← 返回搜索
9fiq

Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.5 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7

Homo sapiens

UniProt Q93009

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 207–560 未记录 A1ICV 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{S},4~{S})-3-phenyl-1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT 分辨率 2.86 Å R-free 0.278
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 207–560 未记录 A1ICV 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{S},4~{S})-3-phenyl-1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT 分辨率 2.86 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9FIQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
12ZJ Crystal structure of USP7 TRAF domain in complex with MAGEL2 peptide (968-980) 提交 2026-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 62–205（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.63 Å R-free 0.217
12ZJ Crystal structure of USP7 TRAF domain in complex with MAGEL2 peptide (968-980) 提交 2026-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 62–205（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.63 Å R-free 0.217
12ZJ Crystal structure of USP7 TRAF domain in complex with MAGEL2 peptide (968-980) 提交 2026-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 62–205（144 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.63 Å R-free 0.217
1NB8 Structure of the catalytic domain of USP7 (HAUSP) 提交 2002-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa） 片段：HAUSP core domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 1000, Tris, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1NB8 Structure of the catalytic domain of USP7 (HAUSP) 提交 2002-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa） 片段：HAUSP core domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 1000, Tris, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–560（353 aa） 片段：hausp core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 208–560（353 aa） 片段：hausp core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 208–560（353 aa） 片段：hausp core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1YY6 The Crystal Structure of the N-terminal domain of HAUSP/USP7 complexed with an EBNA1 peptide 提交 2005-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–204（151 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30 % PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.230
1YZE Crystal structure of the N-terminal domain of USP7/HAUSP. 提交 2005-02-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 54–205（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；USP7/HAUSP (30 mg/ml) 35 % MPD, 0.2 M MgOAc and 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.367
1YZE Crystal structure of the N-terminal domain of USP7/HAUSP. 提交 2005-02-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 54–205（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；USP7/HAUSP (30 mg/ml) 35 % MPD, 0.2 M MgOAc and 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.367
1YZE Crystal structure of the N-terminal domain of USP7/HAUSP. 提交 2005-02-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 54–205（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；USP7/HAUSP (30 mg/ml) 35 % MPD, 0.2 M MgOAc and 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.367
2F1W Crystal structure of the TRAF-like domain of HAUSP/USP7 提交 2005-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–206（154 aa） 片段：N-terminal fragment (Residues : 53-206)
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；285 K；240 mM CaCl2, 6.5% PEG4000, 20 mM ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 1.65 Å R-free 0.212
2F1X Crystal structure of the TRAF-like domain of HAUSP/USP7 bound to a p53 peptide 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–200（148 aa） 片段：p53 peptide fusion with HAUSP N terminal
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG2000 monomethylether, calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
2F1X Crystal structure of the TRAF-like domain of HAUSP/USP7 bound to a p53 peptide 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 53–200（148 aa） 片段：p53 peptide fusion with HAUSP N terminal
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG2000 monomethylether, calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
2F1Y Crystal structure of the TRAF-like domain of HAUSP/USP7 bound to a MDM2 peptide 提交 2005-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–198（146 aa） 片段：HAUSP N-terminal domain with MDM2 peptide fused to its C-terminal
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；26% PEG4000, 300 mM calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.237
2F1Z Crystal structure of HAUSP 提交 2005-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 43–560（518 aa） 片段：residues: 43-560
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.8% PEG10000, 50 mM 1,6-hexanediol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.316
2F1Z Crystal structure of HAUSP 提交 2005-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 43–560（518 aa） 片段：residues: 43-560
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.8% PEG10000, 50 mM 1,6-hexanediol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.316
2FOJ The Crystal Structure of the N-terminal domain of HAUSP/USP7 complexed with p53 peptide 364-367 提交 2006-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：MATH domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4K, 0.1 M Tris pH 8.5 0.2 M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.262
2FOO The Crystal Structure of the N-terminal domain of HAUSP/USP7 complexed with p53 peptide 359-362 提交 2006-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：MATH domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4K, 0.1 M Tris, 0.2 M Lithium Sulfate , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2FOP The Crystal Structure of the N-terminal domain of HAUSP/USP7 complexed with mdm2 peptide 147-150 提交 2006-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：MATH domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4K, 0.1 M Tris, 0.2 M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 8.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2KVR Solution NMR structure of human ubiquitin specific protease Usp7 UBL domain (residues 537-664). NESG target hr4395c/ SGC-Toronto 提交 2010-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 537–664（128 aa） 片段：ubiquitin-like domain (residues 537-664)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成 0.8-1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, pH 7.0, 250 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.5 mM PMSF, 1 mM benzamidine, 1 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2XXN Structure of the vIRF4-HAUSP TRAF domain complex 提交 2010-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 63–205（143 aa） 片段：TRAF DOMAIN, RESIDUES 63-205
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.9；5% PEG3350, 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, PH 5.9
分辨率 1.60 Å R-free 0.174
2YLM Mechanism of USP7 (HAUSP) activation by its C-terminal ubiquitin-like domain (HUBL) and allosteric regulation by GMP-synthetase. 提交 2011-06-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 560–1084（525 aa） 片段：USP7 UBIQUITIN-LIKE DOMAIN (HUBL), RESIDUES 560-1084
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；10% PEG 4000, 200 MM NACL, 100 MM MES PH 6.0.
