SAXSdb — 9ecj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P2Y purinoceptor 8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13 × 1 （Q14344） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） L-gamma-glutamyl-S-[(2Z,6E)-3,7,15-trimethyl-11-methylidenehexadeca-2,6,14-trien-1-yl]-L-cysteinylglycine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P2RY8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 10–368； UniProt 1–359

Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13

Homo sapiens

UniProt Q14344

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	P2Y purinoceptor 8 × 1 （Q86VZ1） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） L-gamma-glutamyl-S-[(2Z,6E)-3,7,15-trimethyl-11-methylidenehexadeca-2,6,14-trien-1-yl]-L-cysteinylglycine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNA13_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 66–240； UniProt 203–377

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	P2Y purinoceptor 8 × 1 （Q86VZ1） Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13 × 1 （Q14344） L-gamma-glutamyl-S-[(2Z,6E)-3,7,15-trimethyl-11-methylidenehexadeca-2,6,14-trien-1-yl]-L-cysteinylglycine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 32–370； UniProt 2–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ecj
沉积日期 deposition_date	2024-11-14
结构标题 title	Human P2RY8 bound to S-geranylgeranyl-L-glutathione in complex with miniG13
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ecj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ecj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ecj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.13 Å
Rg（电子密度）	34.11 Å
总 Rg	34.35 Å
原子数	6323
残基数	790
排除体积	113250 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ecj__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	P2Y purinoceptor 8
分子量 formula_weight	43194.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	6323

FADYKDDDDMQVPNSTGPDNATLQMLRNPAIAVALPVVYSLVAAVSIPGNLFSLWVLCRRMGPRSPSVIFMINLSVTDLMLASVLPFQIYYHCNRHHWVFGVLLCNVVTVAFYANMYSSILTMTCISVERFLGVLYPLSSKRWRRRRYAVAACAGTWLLLLTALSPLARTDLTYPVHALGIITCFDVLKWTMLPSVAMWAVFLFTIFILLFLIPFVITVACYTATILKLLRTEEAHGREQRRRAVGLAAVVLLAFVTCFAPNNFVLLAHIVSRLFYGKSYYHVYKLTLCLSCLNNCLDPFVYYFASREFQLRLREYLGCRRVPRDTLDTRRESLFSARTTSVRSEAGAHPEGMEGATRPGLQRQESVFGSSGLEVLFQGPGGSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
分子量 formula_weight	27776.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSTVSAEDKAAAERSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILLLGADNSGKSTFLKQMRIIHGGSGGSGGTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSVTSILFLVDSSDFDQVLMEDRLTNRLTESLNDFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKVQIVSIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENARLIFRDVKDTILHDNLKQLMLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	40786.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MHHHHHHLEVLFQGPEDQVDPRLIDGKGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	L-gamma-glutamyl-S-[(2Z,6E)-3,7,15-trimethyl-11-methylidenehexadeca-2,6,14-trien-1-yl]-L-cysteinylglycine
分子量 formula_weight	579.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90243

Human P2RY8 bound to S-geranylgeranyl-L-glutathione in complex with miniG13

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P2Y purinoceptor 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ecj__assembly_1__model_1

9ecj__assembly_1__model_1 | I(q)

9ecj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Human P2RY8 bound to S-geranylgeranyl-L-glutathione in complex with miniG13

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P2Y purinoceptor 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ecj__assembly_1__model_1

9ecj__assembly_1__model_1 | I(q)

9ecj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)