Frataxin mature form
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 90–210 | 未记录 | Camelid Nanobody 4A7 × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.2M Sodium Thiocyanate pH 6.9 20% PEG 3350 | 分辨率 1.50 Å R-free 0.210 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9HO5 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1EKG MATURE HUMAN FRATAXIN 提交 2000-03-08 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
84–210(127 aa)
片段:RESIDUES 88-210
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;291 K;2.5 M ammonium sulfate, 0.1 sodium citrate, 2% sucrose, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.220 |
| 1LY7 The solution structure of the the c-terminal domain of frataxin, the protein responsible for friedreich ataxia 提交 2002-06-07 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
91–210(120 aa)
片段:C-TERMINAL DOMAIN (91-210)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8;300 K;离子强度(mmCIF原始值)10 mM phosphate;压力 ambient
NMR样品组成
1 MM FRATAXIN. U-15N 10
MM PHOSPHATE BUFFER (PH
6.8)90% H2O, 10% D2O | h2o
|
分辨率未提供 |
| 3S4M Crystal structure of wild-type human frataxin 提交 2011-05-19 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;295 K;30% MPD, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.187 |
| 3S5D Crystal structure of human frataxin variant W155A 提交 2011-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:W155A | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;295 K;1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.192 |
| 3S5E Crystal structure of human frataxin variant W155R, one of the Friedreich's ataxia point mutations 提交 2011-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:W155R | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;295 K;16% PEG2000 MME, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.197 |
| 3S5F Crystal structure of human frataxin variant W155F 提交 2011-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:W155F | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride, 30% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.213 |
| 3S5F Crystal structure of human frataxin variant W155F 提交 2011-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:W155F | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride, 30% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.213 |
| 3T3J 1.70 A structure of Friedreich's ataxia frataxin variant N146K 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:N146K | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;295 K;28% PEG2000 MME, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.245 |
| 3T3K 1.24 A Structure of Friedreich's ataxia frataxin variant Q148R 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:Q148R | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.197 |
| 3T3L 1.15 A structure of human frataxin variant Q153A 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:Q153A | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;295 K;2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.179 |
| 3T3T 1.38 A structure of human frataxin variant Q148G 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:Q148G | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.227 |
| 3T3T 1.38 A structure of human frataxin variant Q148G 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:Q148G | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.227 |
| 3T3T 1.38 A structure of human frataxin variant Q148G 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:Q148G | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.227 |
| 3T3T 1.38 A structure of human frataxin variant Q148G 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:Q148G | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.227 |
| 3T3X 1.57 A structure of Friedreich's ataxia frataxin variant R165C 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:R165C | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;1.9 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.251 |
| 3T3X 1.57 A structure of Friedreich's ataxia frataxin variant R165C 提交 2011-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
82–210(129 aa)
片段:mature form (UNP residues 82-210)
|
突变:R165C | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;1.9 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.251 |
| 5KZ5 Architecture of the Human Mitochondrial Iron-Sulfur Cluster Assembly Machinery: the Complex Formed by the Iron Donor, the Sulfur Donor, and the Scaffold 提交 2016-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric |
链 A
42–210(169 aa)
链 B
42–210(169 aa)
链 C
42–210(169 aa)
链 D
42–210(169 aa)
链 E
42–210(169 aa)
链 F
42–210(169 aa)
链 G
42–210(169 aa)
链 H
42–210(169 aa)
链 I
42–210(169 aa)
链 J
42–210(169 aa)
链 K
42–210(169 aa)
链 L
42–210(169 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
|
分辨率 14.30 Å |
| 6NZU Structure of the human frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex 提交 2019-02-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 I
81–210(130 aa)
片段:UNP residues 81-210
链 J
81–210(130 aa)
片段:UNP residues 81-210
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8PK8 Structure of the human mitochondrial iron-sulfur cluster biosynthesis complex during persulfide transfer (persulfide on ISCU2) 提交 2023-06-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 E
81–210(130 aa)
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 FE2 FE (II) ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 8PK9 Structure of the human mitochondrial iron-sulfur cluster biosynthesis complex during persulfide transfer (persulfide on NFS1 and ISCU2) 提交 2023-06-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 E
81–210(130 aa)
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 FE2 FE (II) ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 8RME Structure of the core ISC complex under turnover conditions (frataxin-bound) 提交 2024-01-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric |
链 I
81–210(130 aa)
|
未记录 | FE2 FE (II) ION × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 9HO4 Crystal Structure of the Human Frataxin protein in complex with a tailored Camelid Nanobody 6B1 提交 2024-12-11 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
93–206(114 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.1M HEPES pH 7.0
0.8M Potassium Sodium Tartrate
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.175 |
| 9HO6 Crystal Structure of the Human Frataxin protein in complex with a tailored Camelid Nanobody 16C10 提交 2024-12-11 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
90–210(121 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;15% PEG 10K
0.1M Ammonium acetate
0.1M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.227 |
| 9HO6 Crystal Structure of the Human Frataxin protein in complex with a tailored Camelid Nanobody 16C10 提交 2024-12-11 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
90–210(121 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;15% PEG 10K
0.1M Ammonium acetate
0.1M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.227 |
共 18 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | FRDA_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 2–122; UniProt 90–210 |