分辨率 2.70 Å R-free 0.216
3MQR Crystal Structure of the USP7:HdmX(AHSS) complex 提交 2010-04-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：UNP residues 54-205
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.228
3MQS Crystal Structure of the USP7:Hdm2(PSTS) complex 提交 2010-04-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 54–205（152 aa） 片段：UNP residues 54-205
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.255
4JJQ Crystal structure of usp7-ntd with an e2 enzyme 提交 2013-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–207（154 aa） 片段：USP7-NTD, UNP RESIDUES 54-205
突变：A156D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30 % PEG 4000, 0.1 M TRIS PH 8.5 AND 0.2 M LITHIUM SULFATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.217
4KG9 Crystal Structure Of USP7-NTD with MCM-BP 提交 2013-04-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 54–205（152 aa） 片段：USP7-NTD, unp residues 54-205
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30 % PEG 4000, 0.1 M Tris, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277KK, pH 8.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.233
4M5W Crystal structure of the USP7/HAUSP catalytic domain 提交 2013-08-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 207-560)
未记录 BR BROMIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；285 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 22% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 0.15 mM Cymal-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
分辨率 2.24 Å R-free 0.242
4M5X Crystal structure of the USP7/HAUSP catalytic domain 提交 2013-08-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 207-560)
未记录 BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；285 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 22% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 0.15 mM Cymal-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
分辨率 2.19 Å R-free 0.221
4M5X Crystal structure of the USP7/HAUSP catalytic domain 提交 2013-08-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa） 片段：catalytic domain (UNP residues 207-560)
未记录 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；285 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 22% PEG3350, 0.2 M sodium bromide, 0.15 mM Cymal-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
分辨率 2.19 Å R-free 0.221
4PYZ Crystal structure of the first two Ubl domains of Deubiquitylase USP7 提交 2014-03-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 537–793（257 aa） 片段：UNP residues 537-793
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；15% PEG 4000, 0.2 M NH4Ac, 0.1 M NaCitrate pH5.6, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.84 Å R-free 0.287
4PYZ Crystal structure of the first two Ubl domains of Deubiquitylase USP7 提交 2014-03-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 537–793（257 aa） 片段：UNP residues 537-793
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；15% PEG 4000, 0.2 M NH4Ac, 0.1 M NaCitrate pH5.6, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.84 Å R-free 0.287
4WPH Crystal structure of USP7 ubiquitin-like domains in compact conformation 提交 2014-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 535–888（354 aa） 片段：ubiquitin-like domain (UNP residues 535-888)
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3000, sodium citrate, L-proline
分辨率 2.92 Å R-free 0.262
4WPH Crystal structure of USP7 ubiquitin-like domains in compact conformation 提交 2014-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 535–888（354 aa） 片段：ubiquitin-like domain (UNP residues 535-888)
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 3000, sodium citrate, L-proline
分辨率 2.92 Å R-free 0.262
4WPI Crystal structure of USP7 ubiquitin-like domains in extended conformation 提交 2014-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 535–888（354 aa） 片段：ubiquitin-like domain (UNP residues 535-888)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；sodium chloride, TRIS-HCl, 2-mercaptoethanol, betaine hydrochloride
分辨率 3.40 Å R-free 0.281
4WPI Crystal structure of USP7 ubiquitin-like domains in extended conformation 提交 2014-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 535–888（354 aa） 片段：ubiquitin-like domain (UNP residues 535-888)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；sodium chloride, TRIS-HCl, 2-mercaptoethanol, betaine hydrochloride
分辨率 3.40 Å R-free 0.281
4YOC Crystal Structure of human DNMT1 and USP7/HAUSP complex 提交 2015-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 560–1102（543 aa） 片段：UNP RESIDUES 560-1102
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6-8% PEG 3350, 200 mM potassium acetate
分辨率 2.92 Å R-free 0.258
4YSI Structure of USP7 with a novel viral protein 提交 2015-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 63–205（143 aa） 片段：UNP residues 63-205
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4K, 0.2M LiSO4, 0.1M TrisHCl
分辨率 1.02 Å R-free 0.160
4Z96 Crystal structure of DNMT1 in complex with USP7 提交 2015-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 544–1067（524 aa） 片段：UNP residues 544-1067
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH5.5, 10% PEG6000, 15% glycerol
分辨率 2.85 Å R-free 0.246
4Z97 Crystal structure of USP7 in complex with DNMT1(K1115Q) 提交 2015-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 544–1067（524 aa） 片段：UNP residues 544-1067
