9ewf

Cholera toxin B subunit in complex with fluorinated GM1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ewf
沉积日期 deposition_date	2024-04-03
最后修订 last_revision	2025-02-26
结构标题 title	Cholera toxin B subunit in complex with fluorinated GM1
关键词 keywords	Cholera, GM1, fluorinated, complex, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.75 Å
零角强度 I(0) i0	221868000.00
分子量 molecular_weight	118120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147720 Å³
包络体积 envelope_volume	179930 Å³
水化壳体积 shell_volume	47476 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.02 Å
包络 Rg envelope_rg	30.26 Å
形状 Rg shape_rg	30.63 Å
总 Rg total_rg	31.81 Å
总原子数 total_atoms	16576
残基数 n_residues	1030
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9014
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.094
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.543
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	122900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.807

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cholera enterotoxin subunit B
分子量 formula_weight	11623.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,I,J,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	17405

TPQNITDLCAEYHNTQIHTLNDKIFSYTESLAGKREMAIITFKNGATFQVEVPGSQHIDSQKKAIERMKDTLRIAYLTEAKVEKLCVWNNKTPHAIAAISMAN

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	;2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose ;
分子量 formula_weight	838.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R,3S,4S,5R,6R)-6-dodecoxy-5-fluoranyl-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol
分子量 formula_weight	350.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	829

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	132.516 Å
晶胞边长 b length_b	132.516 Å
晶胞边长 c length_c	113.853 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	46.850 Å
R 因子 r_factor	0.1851
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2213

fit	/app/data/saxs_computation/ew/9ewf/9ewf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ew/9ewf/9ewf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ew/9ewf/9ewf.dat

Cholera toxin B subunit in complex with fluorinated GM1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction