IL4 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 9-DEAZAGUANINE 提交 2001-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 9DG 9-DEAZAGUANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 9-DEAZAGUANINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.293
1IL5 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE (DDP) 提交 2001-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 DDP 2,4-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1IL5 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE (DDP) 提交 2001-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–302（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1IL9 STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 8-METHYL-9-OXOGUANINE 提交 2001-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 MOG 5-AMINO-2-METHYL-6H-OXAZOLO[5,4-D]PYRIMIDIN-7-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；PEG 8000, TRIS-HCL, BETA-MERCAPTOETHANOL, EDTA, 8-METHYL-9-OXOGUANINE, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.306
1J1M Ricin A-Chain (Recombinant) at 100K 提交 2002-12-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
突变：N137D SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.9M Ammomium Sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.50 Å R-free 0.213
1OBS STRUCTURE OF RICIN A CHAIN MUTANT 提交 1996-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
突变：R180H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1OBT STRUCTURE OF RICIN A CHAIN MUTANT, COMPLEX WITH AMP 提交 1996-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
突变：R180H AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1RTC THE STRUCTURE OF RECOMBINANT RICIN A CHAIN AT 2.3 ANGSTROMS 提交 1992-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1UQ4 RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) R213D MUTANT 提交 2003-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–302（263 aa） 片段：A CHAIN, RESIDUES 40-302
突变：YES SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.2；SEE REFERENCE 1, pH 4.20
分辨率 1.90 Å R-free 0.231
1UQ5 RICIN A-CHAIN (RECOMBINANT) N122A MUTANT 提交 2003-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–302（263 aa） 片段：A CHAIN, RESIDUES 40-302
突变：YES ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.2；SEE REFERENCE 1, pH 4.20
分辨率 1.40 Å R-free 0.214
2AAI Crystallographic refinement of ricin to 2.5 Angstroms 提交 1993-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
2P8N Ricin a-chain (recombinant) complex with adenine 提交 2007-03-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：residues 36-302
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 ADE ADENINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；20% AMMONIUM SULFATE, 50 MIMILLIMOLAR SODIUM ACETATE, PH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 4.20
分辨率 1.94 Å R-free 0.301
2PJO Ricin a-chain (recombinant) complex with n-methylurea 提交 2007-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 NMU N-METHYLUREA × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K, pH 4.20
分辨率 1.80 Å R-free 0.247
2R2X Ricin A-chain (recombinant) complex with Urea 提交 2007-08-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 URE UREA × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；Ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.297
2R3D Ricin A-chain (recombinant) complex with Acetamide 提交 2007-08-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：Unp residues 36-302
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ACM ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；295 K；Ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.09 Å R-free 0.272
2VC3 Ricin A-Chain (Recombinant) E177D Mutant with a bound acetate 提交 2007-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：RESIDUES 36-302
突变：YES ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.2
分辨率 1.60 Å R-free 0.209
2VC4 Ricin A-Chain (Recombinant) E177D Mutant 提交 2007-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：RESIDUES 36-302
突变：YES GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.2
分辨率 1.39 Å R-free 0.199
3EJ5 complex of Ricin A chain and pyrimidine-based inhibitor 提交 2008-09-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 40–296（257 aa） 片段：sequence database residues 40-296
未记录 EJ5 4-[3-(2-amino-4-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-5-yl)propyl]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；277 K；tris-HCl, BME, EDTA, PEG 8000, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
3HIO Crystal structure of Ricin A-chain in complex with the cyclic tetranucleotide inhibitor, a transition state analogue 提交 2009-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 C2X 9,9'-{(2R,3R,3aR,5S,7aR,9R,10R,10aR,12S,23R,25aR,27R,28R,28aR,30S,32aR,35aR,37S,39aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-34-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-5,12,23,30,37-pentahydroxy-3,10,28-trimethoxy-5,12,23,30,37-pentaoxidotetracosahydro-2H,7H,25H-trifuro[3,2-f:3',2'-l:3'',2''-x]pyrrolo[3,4-r][1,3,5,9,11,15,17,21,23,27,29,2,4,10,16,22,28]undecaoxazapentaphosphacyclopentatriacontine-2,27-diyl}bis(2-amino-3,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；25% PEG2000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.254
3LC9 Ricin A-chain variant 1-33/44-198 with engineered disulfide bond 提交 2010-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–233（198 aa）
突变：R48C, T77C SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；Protein buffer: 50mM MES pH 6.4, 200mM NaCl Crystallization Solution: 0.17M Ammonium Sulfate, 25.5% w/v PEG 4000, 15% v/v Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.28 Å R-free 0.245