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；297 K；0.1 M sodium citrate, pH5.5, 10% PEG6000, 15% glycerol
分辨率 3.00 Å R-free 0.254
5C56 Crystal structure of USP7/HAUSP in complex with ICP0 提交 2015-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 560–1102（543 aa） 片段：UNP RESIDUES 560-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% PEG3350, 0.2M Sodium Bromide
分辨率 2.69 Å R-free 0.263
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 561–881（321 aa） 片段：UNP residues 561-881
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000
分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5C6D Crystal structure of USP7 in complex with UHRF1 提交 2015-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 561–881（321 aa） 片段：UNP residues 561-881
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；100 mM CHES (pH 9.0), 20% PEG8000
分辨率 2.29 Å R-free 0.234
5FWI structure of usp7 catalytic domain and three ubl-domains 提交 2016-02-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 207–882（676 aa） 片段：RESIDUES 207-882
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 15% PEG 3350 0.2M NA CITRATE
分辨率 3.40 Å R-free 0.267
5GG4 Crystal structure of USP7 with RNF169 peptide 提交 2016-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 560–890（331 aa） 片段：UNP residues 560-890
链 B 560–890（331 aa） 片段：UNP residues 560-890
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.2M sodium chloride, 6% w/v PEG 8000, 0.1M Sodium cacodylate, pH 5.8
分辨率 3.11 Å R-free 0.268
5GG4 Crystal structure of USP7 with RNF169 peptide 提交 2016-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 560–890（331 aa） 片段：UNP residues 560-890
链 D 560–890（331 aa） 片段：UNP residues 560-890
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.2M sodium chloride, 6% w/v PEG 8000, 0.1M Sodium cacodylate, pH 5.8
分辨率 3.11 Å R-free 0.268
5J7T Molecular Understanding of USP7 Substrate Recognition and C-Terminal Activation 提交 2016-04-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 195–865（671 aa） 片段：USP7
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；PEG 3350, 0.2M tri-potassium citrate
分辨率 3.20 Å R-free 0.294
5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 193–538（346 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGG to Residues 1084-1102
链 A 1084–1102（19 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGG to Residues 1084-1102
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
分辨率 3.32 Å R-free 0.209
5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 193–538（346 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGG to Residues 1084-1102
链 A 1084–1102（19 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGG to Residues 1084-1102
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
分辨率 3.32 Å R-free 0.209
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 A 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 C 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 A 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 A 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 C 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 C 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 E 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 C 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 191–538（348 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
链 G 866–1086（221 aa） 片段：UNP residues 193-538 LINKED via GGSGGSGGSG to Residues 866-1102
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5KYB Crystal structure of the apo-form of USP7 catalytic domain [V302K] mutant 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：V302K GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；1% Tryptone, 0.05M HEPES Na pH 7.0, 20% PEG3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.276
5KYB Crystal structure of the apo-form of USP7 catalytic domain [V302K] mutant 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：V302K GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；1% Tryptone, 0.05M HEPES Na pH 7.0, 20% PEG3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.276
5KYC Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin (malonate bound) 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：V302K MLA MALONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；8% tacsimate pH 4.0, 20% PEG3350
分辨率 1.43 Å R-free 0.192
5KYD Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：V302K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；0.2M Ammonium fluoride, 20% PEG3350
分辨率 1.62 Å R-free 0.213
5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：H294E EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
分辨率 1.97 Å R-free 0.223
5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：H294E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
分辨率 1.97 Å R-free 0.223
5KYF Crystal structure of USP7 catalytic domain [L299A] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
突变：L299A GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.185
5N9R Crystal structure of USP7 in complex with a potent, selective and reversible small-molecule inhibitor 提交 2017-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 8RN 7-bromanyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl]methyl]thieno[3,2-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 4000, Tris, Li2-Sulfate.
