SAXSdb — 9e5y

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA polymerase

Escherichia phage T4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–898 链 C； UniProt 1–898	未记录	Sliding clamp × 3 （P04525） ;DNA (5'-AGC TAT GAC CAT GAT TAC GAA TTG ddC-3') ; × 1 DNA (38-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9E5Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NOY DNA POLYMERASE (E.C.2.7.7.7)/DNA COMPLEX 提交 1996-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–388（388 aa）链 B 1–388（388 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NOZ T4 DNA POLYMERASE FRAGMENT (RESIDUES 1-388) AT 110K 提交 1996-02-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–388（388 aa）片段：RESIDUES 1 - 388 链 B 1–388（388 aa）片段：RESIDUES 1 - 388	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NOZ T4 DNA POLYMERASE FRAGMENT (RESIDUES 1-388) AT 110K 提交 1996-02-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–388（388 aa）片段：RESIDUES 1 - 388 链 B 1–388（388 aa）片段：RESIDUES 1 - 388	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOL_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–898； UniProt 1–898 作者链 C； PDB构建体 1–898； UniProt 1–898

Sliding clamp

Escherichia phage T4

UniProt P04525

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–228 链 D； UniProt 1–228 链 E； UniProt 1–228	未记录	DNA-directed DNA polymerase × 2 （P04415） ;DNA (5'-AGC TAT GAC CAT GAT TAC GAA TTG ddC-3') ; × 1 DNA (38-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9E5Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CZD CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROCESSIVITY CLAMP GP45 FROM BACTERIOPHAGE T4 提交 1999-09-02	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–228（228 aa）链 B 1–228（228 aa）链 C 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；60 mM PIPES 200 mM CASO4 0.1 % 1,4 Dioxane 15% Glycerol 15% PEG MME 5000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.259
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 P 1–228（228 aa）链 Q 1–228（228 aa）链 R 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U60 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, DNA and ATP Analog 提交 2011-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 3.34 Å R-free 0.282
3U61 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp, DNA and ATP Analog and ADP 提交 2011-10-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.305
6DRT Crystal structure of the processivity clamp GP45 complexed with recognition peptide of ligase from bacteriophage T4 提交 2018-06-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–228（228 aa）链 B 1–228（228 aa）链 C 1–228（228 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.240
7D7D CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex 提交 2020-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）链 I 1–228（228 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
8UH7 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl	分辨率 2.63 Å R-free 0.244
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 R 1–228（228 aa）链 S 1–228（228 aa）链 T 1–228（228 aa）	未记录	AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UNF Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA 提交 2023-10-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8UNH Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp 提交 2023-10-19	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–228（228 aa）链 G 1–228（228 aa）链 H 1–228（228 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9EA2 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 2 提交 2024-11-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9EA3 T4 bacteriophage replicative holoenzyme containing triple mutations D75R, Q430E, and K432E in the exonuclease-deficient polymerase 提交 2024-11-10	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9EA6 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 3 提交 2024-11-10	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 B 1–228（228 aa）链 D 1–228（228 aa）链 E 1–228（228 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLAMP_BPT4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 D； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 E； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e5y
沉积日期 deposition_date	2024-10-28
结构标题 title	T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 1
关键词 keywords	replication, T4, holoenzyme, replication-DNA complex; replication/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.93 Å
零角强度 I(0) i0	1342700000.00
分子量 molecular_weight	298000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	370030 Å³
包络体积 envelope_volume	562460 Å³
水化壳体积 shell_volume	96048 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.5 Å
壳层 Rg shell_rg	54.78 Å
包络 Rg envelope_rg	45.62 Å
形状 Rg shape_rg	47.94 Å
总 Rg total_rg	48.13 Å
总原子数 total_atoms	20896
残基数 n_residues	2533
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.7 Å
Rg (实空间) rg_real	47.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1343000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8890
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.098
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.578
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	110700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.709

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed DNA polymerase
分子量 formula_weight	103702.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,3.1.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	20896

MKEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEESKYKDIYGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRMEDIGLEALGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFAVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLIQNMYGSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSLKGEHKVIPQQGSHVKQSFPGAFVFEPKPIARRYIMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIRGQFKVHPIHEYIAGTAPKPSDEYSCSPNGWMYDKHQEGIIPKEIAKVFFQRKDWKKKMFAEEMNAEAIKKIIMKGAGSCSTKPEVERYVKFSDDFLNELSNYTESVLNSLIEECEKAATLANTNQLNRKILINSLYGALGNIHFRYYDLRNATAITIFGQVGIQWIARKINEYLNKVCGTNDEDFIAAGDTDSVYVCVDKVIEKVGLDRFKEQNDLVEFMNQFGKKKMEPMIDVAYRELCDYMNNREHLMHMDREAISCPPLGSKGVGGFWKAKKRYALNVYDMEDKRFAEPHLKIMGMETQQSSTPKAVQEALEESIRRILQEGEESVQEYYKNFEKEYRQLDYKVIAEVKTANDIAKYDDKGWPGFKCPFHIRGVLTYRRAVSGLGVAPILDGNKVMVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTELPKEIRSDVLSWIDHSTLFQKSFVKPLAGMCESAGMDYEEKASLDFLFG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sliding clamp
分子量 formula_weight	24881.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,E

MKLSKDTTALLKNFATINSGIMLKSGQFIMTRAVNGTTYAEANISDVIDFDVAIYDLNGFLGILSLVNDDAEISQSEDGNIKIADARSTIFWPAADPSTVVAPNKPIPFPVASAVTEIKAEDLQQLLRVSRGLQIDTIAITVKEGKIVINGFNKVEDSALTRVKYSLTLGDYDGENTFNFIINMANMKMQPGNYKLLLWAKGKQGAAKFEGEHANYVVALEADSTHDF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-AGC TAT GAC CAT GAT TAC GAA TTG ddC-3') ;
分子量 formula_weight	6446.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

ATGACCATGATTACGAATTGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (38-MER)
分子量 formula_weight	11677.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CTGCACGAATTAAGCAATTCGTAATCATGGTCATAGCT

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.57 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	349355

fit	/app/data/saxs_computation/e5/9e5y/9e5y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/9e5y/9e5y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/9e5y/9e5y.dat

T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sliding clamp

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)