3MK9 Stabilized Ricin Immunogen 1-33/44-198 提交 2010-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–233（198 aa）
突变：V49C, E99C SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；Protein Buffer: 50mM MES pH 6.4, 200mM NaCl, 2mM BME, Crystallization Solution: 0.17M Ammonium Sulfate, 25.5% w/v PEG 4000, 15% v/v Glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.08 Å R-free 0.236
3RTI Crystal structure of ricin bound with formycin monophosphate 提交 2011-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：Ricin A chain
链 B 315–576（262 aa） 片段：Ricin B chain
未记录 FMP FORMYCIN-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 4.75；298 K；11.5% PEG 8000, 0.05 M sodium acetate, 2 mM lactose, pH 4.75, batch, temperature 298K
分辨率 2.80 Å
3RTJ Crystal structure of ricin bound with dinucleotide ApG 提交 2011-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 36–302（267 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 4.75；298 K；11.5% PEG 8000, 0.05 M sodium acetate, 2 mM lactose, pH 4.75, batch, temperature 298K
分辨率 3.00 Å
3SRP Structure of Rivax: A Human Ricin Vaccine 提交 2011-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
突变：V76M, Y80A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；290 K；30% Ammonium Sulfate, 50 mM Sodium Acetate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.14 Å R-free 0.254
4ESI Structure of ricin A chain bound with N-((1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl-2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2012-04-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 0RB 2-amino-4-oxo-N-(1H-1,2,3-triazol-5-ylmethyl)-1,4-dihydropteridine-7-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.87 Å R-free 0.285
4HUO Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 36–302（267 aa）
未记录 RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.52 Å R-free 0.230
4HUO Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 36–302（267 aa）
未记录 RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.52 Å R-free 0.230
4HUP Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 36–302（267 aa）
未记录 19M (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MLA MALONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.236
4HUP Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)-L-phenylalanyl)-L-phenylalanine 提交 2012-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 36–302（267 aa）
未记录 19M (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 4 MLA MALONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.236
4HV3 Structure of Ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonyl-L-serinyl)-L-tryptophan 提交 2012-11-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 19L (2S)-2-[[(2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-oxidanyl-propanoyl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.54 Å R-free 0.231
4HV7 Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)glycine 提交 2012-11-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 36–302（267 aa）
未记录 19J 2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]ethanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.87 Å R-free 0.236
4HV7 Structure of ricin A chain bound with N-(N-(pterin-7-yl)carbonylglycyl)glycine 提交 2012-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 36–302（267 aa）
未记录 19J 2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-1H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MLA MALONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.87 Å R-free 0.236
4IMV Ricin A-chain variant 1-33/44-198 with engineered disulfide bond, R48C/T77C/D75N 提交 2013-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–233（198 aa） 片段：unp residues 36-233
突变：R48C, T77C, D75N SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；290 K；0.17 M Ammonium Sulfate, 25.5% (w/v) Peg 4000, 15% Glycerol , pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.25 Å R-free 0.242
4KUC Crystal structure of ricin-A chain in complex with the antibody 6C2 提交 2013-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M Nacitrate,ph 5.0, 8% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.79 Å R-free 0.289
4KUC Crystal structure of ricin-A chain in complex with the antibody 6C2 提交 2013-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 36–302（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M Nacitrate,ph 5.0, 8% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.79 Å R-free 0.289
4LGP Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH1) 提交 2013-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–296（261 aa） 片段：UNP residues 36-296
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；100 mM Bicine, 20 % PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.281
4LGP Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH1) 提交 2013-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 36–296（261 aa） 片段：UNP residues 36-296
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；100 mM Bicine, 20 % PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.281
4LGR Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH3) 提交 2013-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–294（255 aa） 片段：UNP residues 40-294
未记录 ZN ZINC ION × 3 ACY ACETIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；293 K；100 mM NaAcetate, 200 mM Zinc Acetate, 10% PEG 3000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.204
4LGS Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH4) 提交 2013-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 39–301（263 aa） 片段：UNP residues 39-301
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM NaHepes, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
4LHJ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH5) 提交 2013-07-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 39–297（259 aa） 片段：UNP residues 39-297