分辨率 2.23 Å R-free 0.212
5N9R Crystal structure of USP7 in complex with a potent, selective and reversible small-molecule inhibitor 提交 2017-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 8RN 7-bromanyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl]methyl]thieno[3,2-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 4000, Tris, Li2-Sulfate.
分辨率 2.23 Å R-free 0.212
5N9T Crystal structure of USP7 in complex with a potent, selective and reversible small-molecule inhibitor 提交 2017-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa） 片段：UNP residues 207-560
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 8QQ 3-[4-(aminomethyl)phenyl]-2-methyl-6-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-4,4,4-tris(fluoranyl)-3-phenyl-butanoyl]piperidin-4-yl]methyl]pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Li2 Sulfate, Tris
分辨率 1.73 Å R-free 0.224
5N9T Crystal structure of USP7 in complex with a potent, selective and reversible small-molecule inhibitor 提交 2017-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa） 片段：UNP residues 207-560
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 8QQ 3-[4-(aminomethyl)phenyl]-2-methyl-6-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-4,4,4-tris(fluoranyl)-3-phenyl-butanoyl]piperidin-4-yl]methyl]pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, Li2 Sulfate, Tris
分辨率 1.73 Å R-free 0.224
5NGE Crystal structure of USP7 in complex with the non-covalent inhibitor, FT671 提交 2017-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–544（353 aa）
未记录 8WK 5-[[1-[(3~{S})-4,4-bis(fluoranyl)-3-(3-fluoranylpyrazol-1-yl)butanoyl]-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-1-(4-fluorophenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 1500, 100 mM MMT pH 8.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.272
5NGE Crystal structure of USP7 in complex with the non-covalent inhibitor, FT671 提交 2017-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–544（353 aa）
未记录 8WK 5-[[1-[(3~{S})-4,4-bis(fluoranyl)-3-(3-fluoranylpyrazol-1-yl)butanoyl]-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-1-(4-fluorophenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 1500, 100 mM MMT pH 8.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.272
5NGF Crystal structure of USP7 in complex with the covalent inhibitor, FT827 提交 2017-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 8WN ~{N}-[2-[4-[4-[(1-methyl-4-oxidanylidene-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-5-yl)methyl]-4-oxidanyl-piperidin-1-yl]carbonylphenyl]phenyl]ethanesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.33 Å R-free 0.247
5NGF Crystal structure of USP7 in complex with the covalent inhibitor, FT827 提交 2017-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa）
未记录 8WN ~{N}-[2-[4-[4-[(1-methyl-4-oxidanylidene-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-5-yl)methyl]-4-oxidanyl-piperidin-1-yl]carbonylphenyl]phenyl]ethanesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.33 Å R-free 0.247
5UQV USP7 in complex with GNE6640 (4-(2-amino-4-ethyl-5-(1H-indazol-5-yl)pyridin-3-yl)phenol) 提交 2017-02-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
未记录 8JM 4-[2-amino-4-ethyl-5-(1H-indazol-5-yl)pyridin-3-yl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.84 Å R-free 0.293
5UQV USP7 in complex with GNE6640 (4-(2-amino-4-ethyl-5-(1H-indazol-5-yl)pyridin-3-yl)phenol) 提交 2017-02-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–538（347 aa） 片段：UNP residues 192-538
未记录 8JM 4-[2-amino-4-ethyl-5-(1H-indazol-5-yl)pyridin-3-yl]phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.84 Å R-free 0.293
5UQX USP7 in complex with GNE6776 (6'-amino-4'-ethyl-5'-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl-[3,3'-bipyridine]-6-carboxamide) 提交 2017-02-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–539（348 aa） 片段：UNP residues 192-539
未记录 8JP 6'-amino-4'-ethyl-5'-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl[3,3'-bipyridine]-6-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.223
5UQX USP7 in complex with GNE6776 (6'-amino-4'-ethyl-5'-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl-[3,3'-bipyridine]-6-carboxamide) 提交 2017-02-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–539（348 aa） 片段：UNP residues 192-539
未记录 8JP 6'-amino-4'-ethyl-5'-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl[3,3'-bipyridine]-6-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.223
5VS6 Structure of DUB complex 提交 2017-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–544（353 aa） 片段：UNP residues 192-544
链 B 192–544（353 aa） 片段：UNP residues 192-544
未记录 9QD N-[3-({4-hydroxy-1-[(3R)-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl}methyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-7-yl]-3-(4-methylpiperazin-1-yl)propanamide × 2 ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, NaFormate
分辨率 2.27 Å R-free 0.232
