9h3r

50S subunit precursor C-CP_YjgA_(L22)-

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 257.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9h3r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9h3r
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9h3r
沉积日期 deposition_date2024-10-17
最后修订 last_revision2025-01-22
结构标题 title50S subunit precursor C-CP_YjgA_(L22)-
关键词 keywordsribosome, antimicrobial peptide, RNA, ribosomal protein, PrAMP, proline-rich peptide, antibiotics, 50S, Api137; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier71.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron71.94
零角强度 I(0) i046461900000.00
分子量 molecular_weight1158200.0 kDa
排除体积 excluded_volume1169800 ų
包络体积 envelope_volume2123500 ų
水化壳体积 shell_volume231620 ų
包络直径 envelope_diameter239.6
壳层 Rg shell_rg80.70
包络 Rg envelope_rg70.75
形状 Rg shape_rg71.96
总 Rg total_rg71.95
总原子数 total_atoms77649
残基数 n_residues5222
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax257.5
Rg (实空间) rg_real73.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.55
I(0) (实空间) i0_real4.6460e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.9160e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46520000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8904
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary93.6
偏度 Skewness skewness0.456
峰度 Kurtosis kurtosis0.102
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.8491
最高正则化参数 α highest_alpha4345000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.747; Stabil: 0.918; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.867

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (25)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)