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；293 K；100 mM NaAcetate, 200 mM NaCl, 40% PEG 300, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.250
4LHQ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH8) 提交 2013-07-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 39–298（260 aa） 片段：UNP residues 39-298
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；100 mM NaAcetate, 2 M NaFormate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
4LHQ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH8) 提交 2013-07-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 39–298（260 aa） 片段：UNP residues 39-298
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；100 mM NaAcetate, 2 M NaFormate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
4MX1 Structure of ricin A chain bound with 2-amino-4-oxo-N-(2-(3-phenylureido)ethyl)-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2013-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 1MX 2-amino-4-oxo-N-{2-[(phenylcarbamoyl)amino]ethyl}-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MLA MALONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.59 Å R-free 0.261
4MX5 Structure of ricin A chain bound with benzyl-(2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)ethyl)carbamate 提交 2013-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 36–302（267 aa）
未记录 5MX benzyl (2-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]amino}ethyl)carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.52 Å R-free 0.245
4Q2V Crystal Structure of Ricin A chain complexed with Baicalin inhibitor 提交 2014-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：Ricin A chain
未记录 0XE 5,6-dihydroxy-4-oxo-2-phenyl-4H-chromen-7-yl beta-D-glucopyranosiduronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, 10% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.243
4Z9K Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH2)(F5) 提交 2015-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 39–296（258 aa） 片段：UNP residues 39-296
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, 15% PEG 3000, 2 mM Zinc acetate, 10 mM sulfobetaine
分辨率 1.50 Å R-free 0.195
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 39–299（261 aa） 片段：UNP residues 39-298
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol
分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 39–299（261 aa） 片段：UNP residues 39-298
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol
分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 39–299（261 aa） 片段：UNP residues 39-298
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol
分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 39–299（261 aa） 片段：UNP residues 39-298
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol
分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 39–299（261 aa） 片段：UNP residues 39-298
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol
分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5BOZ Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH9)(E1) 提交 2015-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 39–299（261 aa） 片段：UNP residues 39-298
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 25% glycerol
分辨率 3.10 Å R-free 0.277
5DDZ Crystal structure of the RTA-c10-P2 complex 提交 2015-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.4 M ammonium dihydrogen phosphate
分辨率 1.50 Å R-free 0.175
5E1H Ricin toxin in complex with neutralizing single chain monoclonal antibodies (VHHs) 提交 2015-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–297（258 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；100 mM BisTris pH 5.5, 25% PEG 3000, 260 mM NaCl, and 10 mM Tris (2carboxyethyl)phosphine hydrochloride
分辨率 2.03 Å R-free 0.257
5GU4 rRNA N-glycosylase RTA 提交 2016-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：UNP residues 36-302
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2.8 M sodium acetate, tetrahydrate pH7.0 30%-35% glucose
分辨率 1.55 Å R-free 0.255
5GU4 rRNA N-glycosylase RTA 提交 2016-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 36–302（267 aa） 片段：UNP residues 36-302
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2.8 M sodium acetate, tetrahydrate pH7.0 30%-35% glucose
分辨率 1.55 Å R-free 0.255
5J56 RTA-V1C7 提交 2016-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：UNP residues 40-294
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM sodium acetate pH 4.6 and 8% PEG4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.210
5J57 V5E1-RTA complex 提交 2016-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：UNP residues 39-302
未记录 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM Tris pH 7.0 and 20% PEG 1000
分辨率 1.70 Å R-free 0.190
5SV3 RTA1-33/44-198 (RVEC) bound to Single Domain Antibody A3C8 提交 2016-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 36–233（198 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.73 Å R-free 0.267
5SV3 RTA1-33/44-198 (RVEC) bound to Single Domain Antibody A3C8 提交 2016-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 36–233（198 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.73 Å R-free 0.267
5U4L RTA-V1C7_G29R-high-salt 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：residues 36-302
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；1.6 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% glycerol, and 100 mM Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.257
5U4M RTA-V1C7-G29R-no_salt 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–294（255 aa） 片段：residues 40-294
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；295 K；8% PEG 4000 and 100 mM sodium acetate pH 4.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.246