5VSB Structure of DUB complex 提交 2017-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–544（353 aa） 片段：UNP residues 192-544
链 B 192–544（353 aa） 片段：UNP residues 192-544
未记录 9QA 7-chloro-3-{[4-hydroxy-1-(3-phenylpropanoyl)piperidin-4-yl]methyl}quinazolin-4(3H)-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, NaFormate
分辨率 1.85 Å R-free 0.249
5VSK Structure of DUB complex 提交 2017-05-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–544（353 aa）
未记录 9HS 7-chloro-3-({4-hydroxy-1-[(3S)-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, NaFormate
分辨率 3.33 Å R-free 0.274
5VSK Structure of DUB complex 提交 2017-05-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 192–544（353 aa）
未记录 9HS 7-chloro-3-({4-hydroxy-1-[(3S)-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, NaFormate
分辨率 3.33 Å R-free 0.274
5WHC USP7 in complex with Cpd2 (4-(3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)phenol) 提交 2017-07-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 209–554（346 aa） 片段：residues 209-554
未记录 AJJ 4-[3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]phenol × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.55 Å R-free 0.260
5WHC USP7 in complex with Cpd2 (4-(3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)phenol) 提交 2017-07-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 209–554（346 aa） 片段：residues 209-554
未记录 AJJ 4-[3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]phenol × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 1000, 0.1M Tris-HCl 7.0
分辨率 2.55 Å R-free 0.260
6F5H Crystal structure of USP7 in complex with a 4-hydroxypiperidine based inhibitor 提交 2017-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 207–560（354 aa）
链 B 207–560（354 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 CQ5 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R})-3-phenylbutanoyl]piperidin-4-yl]methyl]-6-(2-pyrrolidin-1-ylethylamino)pyrimidin-4-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；PEG 4000, Tris, Li2-Sulfate, pH 7.75
分辨率 2.16 Å R-free 0.262
6M1K USP7 in complex with a novel inhibitor 提交 2020-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–554（347 aa）
链 B 208–554（347 aa）
未记录 EZF methyl 4-[[4-[[3-[4-(aminomethyl)phenyl]-2-methyl-7-oxidanylidene-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-6-yl]methyl]-4-oxidanyl-piperidin-1-yl]methyl]-3-chloranyl-benzoate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1M Tris (hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride, pH 7.0, 20% (v/v) PEG 1000
分辨率 2.25 Å R-free 0.269
6P5L Crystal Structure of Ubl123 with an EZH2 peptide 提交 2019-05-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 535–890（356 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；167 mM NaCl, 20mM Tris, 5mM b-ME, 10mM betaine hydrochlorid
分辨率 3.30 Å R-free 0.289
6P5L Crystal Structure of Ubl123 with an EZH2 peptide 提交 2019-05-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 535–890（356 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；167 mM NaCl, 20mM Tris, 5mM b-ME, 10mM betaine hydrochlorid
分辨率 3.30 Å R-free 0.289
6VN2 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 18 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R44 1-({7-[(2R)-5-chloro-2-(piperazine-1-carbonyl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-yl]thieno[3,2-b]pyridin-2-yl}methyl)-1H-pyrrole-2,5-dione × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.93 Å R-free 0.290
6VN2 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 18 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R44 1-({7-[(2R)-5-chloro-2-(piperazine-1-carbonyl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-yl]thieno[3,2-b]pyridin-2-yl}methyl)-1H-pyrrole-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.93 Å R-free 0.290
6VN3 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 23 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R3Y 1-{[7-(5-chloro-2-{[(3R,4S)-4-fluoropyrrolidin-3-yl]oxy}-3-methylphenyl)thieno[3,2-b]pyridin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.73 Å R-free 0.290
6VN3 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 23 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R3Y 1-{[7-(5-chloro-2-{[(3R,4S)-4-fluoropyrrolidin-3-yl]oxy}-3-methylphenyl)thieno[3,2-b]pyridin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.73 Å R-free 0.290
6VN4 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 1 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R4D 3-({4-hydroxy-1-[(2R)-2-methyl-3-phenylpropanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.69 Å R-free 0.300
6VN4 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 1 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R4D 3-({4-hydroxy-1-[(2R)-2-methyl-3-phenylpropanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.69 Å R-free 0.300
6VN5 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 7 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R41 [(2R)-7-(2-aminopyridin-4-yl)-5-chloro-2,3-dihydro-1-benzofuran-2-yl](piperazin-1-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
6VN5 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 7 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R41 [(2R)-7-(2-aminopyridin-4-yl)-5-chloro-2,3-dihydro-1-benzofuran-2-yl](piperazin-1-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
6VN6 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 14 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–555（349 aa）
未记录 R4J [(2R)-5-chloro-7-{2-[(2S)-1-chloro-2,3-dihydroxypropan-2-yl]thieno[3,2-b]pyridin-7-yl}-2,3-dihydro-1-benzofuran-2-yl](piperazin-1-yl)methanone × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.99 Å R-free 0.267
6VN6 USP7 IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 14 提交 2020-01-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–555（349 aa）
未记录 R4J [(2R)-5-chloro-7-{2-[(2S)-1-chloro-2,3-dihydroxypropan-2-yl]thieno[3,2-b]pyridin-7-yl}-2,3-dihydro-1-benzofuran-2-yl](piperazin-1-yl)methanone × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；NULL
分辨率 2.99 Å R-free 0.267
7CM2 The Crystal Structure of human USP7 USP domain from Biortus 提交 2020-07-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa） 片段：UNP residues 208-560
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH8.5, 25% PEG3,350
分辨率 2.25 Å R-free 0.236
7CM2 The Crystal Structure of human USP7 USP domain from Biortus 提交 2020-07-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa） 片段：UNP residues 208-560
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH8.5, 25% PEG3,350
分辨率 2.25 Å R-free 0.236
7VIJ Crystal structure of USP7-HUBL domain 提交 2021-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 560–1083（524 aa） 片段：HUBL domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1M imidazole pH 7.0, 8% w/v polyethylene glycol 3350, 5% v/v 2-propanol
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
7XHH High-resolution X-ray cocrystal structure of USP7 in complex with X4 提交 2022-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 207–554（348 aa）
链 B 207–554（348 aa）
未记录 DYO 3-[4-(aminomethyl)phenyl]-6-[[1-[[2-chloranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-2-methyl-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1M Tris (hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride, pH 7.0, 20% (v/v) PEG 1000
分辨率 2.10 Å R-free 0.218
7XHK High-resolution X-ray cocrystal structure of USP7 in complex with LX04-46 提交 2022-04-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 211–553（343 aa）
未记录 DVU ~{N}-[[4-[6-[[1-[[2-chloranyl-4-(furan-2-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-2-methyl-7-oxidanylidene-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl]phenyl]methyl]methanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；20mg/ml Crystal, 100mM Tris,20% PEG 1000, PH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.264
7XPY Crystal structure of USP7 in complex with its inhibitor 提交 2022-05-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 560–1102（543 aa） 片段：UNP RESIDUES 560-1102
未记录 EIB [(3S,3aR,4R,6Z,9S,10E,11aR)-9-acetyloxy-6-(acetyloxymethyl)-3,10-dimethyl-2-oxidanylidene-3a,4,5,8,9,11a-hexahydro-3H-cyclodeca[b]furan-4-yl] (E)-2-methyl-4-oxidanyl-but-2-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；2% v/v Tacsimate pH 7.0, 0.1 M Imidazole pH 7.0, 8% w/v Polyethylene glycol 3350, 5% v/v 2-Propanol
分辨率 2.35 Å R-free 0.266
8D4Z Crystal structure of USP7 in complex with allosteric inhibitor FX1-3763 提交 2022-06-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 QBL 1-({(7M)-7-[1-(azetidin-3-yl)-6-chloro-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]thieno[3,2-b]pyridin-2-yl}methyl)pyrrolidine-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.10 M Bis-Tris-Propane pH 8.50, 0.10 M K-formate, 26.0 % (w/v) PEG 3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.260
8D4Z Crystal structure of USP7 in complex with allosteric inhibitor FX1-3763 提交 2022-06-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 QBL 1-({(7M)-7-[1-(azetidin-3-yl)-6-chloro-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]thieno[3,2-b]pyridin-2-yl}methyl)pyrrolidine-2,5-dione × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.10 M Bis-Tris-Propane pH 8.50, 0.10 M K-formate, 26.0 % (w/v) PEG 3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.260
9DEK USP7 in complex with macrocycle inhibitor MC02 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 20% w/v PEG 5000 MME
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
9DEK USP7 in complex with macrocycle inhibitor MC02 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 20% w/v PEG 5000 MME
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
9DEL USP7 in complex with macrocycle MC03 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25 %w/v PEG 1500, 0.1 M MMT pH 7
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
9DEL USP7 in complex with macrocycle MC03 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25 %w/v PEG 1500, 0.1 M MMT pH 7
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
9DEM USP7 in complex with macrocycle MC04 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1M Tris pH 8.0 and 5% PEG 8000
分辨率 1.77 Å R-free 0.237
9DEN USP7 in complex with macrocycle MC07 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.93 Å R-free 0.250
9DEN USP7 in complex with macrocycle MC07 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 EOH ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.93 Å R-free 0.250
9DEO USP7 in complex with macrocycle inhibitor MC08 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% w/v PEG 1500, 0.1 M MMT pH 7
分辨率 2.70 Å R-free 0.296
9DEO USP7 in complex with macrocycle inhibitor MC08 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；25% w/v PEG 1500, 0.1 M MMT pH 7
分辨率 2.70 Å R-free 0.296
9DEP USP7 in complex with macrocycle MC09 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.57 Å R-free 0.284
9DEP USP7 in complex with macrocycle MC09 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–538（347 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.57 Å R-free 0.284
9DEP USP7 in complex with macrocycle MC09 提交 2024-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 192–538（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% w/v PEG 1500 and 0.1 M MMT (malic acid, MES, Tris) buffer pH 7
分辨率 2.57 Å R-free 0.284
9FIO Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 R4D 3-({4-hydroxy-1-[(2R)-2-methyl-3-phenylpropanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.60 Å R-free 0.321
9FIO Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa）
未记录 R4D 3-({4-hydroxy-1-[(2R)-2-methyl-3-phenylpropanoyl]piperidin-4-yl}methyl)quinazolin-4(3H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.60 Å R-free 0.321
9FIP Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 A1ICU 3-[[4-oxidanyl-1-[(1~{R},2~{R})-2-phenylcyclohexyl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 3.06 Å R-free 0.264
9FIP Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 A1ICU 3-[[4-oxidanyl-1-[(1~{R},2~{R})-2-phenylcyclohexyl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 3.06 Å R-free 0.264
9FIR Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 A1ICS 3-[[1-[(2~{S},3~{S})-1-methyl-6-oxidanylidene-2-phenyl-piperidin-3-yl]carbonyl-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.76 Å R-free 0.322
9FIR Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 A1ICS 3-[[1-[(2~{S},3~{S})-1-methyl-6-oxidanylidene-2-phenyl-piperidin-3-yl]carbonyl-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.76 Å R-free 0.322
9FIS Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 A1ICW 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.77 Å R-free 0.243
9FIS Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 208–560（353 aa）
未记录 A1ICW 3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.77 Å R-free 0.243
9FIT Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICT 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyrimidin-5-ylthiophen-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.328
9FIT Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICT 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyrimidin-5-ylthiophen-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.328
9FIU Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICX 3-[[1-[(3~{R},4~{R})-1-[5-(3-methoxypyridin-4-yl)thiophen-2-yl]carbonyl-3-phenyl-piperidin-4-yl]carbonyl-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-7-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 3.37 Å R-free 0.297
9FIU Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICX 3-[[1-[(3~{R},4~{R})-1-[5-(3-methoxypyridin-4-yl)thiophen-2-yl]carbonyl-3-phenyl-piperidin-4-yl]carbonyl-4-oxidanyl-piperidin-4-yl]methyl]-7-methyl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 3.37 Å R-free 0.297
9FIV Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICO 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyridin-4-yl-1,3-thiazol-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.330
9FIV Structure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity 提交 2024-05-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
突变：F409A A1ICO 7-methyl-3-[[4-oxidanyl-1-[(3~{R},4~{R})-3-phenyl-1-[(5-pyridin-4-yl-1,3-thiazol-2-yl)methyl]piperidin-4-yl]carbonyl-piperidin-4-yl]methyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；23% peg 3350, 0.6 M sodium formate, 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.330
9IJU Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.46 Å R-free 0.270
9IJU Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 208–560（353 aa）
未记录 SRE (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.46 Å R-free 0.270
9IJU Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.46 Å R-free 0.270
9IJU Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 208–560（353 aa）
