9f3r

13pf E254Q microtubule from recombinant human tubulin decorated with EB3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 227.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated protein RP/EB family member 3

Homo sapiens

UniProt Q9UPY8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:14-meric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 1–131 链 T; UniProt 1–131 未记录 Detyrosinated tubulin alpha-1B chain × 6 (P68363) Tubulin beta-3 chain × 6 (Q13509) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MARE3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 T; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131

Detyrosinated tubulin alpha-1B chain

Homo sapiens

UniProt P68363

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:14-meric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–42 链 A; UniProt 47–441 链 C; UniProt 1–42 链 C; UniProt 47–441 链 E; UniProt 1–42 链 E; UniProt 47–441 链 G; UniProt 1–42 链 G; UniProt 47–441 链 I; UniProt 1–42 链 I; UniProt 47–441 链 K; UniProt 1–42 链 K; UniProt 47–441 未记录 Microtubule-associated protein RP/EB family member 3 × 2 (Q9UPY8) Tubulin beta-3 chain × 6 (Q13509) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–42; UniProt 1–42 作者链 A; PDB构建体 59–453; UniProt 47–441 作者链 C; PDB构建体 1–42; UniProt 1–42 作者链 C; PDB构建体 59–453; UniProt 47–441 作者链 E; PDB构建体 1–42; UniProt 1–42 作者链 E; PDB构建体 59–453; UniProt 47–441 作者链 G; PDB构建体 1–42; UniProt 1–42 作者链 G; PDB构建体 59–453; UniProt 47–441 作者链 I; PDB构建体 1–42; UniProt 1–42 作者链 I; PDB构建体 59–453; UniProt 47–441 作者链 K; PDB构建体 1–42; UniProt 1–42 作者链 K; PDB构建体 59–453; UniProt 47–441

Tubulin beta-3 chain

Homo sapiens

UniProt Q13509

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:14-meric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–450 链 D; UniProt 1–450 链 F; UniProt 1–450 链 N; UniProt 1–450 链 P; UniProt 1–450 链 R; UniProt 1–450 未记录 Microtubule-associated protein RP/EB family member 3 × 2 (Q9UPY8) Detyrosinated tubulin alpha-1B chain × 6 (P68363) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 D; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 F; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 N; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 P; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 R; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9f3r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9f3r
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9f3r
沉积日期 deposition_date2024-04-25
最后修订 last_revision2025-03-19
结构标题 title13pf E254Q microtubule from recombinant human tubulin decorated with EB3
关键词 keywordsMicrotubule Tubulin GTP cp Cell cycle, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.32
零角强度 I(0) i05586200000.00
分子量 molecular_weight616420.0 kDa
排除体积 excluded_volume763880 ų
包络体积 envelope_volume1092200 ų
水化壳体积 shell_volume136100 ų
包络直径 envelope_diameter242.7
壳层 Rg shell_rg66.59
包络 Rg envelope_rg65.15
形状 Rg shape_rg66.32
总 Rg total_rg66.31
总原子数 total_atoms43264
残基数 n_residues5446
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax227.6
Rg (实空间) rg_real66.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.54
I(0) (实空间) i0_real5.5860e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2060e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5585000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8752
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.9
偏度 Skewness skewness0.289
峰度 Kurtosis kurtosis-0.438
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha230700000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.777

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)