6CWG Ricin catalytic subunit bound go A9 VHH antibody 提交 2018-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；200 mM Lithiuim sulfate, 100 mM CAPS pH 10.5, 2 M Ammonium sulfate
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
6CWG Ricin catalytic subunit bound go A9 VHH antibody 提交 2018-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 36–302（267 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；200 mM Lithiuim sulfate, 100 mM CAPS pH 10.5, 2 M Ammonium sulfate
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
6OBC Ricin A chain bound to camelid 提交 2019-03-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–298（259 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；100 mM Tris (pH 7.0), 200 mM calcium acetate, and 20% PEG 3,000
分辨率 1.76 Å R-free 0.227
6OBE Ricin A chain bound to VHH antibody V6H8 提交 2019-03-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–302（265 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302
未记录 NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；100 mM citric acid and 15% PEG
分辨率 1.73 Å R-free 0.208
6OBG Ricin A chain bound to VHH antibody V8E6 提交 2019-03-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–296（257 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-296
未记录 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 170 mM zinc acetate, 6% PEG 8,000, and 0.5% ethyl acetate
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
6OBG Ricin A chain bound to VHH antibody V8E6 提交 2019-03-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–296（257 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-296
未记录 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 170 mM zinc acetate, 6% PEG 8,000, and 0.5% ethyl acetate
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
6OBM Ricin A chain bound to VHH antibody V6A7 提交 2019-03-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–298（259 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；200 mM potassium sulfate and 20% PEG 3,350
分辨率 2.50 Å R-free 0.261
6OBO Ricin A chain bound to VHH antibody V6A6 提交 2019-03-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–296（257 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 3 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；100 mM imidazole (pH 8.0), 200 mM calcium acetate, and 15% PEG 8,000
分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6OBO Ricin A chain bound to VHH antibody V6A6 提交 2019-03-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–296（257 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-298
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；100 mM imidazole (pH 8.0), 200 mM calcium acetate, and 15% PEG 8,000
分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6OCA Ricin A chain bound to VHH antibody V2G10 提交 2019-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–302（265 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；100 mM MES (pH 5.0) and 20% PEG 6,000
分辨率 2.11 Å R-free 0.246
6OCA Ricin A chain bound to VHH antibody V2G10 提交 2019-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 38–302（265 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 38-302
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；100 mM MES (pH 5.0) and 20% PEG 6,000
分辨率 2.11 Å R-free 0.246
6OCD Ricin A chain bound to VHH antibody V6D4 提交 2019-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–297（258 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-297
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 400 mM zinc acetate, and 11% PEG 8,000
分辨率 2.10 Å R-free 0.228
6OCD Ricin A chain bound to VHH antibody V6D4 提交 2019-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 40–297（258 aa） 片段：Toxin catalytic subunit, residues 40-297
未记录 ZN ZINC ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；100 mM MES (pH 6.0), 400 mM zinc acetate, and 11% PEG 8,000
分辨率 2.10 Å R-free 0.228
6URW Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 4-(2-thienylmethyl)benzoic acid 提交 2019-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 R7T 4-[(thiophen-2-yl)methyl]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Sodium Acetate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.235
6URX Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 5-phenyl-2-thiophenecarboxylic acid 提交 2019-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 JMG 5-phenylthiophene-2-carboxylic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Ammonium Iodide, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.99 Å R-free 0.218
6URY Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 9-oxo-4-fluorenecarboxamide 提交 2019-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 R6T 9-oxo-9H-fluorene-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 CL CHLORIDE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM Tris pH 7.0, 200 mM Magnesium Chloride, 2.5 M Sodium Chloride
分辨率 1.54 Å R-free 0.195
6URY Crystal structure of ricin A chain in complex with inhibitor 9-oxo-4-fluorenecarboxamide 提交 2019-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–302（267 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM Tris pH 7.0, 200 mM Magnesium Chloride, 2.5 M Sodium Chloride
分辨率 1.54 Å R-free 0.195
7KBI Ricin bound to VHH antibody V5E1 提交 2020-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–302（267 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；340 mM ammonium fluoride and 22% PEG 3,350.
分辨率 3.05 Å R-free 0.274
7KBK Ricin bound to VHH antibody V6E11 提交 2020-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–302（267 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200 mM sodium chloride 100 mM CHES pH 9.5, and 1.26 M ammonium sulfate.