未记录 SRE (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.46 Å R-free 0.270
9IML Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IML Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 208–560（353 aa）
未记录 XB7 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{1-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]piperidin-4-yl}-1H-benzimidazol-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IML Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IML Sertraline enhances the deubiquitinase activity of USP7 by binding to its switching loop region 提交 2024-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 208–560（353 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9K2W Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; closed conformation 提交 2024-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1102（1102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
9K2X Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; open conformation 提交 2024-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1102（1102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
9QJE USP7 Covalently Bound to N-(6-Fluoro-3-nitropyridin-2-yl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)isoquinolin-3-amine (GCL36, 7a) with Partial Occupancy 提交 2025-03-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–560（354 aa）
未记录 A1I71 5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-N-(3-nitropyridin-2-yl)isoquinolin-3-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；USP7 (17.5 mg/mL) was incubated with the Compound (500 uM in reservoir solution) prior to crystallization. The reservoir solution contained 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M sodium bromide, 22% PEG3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.248
9QJE USP7 Covalently Bound to N-(6-Fluoro-3-nitropyridin-2-yl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)isoquinolin-3-amine (GCL36, 7a) with Partial Occupancy 提交 2025-03-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–560（354 aa）
未记录 A1I71 5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-N-(3-nitropyridin-2-yl)isoquinolin-3-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；USP7 (17.5 mg/mL) was incubated with the Compound (500 uM in reservoir solution) prior to crystallization. The reservoir solution contained 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M sodium bromide, 22% PEG3350
分辨率 2.26 Å R-free 0.248
9SZN Crystal structure of the catalytic domain of USP7 in complex with Compound 43 提交 2025-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 208–560（353 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1JSJ 3-((7-(3-((S)-3-aminopyrrolidine-1-carbonyl)-4-methyl-6-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)thieno[3,2-b]pyridin-2-yl)methyl)-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2,4-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；8 % w/v PEG 20,000/8 % v/v PEG 550 MME; 0.1 M Sodium acetate pH 4.5; 0.25 M Potassium bromide
分辨率 1.99 Å R-free 0.226
9SZO Crystal structure of the catalytic domain of USP7 in complex with Compound 13 提交 2025-10-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 208–560（353 aa）
未记录 A1JSK (43S,Z)-25-chloro-23-methyl-3-oxa-1(7,2)-thieno[3,2-b]pyridina-4(3,1)-piperidina-11(1,3)-imidazolidina-2(1,2)-benzenacyclododecaphan-7-ene-112,114-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；8 % w/v PEG 20,000/8 % v/v PEG 550 MME; 0.1 M Sodium acetate pH 4.5; 0.25 M Potassium bromide
分辨率 2.57 Å R-free 0.280

共 84 个其他 PDB 条目、144 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBP7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–355； UniProt 207–560 作者链 B； PDB构建体 2–355； UniProt 207–560

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fiq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fiq
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9fiq
沉积日期 deposition_date2024-05-29
结构标题 titleStructure-guided discovery of selective USP7 inhibitors with in vivo activity
关键词 keywordsHAUSP, USP7, SBDD, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.89 Å
零角强度 I(0) i093079100.00
分子量 molecular_weight76554.0 kDa
排除体积 excluded_volume95973 ų
包络体积 envelope_volume127050 ų
水化壳体积 shell_volume34999 ų
包络直径 envelope_diameter116.1 Å
壳层 Rg shell_rg36.90 Å
包络 Rg envelope_rg31.15 Å
形状 Rg shape_rg30.88 Å
总 Rg total_rg31.49 Å
总原子数 total_atoms10697
残基数 n_residues653
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.5 Å
Rg (实空间) rg_real31.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real9.3080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal93080000.0000
解质量估计 total_estimate0.8669
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.2 Å
偏度 Skewness skewness0.385
峰度 Kurtosis kurtosis-0.270
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18610000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.962
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)