Poly [ADP-ribose] polymerase 1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 662–1011 | 片段：catalytic domain (662-1101) | A1H63 5-[4-[(7-ethyl-6-oxidanylidene-5~{H}-1,5-naphthyridin-3-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.4-2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 | 分辨率 1.59 Å R-free 0.217 |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 B； UniProt 662–1011 | 片段：catalytic domain (662-1101) | A1H63 5-[4-[(7-ethyl-6-oxidanylidene-5~{H}-1,5-naphthyridin-3-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.4-2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 | 分辨率 1.59 Å R-free 0.217 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9ETQ | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1UK0 Crystal structure of catalytic domain of human poly(ADP-ribose) polymerase with a novel inhibitor 提交 2003-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1010（350 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | FRM 2-{3-[4-(4-FLUOROPHENYL)-3,6-DIHYDRO-1(2H)-PYRIDINYL]PROPYL}-8-METHYL-4(3H)-QUINAZOLINONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG400, Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.246 |
| 1UK0 Crystal structure of catalytic domain of human poly(ADP-ribose) polymerase with a novel inhibitor 提交 2003-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1010（350 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | FRM 2-{3-[4-(4-FLUOROPHENYL)-3,6-DIHYDRO-1(2H)-PYRIDINYL]PROPYL}-8-METHYL-4(3H)-QUINAZOLINONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG400, Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.246 |
| 1UK1 Crystal structure of human poly(ADP-ribose) polymerase complexed with a potent inhibitor 提交 2003-08-14 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1010（350 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | FRQ 5-FLUORO-1-[4-(4-PHENYL-3,6-DIHYDROPYRIDIN-1(2H)-YL)BUTYL]QUINAZOLINE-2,4(1H,3H)-DIONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG400, Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 1UK1 Crystal structure of human poly(ADP-ribose) polymerase complexed with a potent inhibitor 提交 2003-08-14 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1010（350 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | FRQ 5-FLUORO-1-[4-(4-PHENYL-3,6-DIHYDROPYRIDIN-1(2H)-YL)BUTYL]QUINAZOLINE-2,4(1H,3H)-DIONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG400, Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 1WOK Crystal structure of catalytic domain of human poly(ADP-ribose) polymerase complexed with a quinoxaline-type inhibitor 提交 2004-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
661–1010（350 aa）
片段：Catalytic Domain
链 B
661–1010（350 aa）
片段：Catalytic Domain
链 C
661–1010（350 aa）
片段：Catalytic Domain
链 D
661–1010（350 aa）
片段：Catalytic Domain
|
未记录 | CNQ 3-(4-CHLOROPHENYL)QUINOXALINE-5-CARBOXAMIDE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.288 |
| 2COK Solution structure of BRCT domain of poly(ADP-ribose) polymerase-1 提交 2005-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
386–485（100 aa）
片段：BRCA1 C-turminus (BRCT) domain
|
突变：P101S | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.19mM BRCT domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2CR9 Solution structure of WGR domain of poly(ADP-ribose) polymerase-1 提交 2005-05-20 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
517–642（126 aa）
片段：WGR domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.15mM WGR domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2CS2 Solution structure of the second Zn-finger domain of poly(ADP-ribose) polymerase-1 提交 2005-05-20 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
102–222（121 aa）
片段：zf-parp
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1mM zf-PARP domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3, 0.1mM ZnCl2; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2JVN Domain C of human PARP-1 提交 2007-09-24 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
233–358（126 aa）
片段：Unp residues 233-358
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）260；压力 ambient
NMR样品组成
1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PARP, 250 mM sodium chloride, 10 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L30 Human PARP-1 zinc finger 1 提交 2010-08-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–108（108 aa）
片段：Finger_1 (UNP residues 1-108)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.201；压力 ambient
NMR样品组成
50 mM [U-99% 2H] TRIS-1, 200 mM sodium chloride-2, 150 uM zinc sulfate-3, 4 mM [U-99% 2H] DTT-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L31 Human PARP-1 zinc finger 2 提交 2010-08-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
103–214（112 aa）
片段：Finger_2 (UNP residues 103-214)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.201；压力 ambient
NMR样品组成
50 mM [U-99% 2H] TRIS-1, 200 mM sodium chloride-2, 150 uM zinc sulfate-3, 4 mM [U-99% 2H] DTT-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2N8A 1H, 13C and 15N chemical shift assignments and solution structure for PARP-1 F1F2 domains in complex with a DNA single-strand break 提交 2015-10-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–214（214 aa）
片段：residues 1-214
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.0004；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7.2；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.0004；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
Sample 1: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-2H] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 9: 0.2 MM PARP-1 1-214,
Sortase ligated, block-labelled sample. (N.B. residues 103 and 104 of WT sequence deleted, additional residues LPETGGG inserted between residues 102 and 105; this sample was not used for making any assignments of residues in this region, which is in the flexible linker between domains). Labelling for residues 1-102 (and LPET of insertion): [2H,15N,13C] back-labeled with Ile, Leu and Val methyl groups labeled as in sample 4a and [1H,13C,15N] Arg residues. Labelling for residues 105-214 (and GGG of insertion): uniform [1H,12C,15N]. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 10: 0.2 MM PARP-1 1-214, Sortase ligated, block-labelled sample. (N.B. residues 103 and 104 of WT sequence deleted, additional residues LPETGGG inserted between residues 102 and 105; this sample was not used for making any assignments of residues in this region, which is in the flexible linker between domains). Labelling for residues 1-102 (and LPET of insertion): [2H,15N,13C] back-labeled with Ile, Leu and Val methyl groups labeled as in sample 4a and [1H,13C,15N] Phe residues. Labelling for residues 105-214 (and GGG of insertion): uniform [1H,12C,15N]. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 11: 0.2 mM see Sample details section PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 12: 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 13: 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 14: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-2H] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 15: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-2H] PARP-1 1, 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 uM ZnSO4, 200 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 16: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-2H] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 uM ZnSO4, 200 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 2: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-70% 2H] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 3: 0.2 mM [U-98% 2H; U-98% 15N] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 4a: 0.2 MM PARP-1 1-214, Uniform [2H,15N,13C], back-labeled with [1H,13C] in the delta-methyl groups of Ile and all methyl groups of Leu and Val residues, using sodium [4-13C, 3,3-2H2] alpha-ketobutyrate and sodium [3- 2H, 4,4'-13C2] alpha-ketoisovalerate as precursors to maximize protonation of methyl groups, for use in NOE experiments; sodium [3-2H, 4,4'-13C2] alpha-ketoisovalerate was prepared from sodium [4,4'-13C2] alpha-ketoisovalerate by exchange with 2H2O at pH 12.5 and 45 C for 3 hrs. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 4b: 0.2 MM PARP-1 1-214, Uniform [2H,15N,13C], back-labeled with [1H,13C] in the delta-methyl groups of Ile and all methyl groups of Leu and Val residues, using sodium [3,3-2H2,13C4] alpha-ketobutyrate and sodium [3- 2H,13C5] alpha-ketoisovalerate as precursors to produce linear chains of 13C in the sidechains of Val and Leu, for use in assignment experiments to link methyl signals to C-alpha signals. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 5: 0.2 MM PARP-1 1-214, Uniform [2H,15N,13C], back-labeled with [1H,13C] in the methyl groups of Met residues in addition to Ile, Leu and Val methyl groups as in sample 4a. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 6: 0.2 MM PARP-1 1-214, Uniform [2H,15N,13C]; back-labeled with [1H,13C] in the methyl groups of Ile, Leu and Val methyl groups as in sample 4a and [1H,13C,15N] Phe residues. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 7: 0.2 MM PARP-1 1-214, Sortase ligated, block-labelled sample. (N.B. residues 103 and 104 of WT sequence deleted, additional residues LPETGGG inserted between residues 102 and 105; this sample was not used for making any assignments of residues in this region, which is in the flexible linker between domains). Labelling for residues 1-102 (and LPET of insertion): uniform [1H,12C,15N]. Labelling for residues 105-214 (and GGG of insertion): [2H,15N,13C] back-labeled with [1H,13C] Ile, Leu Val and Met methyl groups labeled as in sample 5. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 8: 0.2 MM PARP-1 1-214,
Sortase ligated, block-labelled sample. (N.B. residues 103 and 104 of WT sequence deleted, additional residues LPETGGG inserted between residues 102 and 105; this sample was not used for making any assignments of residues in this region, which is in the flexible linker between domains). Labelling for residues 1-102 (and LPET of insertion): uniform [1H,12C,15N]. Labelling for residues 105-214 (and GGG of insertion): [2H,15N,13C] back labeled with [1H,13C] Met methyl groups as in sample 5 and [13C,15N,1H] Arg residues. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2RCW PARP complexed with A620223 提交 2007-09-20 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：PARP alpha-helical and PARP catalytic domains
|
未记录 | AAI trans-4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-1-propylpiperidinium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；protein 60mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT
PH 7.5; Well solution contains 1.3 M Ammonium Sulfate, 1.3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.317 |
| 2RD6 PARP complexed with A861695 提交 2007-09-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；protein 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT, pH 7.5, 2mM A861146. Well solution: 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate. Crystals are soaked in well solution containing 1mM A861695 from 0.1M DMSO stock. Cryoprotectant: 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.308 |
| 2RIQ Crystal Structure of the Third Zinc-binding domain of human PARP-1 提交 2007-10-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
216–366（151 aa）
片段：Third Zinc-binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EOH ETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20% ethanol, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 25 mM NaCl, and 0.5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.230 |
| 3GJW PARP complexed with A968427 提交 2009-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：PARP alpha-helical and catalytic domains
|
突变：V101A | GJW 7-(pyrrolidin-1-ylmethyl)pyrrolo[1,2-a]quinoxalin-4(5H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution: PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT PH 7.5, 2mM A861146, well solution: 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate, Crystals are soaked in well solution containing 1mM A968427 from 0.1 M DMSO stock, Cryoprotectant: 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.276 |
| 3GN7 PARP complexed with A861696 提交 2009-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：PARP alpha-helical and catalytic domains
|
突变：V101A | 3GN 2-[(2S)-2-methylpyrrolidin-2-yl]-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution: PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 MM DTT PH 7.5, 2mM A861146, Well Solution: 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate, Crystals are soaked in well solution containing 1mM A861696 from 0.1 M DMSO stock, Cryoprotectant: 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.271 |
| 3L3L PARP complexed with A906894 提交 2009-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：residues 662-1011
|
突变：V762A | L3L 3-oxo-2-piperidin-4-yl-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution : PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT PH 7.5, 2mM A861146
Well Solution : 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate
Crystals are soaked in well solution containing 1mM A906894 from 0.1 M DMSO stock
Cryoprotectant : 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.285 |
| 3L3L PARP complexed with A906894 提交 2009-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：residues 662-1011
|
突变：V762A | L3L 3-oxo-2-piperidin-4-yl-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution : PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT PH 7.5, 2mM A861146
Well Solution : 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate
Crystals are soaked in well solution containing 1mM A906894 from 0.1 M DMSO stock
Cryoprotectant : 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.285 |
| 3L3M PARP complexed with A927929 提交 2009-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：residues 662-1011
|
突变：V762A | A92 2-{2-fluoro-4-[(2S)-piperidin-2-yl]phenyl}-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution : PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT PH 7.5, 2 mM A861146 Well Solution : 0.8 M NaCl, 1.8M Ammonium Sulfate
Crystals are soaked in well solution containing 1 mM A927929 from 0.1 M DMSO stock
Cryoprotectant : 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.275 |
| 3OD8 Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 B
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 3OD8 Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 D
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 3OD8 Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 E
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 F
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 3OD8 Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 G
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 H
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 3ODA Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 B
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.245 |
| 3ODA Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 D
