SAXSdb — 9efp

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SEC14 cytosolic factor

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–304	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289.15 K；0.1 M Bis-Tris, 30-40% v/v PEG 400, pH 5.5-pH 6.5	分辨率 1.83 Å R-free 0.208
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–304	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289.15 K；0.1 M Bis-Tris, 30-40% v/v PEG 400, pH 5.5-pH 6.5	分辨率 1.83 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9EFP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AUA PHOSPHATIDYLINOSITOL TRANSFER PROTEIN SEC14P FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 提交 1997-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–298（296 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；3% PEG 3350, 1% N-OCTYL B-D-GLUCOPYRANOSIDE, 10 MM HEPES, 150MM KCL, PH 7.2	分辨率 2.50 Å R-free 0.273
6F0E Structure of yeast Sec14p with a picolinamide compound 提交 2017-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–304（304 aa）	未记录	C8K ~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-5-bromanyl-3-fluoranyl-pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；129.5 mM sodium acetate, 64.8 mM TRIS, 10 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) glycerol, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.226
7ZG9 Structure of yeast Sec14p with himbacine 提交 2022-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–301（299 aa）	未记录	KO0 Himbacine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol, pH 7.0	分辨率 1.76 Å R-free 0.222
7ZG9 Structure of yeast Sec14p with himbacine 提交 2022-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–301（299 aa）	未记录	KO0 Himbacine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol, pH 7.0	分辨率 1.76 Å R-free 0.222
7ZGA Structure of yeast Sec14p with ergoline 提交 2022-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–298（296 aa）	未记录	IUF ~{O}9-methyl ~{O}4-[2,2,2-tris(chloranyl)ethyl] (5~{a}~{S},6~{a}~{S},9~{R},10~{a}~{S})-7-methyl-3-nitro-5,5~{a},6,6~{a},8,9,10,10~{a}-octahydroindolo[4,3-fg]quinoline-4,9-dicarboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
7ZGB Structure of yeast Sec14p with NPPM112 提交 2022-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–299（296 aa）	未记录	IUJ 4-fluoranyl-~{N}-[(4-pyrrolidin-1-ylphenyl)methyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
7ZGC Structure of yeast Sec14p with NPPM481 提交 2022-04-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–304（304 aa）	未记录	IUO (4-chloranyl-3-nitro-phenyl)-[4-(2-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0	分辨率 2.24 Å R-free 0.211
7ZGD Structure of yeast Sec14p with NPPM244 提交 2022-04-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–304（304 aa）	未记录	IUC (4-bromanyl-3-nitro-phenyl)-[4-(2-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0	分辨率 2.08 Å R-free 0.232
9YV3 Crystal Structure of a ternary complex of Saccharomyces cerevisiae Sec14 with a small molecule inhibitor and phosphatidylcholine 提交 2025-10-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–302（298 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 IUO (4-chloranyl-3-nitro-phenyl)-[4-(2-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis Tris 30% v/v pentaeritheytolethoxylate (pH 6.5)	分辨率 2.25 Å R-free 0.268

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC14_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 B； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9efp
沉积日期 deposition_date	2024-11-20
最后修订 last_revision	2025-11-05
结构标题 title	Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Sec14p in complex with phosphatidylcholine
关键词 keywords	Sec14 PITP Sec14p, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.00 Å
零角强度 I(0) i0	70522500.00
分子量 molecular_weight	68427.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86723 Å³
包络体积 envelope_volume	105290 Å³
水化壳体积 shell_volume	31559 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.06 Å
包络 Rg envelope_rg	27.86 Å
形状 Rg shape_rg	28.01 Å
总 Rg total_rg	28.72 Å
总原子数 total_atoms	4822
残基数 n_residues	577
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.349
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.505
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.909

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SEC14 cytosolic factor
分子量 formula_weight	35018.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5126

MVTQQEKEFLESYPQNCPPDALPGTPGNLDSAQEKALAELRKLLEDAGFIERLDDSTLLRFLRARKFDVQLAKEMFENCEKWRKDYGTDTILQDFHYDEKPLIAKFYPQYYHKTDKDGRPVYFEELGAVNLHEMNKVTSEERMLKNLVWEYESVVQYRLPACSRAAGHLVETSCTIMDLKGISISSAYSVMSYVREASYISQNYYPERMGKFYIINAPFGFSTAFRLFKPFLDPVTVSKIFILGSSYQKELLKQIPAENLPVKFGGKSEVDESKGGLYLSDIGPWRDPKYIGPEGEAPEAFSMK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	293

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	74.400 Å
晶胞边长 b length_b	74.400 Å
晶胞边长 c length_c	195.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	45.860 Å
R 因子 r_factor	0.1859
R_work r_work	0.1721
R_free r_free	0.2084

fit	/app/data/saxs_computation/ef/9efp/9efp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ef/9efp/9efp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ef/9efp/9efp.dat

Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Sec14p in complex with phosphatidylcholine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SEC14 cytosolic factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction