9gvc

Cryo-EM structure of Halothiobacillus neapolitanus alpha-carboxysome T=4 mini-shell containing CTD truncated mutant of CsoSCA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 80.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gvc
沉积日期 deposition_date	2024-09-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of Halothiobacillus neapolitanus alpha-carboxysome T=4 mini-shell containing CTD truncated mutant of CsoSCA
关键词 keywords	Carboxysome, carbonic anhydrase, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.57 Å
零角强度 I(0) i0	23959500.00
分子量 molecular_weight	36956.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46309 Å³
包络体积 envelope_volume	55724 Å³
水化壳体积 shell_volume	21556 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.47 Å
包络 Rg envelope_rg	22.93 Å
形状 Rg shape_rg	22.56 Å
总 Rg total_rg	23.34 Å
总原子数 total_atoms	2590
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8751
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.399
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.254
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4044000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.954

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Carboxysome shell vertex protein CsoS4A
分子量 formula_weight	8900.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4
原子数 atom_count	2620

MKIMQVEKTLVSTNRIADMGHKPLLVVWEKPGAPRQVAVDAIGCIPGDWVLCVGSSAAREAAGSKSYPSDLTIIGIIDQWNGE

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B

Entity 2 polymer

描述 description	Major carboxysome shell protein CsoS1A
分子量 formula_weight	9973.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E

MADVTGIALGMIETRGLVPAIEAADAMTKAAEVRLVGRQFVGGGYVTVLVRGETGAVNAAVRAGADACERVGDGLVAAHIIARVHSEVENILPKAPQA

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.82 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	47086

fit	/app/data/saxs_computation/gv/9gvc/9gvc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gv/9gvc/9gvc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gv/9gvc/9gvc.dat

Cryo-EM structure of Halothiobacillus neapolitanus alpha-carboxysome T=4 mini-shell containing CTD truncated mutant of CsoSCA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)