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.245 |
| 3ODA Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 E
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 F
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.245 |
| 3ODA Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 G
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 H
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.245 |
| 3ODC Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 A
105–206（102 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.240 |
| 3ODC Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 B
105–206（102 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.240 |
| 3ODE Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 A
105–206（102 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.244 |
| 3ODE Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 B
105–206（102 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.244 |
| 4AV1 Crystal structure of the human PARP-1 DNA binding domain in complex with DNA 提交 2012-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
5–202（198 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 5-202
链 B
5–202（198 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 5-202
链 C
5–202（198 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 5-202
链 D
5–202（198 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 5-202
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
50 MM MES PH 6.5, 6% W/V PEG 1500, 5 MM DTT
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.249 |
| 4DQY Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break 提交 2012-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–96（96 aa）
片段：Zinc Finger 1 (Zn1)
链 B
216–366（151 aa）
片段：Zinc Finger 3 (Zn3)
链 C
518–1014（497 aa）
片段：WGR-CAT fragment
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 3350, 10% ethylene glycol, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.304 |
| 4DQY Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break 提交 2012-02-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric |
链 D
1–96（96 aa）
片段：Zinc Finger 1 (Zn1)
链 E
216–366（151 aa）
片段：Zinc Finger 3 (Zn3)
链 F
518–1014（497 aa）
片段：WGR-CAT fragment
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 3350, 10% ethylene glycol, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.304 |
| 4GV7 Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0328 提交 2012-08-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：;Catalytic domain, UNP residues 662-1011'
;
|
未记录 | MEW 2-methylquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-tris-propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.286 |
| 4GV7 Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0328 提交 2012-08-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：;Catalytic domain, UNP residues 662-1011'
;
|
未记录 | MEW 2-methylquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-tris-propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.286 |
| 4GV7 Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0328 提交 2012-08-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：;Catalytic domain, UNP residues 662-1011'
;
|
未记录 | MEW 2-methylquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-tris-propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.286 |
| 4GV7 Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0328 提交 2012-08-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：;Catalytic domain, UNP residues 662-1011'
;
|
未记录 | MEW 2-methylquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-tris-propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.286 |
| 4HHY Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15R (9aR)-1-[(1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}piperidin-4-yl)carbonyl]-1,2,3,8,9,9a-hexahydro-7H-benzo[de][1,7]naphthyridin-7-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.299 |
| 4HHY Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15R (9aR)-1-[(1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}piperidin-4-yl)carbonyl]-1,2,3,8,9,9a-hexahydro-7H-benzo[de][1,7]naphthyridin-7-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.299 |
| 4HHY Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15R (9aR)-1-[(1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}piperidin-4-yl)carbonyl]-1,2,3,8,9,9a-hexahydro-7H-benzo[de][1,7]naphthyridin-7-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.299 |
| 4HHY Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15R (9aR)-1-[(1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}piperidin-4-yl)carbonyl]-1,2,3,8,9,9a-hexahydro-7H-benzo[de][1,7]naphthyridin-7-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.299 |
| 4HHZ Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15S N-{(2S)-1-[4-(4-fluorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-[(9aR)-7-oxo-2,3,7,8,9,9a-hexahydro-1H-benzo[de][1,7]naphthyridin-1-yl]acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.275 |
| 4HHZ Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15S N-{(2S)-1-[4-(4-fluorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-[(9aR)-7-oxo-2,3,7,8,9,9a-hexahydro-1H-benzo[de][1,7]naphthyridin-1-yl]acetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.275 |
| 4HHZ Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15S N-{(2S)-1-[4-(4-fluorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-[(9aR)-7-oxo-2,3,7,8,9,9a-hexahydro-1H-benzo[de][1,7]naphthyridin-1-yl]acetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.275 |
| 4HHZ Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15S N-{(2S)-1-[4-(4-fluorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-[(9aR)-7-oxo-2,3,7,8,9,9a-hexahydro-1H-benzo[de][1,7]naphthyridin-1-yl]acetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.275 |
| 4L6S PARP complexed with benzo[1,4]oxazin-3-one inhibitor 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：unp residues 662-1011
|
突变：V762A | 1WQ (2S)-6-{[4-(4-chlorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]methyl}-2-methyl-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.4M tri-sodium citrate, 0.1M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 4L6S PARP complexed with benzo[1,4]oxazin-3-one inhibitor 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：unp residues 662-1011
|
突变：V762A | 1WQ (2S)-6-{[4-(4-chlorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]methyl}-2-methyl-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.4M tri-sodium citrate, 0.1M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 4OPX Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2R)-5-fluoro-2-methyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 A
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 C
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 2UR (2R)-5-fluoro-2-methyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.325 |
| 4OPX Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2R)-5-fluoro-2-methyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 D
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 F
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.325 |
| 4OQA Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-(2,4-dihydroxybenzylidene)-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 A
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 C
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 2US (2Z)-2-(2,4-dihydroxybenzylidene)-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.334 |
| 4OQA Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-(2,4-dihydroxybenzylidene)-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 D