分辨率 2.09 Å R-free 0.203
7KC9 Ricin bound to VHH antibody V5G1 提交 2020-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–302（267 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；200 mM zinc acetate, 20% PEG 3,350
分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KC9 Ricin bound to VHH antibody V5G1 提交 2020-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 36–302（267 aa）
链 E 315–576（262 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；200 mM zinc acetate, 20% PEG 3,350
分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KD0 Ricin bound to VHH antibody V2C11 提交 2020-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–302（267 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 GAL beta-D-galactopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM Zinc Acetate, 14% PEG 8,000, 22% Glycerol, 80 mM NaCaco pH 6.5, 3% D+Galactose
分辨率 2.77 Å R-free 0.255
7KD2 Ricin bound to VHH antibody V11B2 提交 2020-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–302（267 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200 mM Zinc Acetate, 100 mM MES pH 6.0, 10% PEG 8,000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
7KDM Ricin bound to VHH antibody V5G6 提交 2020-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 315–576（262 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4 M Sodium Formate
分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KDM Ricin bound to VHH antibody V5G6 提交 2020-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 315–576（262 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；4 M Sodium Formate
分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7KDU Ricin bound to VHH antibody V5E4 提交 2020-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 36–302（267 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；290 mM zinc Aaetate and 17% PEG 3,350
分辨率 2.81 Å R-free 0.294
7MLN Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(o-tolyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 ZJA 5-(2-methylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；24 %(w/v) PEG 1500, 20 %(w/v) Glycerol
分辨率 1.52 Å R-free 0.207
7MLO Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-mesitylthiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 ZJ7 5-(2,4,6-trimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50 mM Bis-Tris pH 6.5, 50 mM Ammonium Sulfate, 30 %(v/v) Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH)
分辨率 1.65 Å R-free 0.237
7MLO Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-mesitylthiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–302（267 aa）
未记录 ZJ7 5-(2,4,6-trimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50 mM Bis-Tris pH 6.5, 50 mM Ammonium Sulfate, 30 %(v/v) Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH)
分辨率 1.65 Å R-free 0.237
7MLP Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 ZJ4 5-(2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 200 mM Zinc Acetate, 10 %(w/v) PEG 3000
分辨率 1.78 Å R-free 0.213
7MLT Crystal structure of ricin A chain in complex with 5-(2-ethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2021-04-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 ZJD 5-(2-ethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM Magnesium Chloride, 16 %(w/v) PEG 4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.203
7TGF Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin. 提交 2022-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；298 K；100 mM sodium citrate pH 4.0, 30% PEG 6000, and 1 M lithium chloride
分辨率 1.35 Å R-free 0.181
7TGI Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；200 mM magnesium chloride, 20% PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.222
7TH2 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 11 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM MES pH 6.5, 200 mM sodium thiocyanate, 8% dioxane, 1740 mM ammonium sulfate
分辨率 1.84 Å R-free 0.187
7TH2 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 36–302（267 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 10 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；100 mM MES pH 6.5, 200 mM sodium thiocyanate, 8% dioxane, 1740 mM ammonium sulfate
分辨率 1.84 Å R-free 0.187
7TH3 Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin 提交 2022-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；418 mM ammonium chloride, 22% PEG 3350
分辨率 2.29 Å R-free 0.272
7XZS Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-L-tyrosine 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 I8T (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, lithium sulfate, sodium acetate
分辨率 1.50 Å R-free 0.243
7XZT Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-D-tyrosine 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 I9P (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.30 Å R-free 0.240
7XZU Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-L-phenylalanine 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 IEK (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.60 Å R-free 0.220
7XZW Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)-D-phenylalanine 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 IEW (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.45 Å R-free 0.244
7Y02 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-3-(4-fluorophenyl)propanoic acid 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 IEZ (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-3-(4-fluorophenyl)propanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.60 Å R-free 0.223
7Y03 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-2-phenylacetic acid 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 IF4 (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-2-phenyl-ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.35 Å R-free 0.238