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 F
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.334 |
| 4OQB Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 A
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 C
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 2UT (2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.349 |
| 4OQB Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 D
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 F
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.36 Å R-free 0.349 |
| 4PJT Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.228 |
| 4PJT Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.228 |
| 4PJT Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.228 |
| 4PJT Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.228 |
| 4R5W Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor xav939 提交 2014-08-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic Domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 XAV 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-4-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；21% PEG-3350, 0.17M Ammonium Sulfate, 0.09M Bis-Tris, 1mM XAV939, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.245 |
| 4R5W Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor xav939 提交 2014-08-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic Domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 XAV 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-4-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；21% PEG-3350, 0.17M Ammonium Sulfate, 0.09M Bis-Tris, 1mM XAV939, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.245 |
| 4R6E Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor niraparib 提交 2014-08-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG-3350, 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Bis-Tris, 0.001M Niraparib, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 4R6E Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor niraparib 提交 2014-08-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG-3350, 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Bis-Tris, 0.001M Niraparib, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 4R6E Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor niraparib 提交 2014-08-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG-3350, 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Bis-Tris, 0.001M Niraparib, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 4R6E Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor niraparib 提交 2014-08-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG-3350, 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Bis-Tris, 0.001M Niraparib, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 4RV6 Human ARTD1 (PARP1) catalytic domain in complex with inhibitor Rucaparib 提交 2014-11-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic PARP domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 RPB Rucaparib × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；27% PEG3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1mM Rucaparib, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.212 |
| 4RV6 Human ARTD1 (PARP1) catalytic domain in complex with inhibitor Rucaparib 提交 2014-11-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic PARP domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 RPB Rucaparib × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；27% PEG3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1mM Rucaparib, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.212 |
| 4RV6 Human ARTD1 (PARP1) catalytic domain in complex with inhibitor Rucaparib 提交 2014-11-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic PARP domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；27% PEG3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1mM Rucaparib, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.212 |
| 4RV6 Human ARTD1 (PARP1) catalytic domain in complex with inhibitor Rucaparib 提交 2014-11-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic PARP domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；27% PEG3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1mM Rucaparib, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.212 |
| 4UND HUMAN ARTD1 (PARP1) - CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH INHIBITOR TALAZOPARIB 提交 2014-05-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 662-1011
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；39% PEGMME2000, 0.2M KSCN, 0.1M HEPES, pH 6.6
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.246 |
| 4UND HUMAN ARTD1 (PARP1) - CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH INHIBITOR TALAZOPARIB 提交 2014-05-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 662-1011
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；39% PEGMME2000, 0.2M KSCN, 0.1M HEPES, pH 6.6
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.246 |
| 4UXB Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor PJ34 提交 2014-08-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 662-1011
|
未记录 | P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；25% PEG3350 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 1MM PJ34
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.273 |
| 4UXB Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor PJ34 提交 2014-08-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 662-1011
|
未记录 | P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；25% PEG3350 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 1MM PJ34
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.273 |
| 4XHU The complex structure of Timeless_PAB and PARP-1_catalytic domain 提交 2015-01-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
661–1014（354 aa）
片段：UNP RESIDUES 661-1014
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；200mM sodium acetate
100mM calcium cacodylate
15% PEG8000
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.210 |
| 4XHU The complex structure of Timeless_PAB and PARP-1_catalytic domain 提交 2015-01-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
661–1014（354 aa）
片段：UNP RESIDUES 661-1014
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；200mM sodium acetate
100mM calcium cacodylate
15% PEG8000
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.210 |
| 4ZZZ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
655–1014（360 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 665-1014
链 B
655–1014（360 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 665-1014
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 FSU 2-(3-methoxypropyl)-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；2M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG400 0.1 M TRIS PH 8.0, TEMPERATURE 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.265 |
| 5A00 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
655–1014（360 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 665-1014
|
未记录 | D7N 2-[1-(4,4-Difluorocyclohexyl)-piperidin-4-yl]-6-fluoro-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；2M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG400 0.1 M TRIS PH 8.0 TEMPERATURE 277K -
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.280 |
| 5DS3 Crystal structure of constitutively active PARP-1 提交 2015-09-16 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 788-1012)
|
未记录 | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 5HA9 Crystal structure-based design and disovery of a novel PARP1 antiagonist (BL-PA10) that induces apoptosis and inhibits metastasis in triple negative breast cancer 提交 2015-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：UNP RESIDUES 662-1011
链 B
662–1011（350 aa）
片段：UNP RESIDUES 662-1011
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 6 TP0 Amitriptyline × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 4.01 Å R-free 0.358 |
| 5KPN Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WX 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-propyl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.293 |
| 5KPN Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WX 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-propyl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.293 |
| 5KPO Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WY 1-[[3-(4-ethyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.303 |
| 5KPO Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WY 1-[[3-(4-ethyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.303 |
| 5KPP Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WZ 1-[[4-fluoranyl-3-[(3R)-3-methyl-4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.284 |
| 5KPP Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WZ 1-[[4-fluoranyl-3-[(3R)-3-methyl-4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.284 |
| 5KPQ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6X2 1-[[4-fluoranyl-3-[(3R)-3-methyl-4-propyl-piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.282 |
| 5KPQ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6X2 1-[[4-fluoranyl-3-[(3R)-3-methyl-4-propyl-piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.282 |
| 5WRQ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7TX 5-[[2,4-bis(oxidanylidene)quinazolin-1-yl]methyl]-2-fluoranyl-N-[(3R)-1-(3-methylbutyl)pyrrolidin-3-yl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.297 |
| 5WRQ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7TX 5-[[2,4-bis(oxidanylidene)quinazolin-1-yl]methyl]-2-fluoranyl-N-[(3R)-1-(3-methylbutyl)pyrrolidin-3-yl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.297 |
| 5WRY Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 4YR N-[(3R)-1-(cyclopropylmethyl)pyrrolidin-3-yl]-5-[(2,4-dioxo-3,4-dihydroquinazolin-1(2H)-yl)methyl]-2-fluorobenzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.275 |
| 5WRY Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 4YR N-[(3R)-1-(cyclopropylmethyl)pyrrolidin-3-yl]-5-[(2,4-dioxo-3,4-dihydroquinazolin-1(2H)-yl)methyl]-2-fluorobenzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.275 |
| 5WRZ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a phthalazinone inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U3 7-fluoranyl-4-[[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methoxy]-2H-phthalazin-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.280 |
| 5WRZ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a phthalazinone inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U3 7-fluoranyl-4-[[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methoxy]-2H-phthalazin-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.280 |
| 5WS0 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a benzoimidazole inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U6 2-piperazin-1-ylcarbonyl-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.277 |
| 5WS0 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a benzoimidazole inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U6 2-piperazin-1-ylcarbonyl-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.277 |
| 5WS1 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a benzoimidazole inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U9 2-[(3R)-3-azanylpyrrolidin-1-yl]carbonyl-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.273 |
| 5WS1 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a benzoimidazole inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U9 2-[(3R)-3-azanylpyrrolidin-1-yl]carbonyl-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.273 |
| 5WTC Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7UL 1-[[4-fluoranyl-3-[4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 5WTC Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7UL 1-[[4-fluoranyl-3-[4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 5XSR novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | 8EC 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrothieno[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；80mM NaCl, 1.9M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.233 |
| 5XST novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1010（349 aa）
片段：UNP residues 662-1011
|
未记录 | 8E6 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrothieno[3,2-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；80mM NaCl, 1.9M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.236 |
| 5XSU novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 8E3 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 5XSU novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 8E3 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 5XSU novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 8E3 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 5XSU novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 8E3 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 6BHV Human PARP-1 bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide (BAD) 提交 2017-10-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PARP-1 CATdeltaHD (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 6BHV Human PARP-1 bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide (BAD) 提交 2017-10-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
788–1012（225 aa）
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PARP-1 CATdeltaHD (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 6BHV Human PARP-1 bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide (BAD) 提交 2017-10-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
788–1012（225 aa）
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PARP-1 CATdeltaHD (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 6BHV Human PARP-1 bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide (BAD) 提交 2017-10-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
788–1012（225 aa）
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PARP-1 CATdeltaHD (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 6GHK Human PARP1 (ARTD1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0527 提交 2018-05-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1012（351 aa）
|
未记录 | EZ2 ~{N}-[(1~{R})-1-(4-imidazol-1-ylphenyl)ethyl]-3-(4-oxidanylidene-1~{H}-quinazolin-2-yl)propanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；22.5% PEG 3350, 0.18M ammonium sulfate, 0.09M Bis-Tris
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.227 |
| 6GHK Human PARP1 (ARTD1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0527 提交 2018-05-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1012（351 aa）
|
未记录 | EZ2 ~{N}-[(1~{R})-1-(4-imidazol-1-ylphenyl)ethyl]-3-(4-oxidanylidene-1~{H}-quinazolin-2-yl)propanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；22.5% PEG 3350, 0.18M ammonium sulfate, 0.09M Bis-Tris
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.227 |
| 6M3I Crystal structure of HPF1/PARP1 complex 提交 2020-03-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
788–1014（227 aa）
|
未记录 | UNU BENZAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M Tris-pH 7.0, 0.2 M magnesium formate dehydrate, 20% w/v PEG 3350.
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.206 |
| 6NRF Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UTT103 提交 2019-01-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KYV 2-({4-[4-(1H-benzimidazol-2-yl)piperazine-1-carbonyl]phenyl}methyl)-3-hydroxy-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.231 |
| 6NRG Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UTT57 提交 2019-01-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | KYY 2-{[3-fluoro-4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]methyl}-3-hydroxy-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.182 |
| 6NRH Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound inhibitor UTT63 提交 2019-01-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | KYP 3-hydroxy-2-({4-[4-(pyrimidin-2-yl)piperazine-1-carbonyl]phenyl}methyl)-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.158 |
| 6NRI Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UTT83 提交 2019-01-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | KYM (2Z)-2-{[4-(3-cyclopropyl-5,6-dihydro[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrazine-7(8H)-carbonyl)phenyl]methylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 CIT CITRIC ACID × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.237 |
| 6NRJ Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UTT93 提交 2019-01-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | KYJ (2Z)-2-[(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)methylidene]-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.191 |
| 6NTU Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UKTT-15 提交 2019-01-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.6；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 10% DMSO (plus 20% sucrose in cryo), 100 mM sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.186 |
| 6VKK Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | RPB Rucaparib × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 6VKK Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | RPB Rucaparib × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 6VKK Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | RPB Rucaparib × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 6VKK Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | RPB Rucaparib × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 6VKO Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor UKTT15 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 6VKO Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor UKTT15 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 6VKO Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor UKTT15 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 6VKO Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor UKTT15 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 6VKQ Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor EB-47 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.353 |
| 6VKQ Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor EB-47 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.353 |
| 6VKQ Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor EB-47 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.353 |
| 6VKQ Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor EB-47 提交 2020-01-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.353 |
| 6XVW Catalytic domain of human PARP-1 in complex with the inhibitor MC2050 提交 2020-01-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
663–1014（352 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 O3H 2-[2-(4-pyridin-2-ylpiperazin-1-yl)ethylsulfanyl]-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M TRIS pH 8.5, 20% (w/w) PEG 2.000 MME, 0.01 M NiCl2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 6XVW Catalytic domain of human PARP-1 in complex with the inhibitor MC2050 提交 2020-01-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
663–1014（352 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 O3H 2-[2-(4-pyridin-2-ylpiperazin-1-yl)ethylsulfanyl]-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M TRIS pH 8.5, 20% (w/w) PEG 2.000 MME, 0.01 M NiCl2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 7AAA Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 (apo) 提交 2020-09-04 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.45 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.227 |
| 7AAA Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 (apo) 提交 2020-09-04 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | SO4 SULFATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.45 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.227 |
| 7AAB Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with inhibitor EB-47 提交 2020-09-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；0.4 M ammonium sulfate, 25 % PEG3350, 0.1 M PCTP pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 7AAB Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with inhibitor EB-47 提交 2020-09-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；0.4 M ammonium sulfate, 25 % PEG3350, 0.1 M PCTP pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 7AAC Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with veliparib 提交 2020-09-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.242 |
| 7AAC Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with veliparib 提交 2020-09-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.242 |
| 7AAD Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with olaparib 提交 2020-09-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.254 |
| 7AAD Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with olaparib 提交 2020-09-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.254 |
| 7CMW Complex structure of PARP1 catalytic domain with pamiparib 提交 2020-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
突变：V762A | DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.2 M DL-malic acid pH 7.0,
0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.258 |
| 7CMW Complex structure of PARP1 catalytic domain with pamiparib 提交 2020-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
突变：V762A | DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.2 M DL-malic acid pH 7.0,
0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.258 |
| 7KK2 Structure of the catalytic domain of PARP1 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Buffer: 0.1 M bicine (pH 9.00)
Precipitant: 2.4 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK2 Structure of the catalytic domain of PARP1 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Buffer: 0.1 M bicine (pH 9.00)
Precipitant: 2.4 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK3 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with talazoparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Buffer: 0.1 M Sodium Citrate (pH 5.60)
Salt: 1.0 M ammonium formate
Precipitant: 23.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.259 |
| 7KK3 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with talazoparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Buffer: 0.1 M Sodium Citrate (pH 5.60)
Salt: 1.0 M ammonium formate
Precipitant: 23.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.259 |
| 7KK3 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with talazoparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Buffer: 0.1 M Sodium Citrate (pH 5.60)
Salt: 1.0 M ammonium formate
Precipitant: 23.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.259 |
| 7KK3 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with talazoparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Buffer: 0.1 M Sodium Citrate (pH 5.60)
Salt: 1.0 M ammonium formate
Precipitant: 23.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.259 |
| 7KK4 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with olaparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate
Buffer: 0.1 M Tris (pH 8.50)
Precipitant: 30.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.266 |
| 7KK4 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with olaparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate
Buffer: 0.1 M Tris (pH 8.50)
Precipitant: 30.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.266 |
| 7KK5 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Ammonium sulfate
Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50)
Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK5 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Ammonium sulfate
Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50)
Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK5 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Ammonium sulfate
Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50)
Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK5 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Ammonium sulfate
Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50)
Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK6 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with veliparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.00)
Precipitant: 3.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.271 |
| 7KK6 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with veliparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.00)
Precipitant: 3.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.271 |
| 7ONR PARP1 catalytic domain in complex with 8-chloroquinazolinone-based inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-25 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKW 8-chloranyl-2-[3-[4-(1,5-dimethylimidazol-2-yl)piperazin-1-yl]propyl]-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M PCTP pH 9.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.213 |
| 7ONR PARP1 catalytic domain in complex with 8-chloroquinazolinone-based inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-25 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKW 8-chloranyl-2-[3-[4-(1,5-dimethylimidazol-2-yl)piperazin-1-yl]propyl]-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M PCTP pH 9.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.213 |
| 7ONS PARP1 catalytic domain in complex with isoquinolone-based inhibitor (compound 16) 提交 2021-05-25 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKT 7-[[4-(1,5-dimethylimidazol-2-yl)piperazin-1-yl]methyl]-3-ethyl-1~{H}-quinolin-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.223 |
| 7ONS PARP1 catalytic domain in complex with isoquinolone-based inhibitor (compound 16) 提交 2021-05-25 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKT 7-[[4-(1,5-dimethylimidazol-2-yl)piperazin-1-yl]methyl]-3-ethyl-1~{H}-quinolin-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.223 |
| 7ONT PARP1 catalytic domain in complex with a selective pyridine carboxamide-based inhibitor (compound 22) 提交 2021-05-25 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKQ 5-[4-[(3-ethyl-2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-7-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.244 |
| 7ONT PARP1 catalytic domain in complex with a selective pyridine carboxamide-based inhibitor (compound 22) 提交 2021-05-25 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKQ 5-[4-[(3-ethyl-2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-7-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.244 |
| 7S68 Structure of human PARP1 domains (Zn1, Zn3, WGR and HD) bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–95（95 aa）
链 A
206–366（161 aa）
链 B
527–786（260 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 8000, ethylene glycol, HEPES pH 7.5
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.292 |
| 7S6H Human PARP1 deltaV687-E688 bound to NAD+ analog EB-47 and to a DNA double strand break. 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–95（95 aa）
链 A
206–366（161 aa）
链 B
518–1014（497 aa）
|
突变：DeltaV687-E688 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 6000, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.251 |
| 7S6H Human PARP1 deltaV687-E688 bound to NAD+ analog EB-47 and to a DNA double strand break. 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–95（95 aa）
链 C
206–366（161 aa）
链 D
518–1014（497 aa）
|
突变：DeltaV687-E688 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 6000, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.251 |
| 7S6M Human PARP1 deltaV687-E688 bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–95（95 aa）
链 C
206–366（161 aa）
链 D
518–1014（497 aa）
|
突变：deltaV687-E688 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 6000, MES pH 6.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.239 |
| 7S6M Human PARP1 deltaV687-E688 bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–95（95 aa）
链 A
206–366（161 aa）
链 B
518–1014（497 aa）
|
突变：deltaV687-E688 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 6000, MES pH 6.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.239 |
| 7S81 Structure of human PARP1 domains (Zn1, Zn3, WGR, HD) bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 I
1–96（96 aa）
片段：first zinc finger (Zn1)
链 J
216–366（151 aa）
片段：third zinc finger (Zn3)
链 K
527–786（260 aa）
片段：WGR domain and helical domain (HD)
链 N
1–96（96 aa）
片段：first zinc finger (Zn1)
链 O
216–366（151 aa）
片段：third zinc finger (Zn3)
链 P
527–786（260 aa）
片段：WGR domain and helical domain (HD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tert-butanol, Tris pH 8.5
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.312 |
| 7S81 Structure of human PARP1 domains (Zn1, Zn3, WGR, HD) bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 A
1–96（96 aa）
片段：first zinc finger (Zn1)
链 B
216–366（151 aa）
片段：third zinc finger (Zn3)
链 C
527–786（260 aa）
片段：WGR domain and helical domain (HD)
链 F
1–96（96 aa）
片段：first zinc finger (Zn1)
链 G
216–366（151 aa）
片段：third zinc finger (Zn3)
链 H
527–786（260 aa）
片段：WGR domain and helical domain (HD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tert-butanol, Tris pH 8.5
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.312 |
| 7SCY Nuc147 bound to single BRCT 提交 2021-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
385–492（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7SCZ Nuc147 bound to multiple BRCTs 提交 2021-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
385–492（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8FYY Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT5 (compound 10) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | YH0 2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.273 |
| 8FYZ Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT10 (compound 13) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CIT CITRIC ACID × 1 YNQ (2P)-2-{3-[(4R)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrazine-7(8H)-carbonyl]phenyl}-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.267 |
| 8FYZ Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT10 (compound 13) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 B
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 YNQ (2P)-2-{3-[(4R)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrazine-7(8H)-carbonyl]phenyl}-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.267 |
| 8FZ1 Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT22 (compound 14) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 YVB (2P)-2-{3-[(2-amino-4,5-dimethylphenyl)carbamoyl]phenyl}-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 8FZ1 Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT22 (compound 14) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 B
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 YVB (2P)-2-{3-[(2-amino-4,5-dimethylphenyl)carbamoyl]phenyl}-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 8G0H Human PARP1 deltaV687-E688 bound to UKTT5 (compound 10) and to a DNA double strand break. 提交 2023-01-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–95（95 aa）
链 C
206–366（161 aa）
链 D
518–1014（497 aa）
|
未记录 | YH0 2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG6000 and 100 mM MES pH 6.5
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.306 |
| 8G0H Human PARP1 deltaV687-E688 bound to UKTT5 (compound 10) and to a DNA double strand break. 提交 2023-01-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–95（95 aa）
链 A
206–366（161 aa）
链 B
518–1014（497 aa）
|
未记录 | YH0 2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG6000 and 100 mM MES pH 6.5
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.306 |
| 8HE7 ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M (NH4)2SO4, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 8HE7 ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M (NH4)2SO4, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 8HLR Human ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to Fluzoparib (SHR3162) 提交 2022-11-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 25I Fluzoparib × 1 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.288 |
| 8HLR Human ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to Fluzoparib (SHR3162) 提交 2022-11-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 25I Fluzoparib × 1 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.288 |
| 8JNZ Human ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a pyrazolopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2023-06-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | ERV 6-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.278 |
| 8JNZ Human ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a pyrazolopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2023-06-06 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | ERV 6-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.278 |
| 8U4W The crystal structure of a helical domain deleted PARP1 in complex with isoindolinone based inhibitor. 提交 2023-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–677（16 aa）
链 A
788–1011（224 aa）
|
突变：Y829H 突变：Y829H | VHU (4M)-4-(2-{4-[(3S)-1-acetylpiperidine-3-carbonyl]piperazine-1-carbonyl}-1-benzofuran-7-yl)-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% PEG2000 MME, 0.2M KSC and 0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.292 |
| 8U4W The crystal structure of a helical domain deleted PARP1 in complex with isoindolinone based inhibitor. 提交 2023-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–677（16 aa）
链 B
788–1011（224 aa）
|
突变：Y829H 突变：Y829H | VHU (4M)-4-(2-{4-[(3S)-1-acetylpiperidine-3-carbonyl]piperazine-1-carbonyl}-1-benzofuran-7-yl)-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% PEG2000 MME, 0.2M KSC and 0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.292 |
| 8U4W The crystal structure of a helical domain deleted PARP1 in complex with isoindolinone based inhibitor. 提交 2023-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–677（16 aa）
链 C
788–1011（224 aa）
|
突变：Y829H 突变：Y829H | VHU (4M)-4-(2-{4-[(3S)-1-acetylpiperidine-3-carbonyl]piperazine-1-carbonyl}-1-benzofuran-7-yl)-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% PEG2000 MME, 0.2M KSC and 0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.292 |
| 8U4W The crystal structure of a helical domain deleted PARP1 in complex with isoindolinone based inhibitor. 提交 2023-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–677（16 aa）
链 D
788–1011（224 aa）
|
突变：Y829H 突变：Y829H | VHU (4M)-4-(2-{4-[(3S)-1-acetylpiperidine-3-carbonyl]piperazine-1-carbonyl}-1-benzofuran-7-yl)-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% PEG2000 MME, 0.2M KSC and 0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.292 |
| 8VYH Crystal Structure Analysis of PARP1 in complex with a compound 提交 2024-02-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
660–1011（352 aa）
片段：residues 660-1011
|
未记录 | A1AEO (4S)-1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}-4-hydroxy-L-proline × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG-4000, 200 mM Lithium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.250 |
| 8VYH Crystal Structure Analysis of PARP1 in complex with a compound 提交 2024-02-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
660–1011（352 aa）
片段：residues 660-1011
|
未记录 | A1AEO (4S)-1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}-4-hydroxy-L-proline × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG-4000, 200 mM Lithium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.250 |
| 9BPY Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analogs benzamide adenine dinucleotide and carba-NAD+ 提交 2024-05-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PARP1 ART (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 9BPY Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analogs benzamide adenine dinucleotide and carba-NAD+ 提交 2024-05-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PARP1 ART (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 9BPY Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analogs benzamide adenine dinucleotide and carba-NAD+ 提交 2024-05-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PARP1 ART (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 9BPY Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analogs benzamide adenine dinucleotide and carba-NAD+ 提交 2024-05-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PARP1 ART (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 9CKC Crystal structure of SMYD2 in complex with two PARP1 peptides 提交 2024-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
522–534（13 aa）
链 E
522–534（13 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 100 mM Tris pH 7.5, 5% ethanol, 1 mM PARP1 peptide, 0.6 mM AdoHcy
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.208 |
| 9CKC Crystal structure of SMYD2 in complex with two PARP1 peptides 提交 2024-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
522–534（13 aa）
链 F
522–534（13 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 100 mM Tris pH 7.5, 5% ethanol, 1 mM PARP1 peptide, 0.6 mM AdoHcy
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.208 |
| 9DMC Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide and ADP-ribose 提交 2024-09-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain, residues 788-1012
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.317 |
| 9DMC Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide and ADP-ribose 提交 2024-09-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain, residues 788-1012
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.317 |
| 9DMC Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide and ADP-ribose 提交 2024-09-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain, residues 788-1012
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.317 |
| 9DMC Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide and ADP-ribose 提交 2024-09-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain, residues 788-1012
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.317 |
| 9ETR Crystal structure of PARP1 catalytic domain bound to AZD9574 提交 2024-03-26 | 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | A1H64 6-fluoranyl-5-[4-[(5-fluoranyl-2-methyl-3-oxidanylidene-4~{H}-quinoxalin-6-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.4-2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.252 |
| 9ETR Crystal structure of PARP1 catalytic domain bound to AZD9574 提交 2024-03-26 | 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | A1H64 6-fluoranyl-5-[4-[(5-fluoranyl-2-methyl-3-oxidanylidene-4~{H}-quinoxalin-6-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.4-2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.252 |
| 9ILN ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor 提交 2024-07-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | A1D9M 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.250 |
| 9ILN ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor 提交 2024-07-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | A1D9M 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.250 |
| 9MI8 Human PARP1 N-terminal domains bound to nicked DNA 提交 2024-12-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1014（1014 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9MJA PARP1 ART in complex with HPF1 and EB47 提交 2024-12-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1014（1014 aa）
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9UMC Human poly ADP-ribose polymerase(PARP-1 )zinc finger 1 bound to 13bp DNA 提交 2025-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
5–96（92 aa）
链 B
5–96（92 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；4M Sodium Formate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.258 |
| 9UMF Human poly ADP-ribose polymerase(PARP-1 )zinc finger 1 bound to 17bp DNA 提交 2025-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
5–91（87 aa）
片段：zinc finger 1
链 B
5–91（87 aa）
片段：zinc finger 1
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 200mM NaCl, 25% PEG3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.240 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | PARP1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 3–352； UniProt 662–1011 作者链 B； PDB构建体 3–352； UniProt 662–1011 |