7Y05 Crystal structure of Ricin A chain bound with (R)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-2-phenylacetic acid 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 IFH (2R)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-2-phenyl-ethanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.60 Å R-free 0.231
7Y06 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamido)-4-phenylbutanoic acid 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 IFQ (2S)-2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]-4-phenyl-butanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.35 Å R-free 0.235
7Y07 Crystal structure of Ricin A chain bound with (S)-2-amino-N-(1-hydroxy-3-phenylpropan-2-yl)-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carboxamide 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 IFX 2-azanyl-4-oxidanylidene-N-[(2S)-1-oxidanyl-3-phenyl-propan-2-yl]-3H-pteridine-7-carboxamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.25 Å R-free 0.234
7Y08 Crystal structure of Ricin A chain bound with (2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanine 提交 2022-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 RS8 N-[(2-amino-4-oxo-1,4-dihydropteridin-7-yl)carbonyl]glycyl-L-phenylalanine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；296 K；Ammonium sulfate, Sodium malonate
分辨率 1.25 Å R-free 0.253
7Y4K Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanyl-N6-((benzyloxy)carbonyl)-L-ornitine 提交 2022-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 JKU (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-5-(phenylmethoxycarbonylamino)pentanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.70 Å R-free 0.230
7Y4M Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-phenylalanyl-N6-((benzyloxy)carbonyl)-L-lysine 提交 2022-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 IWQ (2S)-2-[[(2S)-2-[2-[(2-azanyl-4-oxidanylidene-3H-pteridin-7-yl)carbonylamino]ethanoylamino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-6-(phenylmethoxycarbonylamino)hexanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG 2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.45 Å R-free 0.242
8I7P Crystal structure of Ricin A chain bound with N2-(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-7-carbonyl)glycyl-L-tyrosine 提交 2023-02-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；296 K；PEG2000, Lithium sulfate, Sodium acetate
分辨率 1.60 Å R-free 0.232
8T9V RTA-RUNT-59 complex structure 提交 2023-06-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 39–296（258 aa）
未记录 ZJT (9aP)-7-fluoro-4,5-dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；200 mM di-Ammonium tartrate and 20% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.206
8TAB RTA-PD00589 提交 2023-06-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 39–296（258 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 U4T 4H,5H-naphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；200 mM Mg(NO3)2 and 20% PEG 3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.219
8TAD RTA in complex with inhibitor RUNT-206 提交 2023-06-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 39–293（255 aa）
未记录 ZXJ (9aM)-5,5-dimethyl-4,5-dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM KH2PO4 and 20% PEG 8000
分辨率 2.76 Å R-free 0.256
8TFH Ricin in complex with Fab JB4 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 39–298（260 aa）
链 B 315–576（262 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；1.5 M ammonium sulfate and 25% glycerol
分辨率 3.29 Å R-free 0.334
8TFL Ricin in complex with Fab SylH3 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 40–299（260 aa）
链 B 316–576（261 aa）
未记录 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；1.5 M ammonium fluoride and 20% PEG 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.287
9E40 RTA-RUNT-202 complex 提交 2024-10-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa）
未记录 A1BH3 5-(4-fluoro-2,6-dimethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 IMD IMIDAZOLE × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Tris pH 7.0, 40% PEG 300, and 5% PEG 1000
分辨率 1.80 Å R-free 0.180
9E42 RTA-RUNT-192 complex 提交 2024-10-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–302（267 aa） 片段：residues 40-294
未记录 A1BH2 5-(2,6-diethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；170 mM diammonium hydrogen phosphate
分辨率 1.80 Å R-free 0.246
9E42 RTA-RUNT-192 complex 提交 2024-10-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–302（267 aa） 片段：residues 40-294
未记录 A1BH2 5-(2,6-diethylphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；170 mM diammonium hydrogen phosphate
分辨率 1.80 Å R-free 0.246

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 RICI_RICCO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–271； UniProt 36–302 作者链 B； PDB构建体 5–271； UniProt 36–302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e3t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e3t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9e3t
沉积日期 deposition_date2024-10-24
最后修订 last_revision2025-05-14
结构标题 titleRTA-RUNT-165 complex
关键词 keywordsN-linked glycosidase, TOXIN, HYDROLASE-INHIBITOR complex; TOXIN,HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.84 Å
零角强度 I(0) i0107158000.00
分子量 molecular_weight54491.0 kDa
排除体积 excluded_volume52564 ų
包络体积 envelope_volume88443 ų
水化壳体积 shell_volume28402 ų
包络直径 envelope_diameter95.8 Å
壳层 Rg shell_rg33.45 Å
包络 Rg envelope_rg26.77 Å
形状 Rg shape_rg26.82 Å
总 Rg total_rg27.35 Å
总原子数 total_atoms4138
残基数 n_residues519
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.1 Å
Rg (实空间) rg_real27.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal107200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8506
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary27.9 Å
偏度 Skewness skewness0.498
峰度 Kurtosis kurtosis-0.279
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16400000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.721; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.982
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)