9hp9

Cas9-Cas1-Cas2-Csn2 supercomplex with dsDNA in PAM-unbound conformation, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9

Streptococcus thermophilus DGCC 7710

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 2 RNA 2	Cas9 crRNA × 1 Cas9 tracrRNA × 1 DNA (49-MER) × 1 DNA (49-MER) × 1 CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 2 （G3ECR2） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 1 （G3ECR3） CRISPR-associated protein Csn2 × 4 （G3ECR4） CALCIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS9_STRTR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1388； UniProt 22–1409

CRISPR-associated endonuclease Cas1

Streptococcus thermophilus DGCC 7710

UniProt G3ECR2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 2 RNA 2	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （G3ECR1） Cas9 crRNA × 1 Cas9 tracrRNA × 1 DNA (49-MER) × 1 DNA (49-MER) × 1 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 1 （G3ECR3） CRISPR-associated protein Csn2 × 4 （G3ECR4） CALCIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS1_STRTR
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 G； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

Streptococcus thermophilus DGCC 7710

UniProt G3ECR3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 2 RNA 2	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （G3ECR1） Cas9 crRNA × 1 Cas9 tracrRNA × 1 DNA (49-MER) × 1 DNA (49-MER) × 1 CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 2 （G3ECR2） CRISPR-associated protein Csn2 × 4 （G3ECR4） CALCIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS2_STRTR
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114

CRISPR-associated protein Csn2

Streptococcus thermophilus DGCC 7710

UniProt G3ECR4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 2 RNA 2	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （G3ECR1） Cas9 crRNA × 1 Cas9 tracrRNA × 1 DNA (49-MER) × 1 DNA (49-MER) × 1 CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 2 （G3ECR2） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 1 （G3ECR3） CALCIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSN2_STRTR
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 17–235； UniProt 1–219 作者链 M； PDB构建体 17–235； UniProt 1–219 作者链 N； PDB构建体 17–235； UniProt 1–219 作者链 O； PDB构建体 17–235； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hp9
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
结构标题 title	Cas9-Cas1-Cas2-Csn2 supercomplex with dsDNA in PAM-unbound conformation, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
关键词 keywords	CIRSPR-Cas, spacer acquisition, Csn2, Cas1, Cas2, CRISPR integrase, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9hp9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9hp9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9hp9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.63 Å
Rg（电子密度）	51.78 Å
总 Rg	51.88 Å
原子数	23568
残基数	2904
排除体积	405680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9hp9__assembly_1__model_1`	12-meric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	162498.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23568

MTKPYSIGLDIGTNSVGWAVITDNYKVPSKKMKVLGNTSKKYIKKNLLGVLLFDSGITAEGRRLKRTARRRYTRRRNRILYLQEIFSTEMATLDDAFFQRLDDSFLVPDDKRDSKYPIFGNLVEEKVYHDEFPTIYHLRKYLADSTKKADLRLVYLALAHMIKYRGHFLIEGEFNSKNNDIQKNFQDFLDTYNAIFESDLSLENSKQLEEIVKDKISKLEKKDRILKLFPGEKNSGIFSEFLKLIVGNQADFRKCFNLDEKASLHFSKESYDEDLETLLGYIGDDYSDVFLKAKKLYDAILLSGFLTVTDNETEAPLSSAMIKRYNEHKEDLALLKEYIRNISLKTYNEVFKDDTKNGYAGYIDGKTNQEDFYVYLKNLLAEFEGADYFLEKIDREDFLRKQRTFDNGSIPYQIHLQEMRAILDKQAKFYPFLAKNKERIEKILTFRIPYYVGPLARGNSDFAWSIRKRNEKITPWNFEDVIDKESSAEAFINRMTSFDLYLPEEKVLPKHSLLYETFNVYNELTKVRFIAESMRDYQFLDSKQKKDIVRLYFKDKRKVTDKDIIEYLHAIYGYDGIELKGIEKQFNSSLSTYHDLLNIINDKEFLDDSSNEAIIEEIIHTLTIFEDREMIKQRLSKFENIFDKSVLKKLSRRHYTGWGKLSAKLINGIRDEKSGNTILDYLIDDGISNRNFMQLIHDDALSFKKKIQKAQIIGDEDKGNIKEVVKSLPGSPAIKKGILQSIKIVDELVKVMGGRKPESIVVEMARENQYTNQGKSNSQQRLKRLEKSLKELGSKILKENIPAKLSKIDNNALQNDRLYLYYLQNGKDMYTGDDLDIDRLSNYDIDHIIPQAFLKDNSIDNKVLVSSASNRGKSDDFPSLEVVKKRKTFWYQLLKSKLISQRKFDNLTKAERGGLLPEDKAGFIQRQLVETRQITKHVARLLDEKFNNKKDENNRAVRTVKIITLKSTLVSQFRKDFELYKVREINDFHHAHDAYLNAVIASALLKKYPKLEPEFVYGDYPKYNSFRERKSATEKVYFYSNIMNIFKKSISLADGRVIERPLIEVNEETGESVWNKESDLATVRRVLSYPQVNVVKKVEEQNHGLDRGKPKGLFNANLSSKPKPNSNENLVGAKEYLDPKKYGGYAGISNSFAVLVKGTIEKGAKKKITNVLEFQGISILDRINYRKDKLNFLLEKGYKDIELIIELPKYSLFELSDGSRRMLASILSTNNKRGEIHKGNQIFLSQKFVKLLYHAKRISNTINENHRKYVENHKKEFEELFYYILEFNENYVGAKKNGKLLNSAFQSWQNHSIDELCSSFIGPTGSERKGLFELTSRGSAADFEFLGVKIPRYRDYTPSSLLKDATLIHQSVTGLYETRIDLAKLGEGLEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cas9 crRNA
分子量 formula_weight	13609.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CGCUAAAGAGGAAGAGGACAGUUUUAGAGCUGUGUUGUUUCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cas9 tracrRNA
分子量 formula_weight	24119.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CGAAACAACACAGCGAGUUAAAAUAAGGCUUAGUCCGUACUCAACUUGAAAAGGUGGCACCGAUUCGGUGUUUUU

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (49-MER)
分子量 formula_weight	15003.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GATGTCTTCCAATTTACTACTCGTTCTGGTGTTTCTCGAGGCGTCAGCC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (49-MER)
分子量 formula_weight	15182.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGCTGACGCCTCGAGAAACACCAGAACGAGTAGTAAATTGGAAGACATC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子量 formula_weight	34854.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MAGWRTVVVNIHSKLSYKNNHLIFRNSYKTEMIHLSEIDILLLETTDIVLTTMLVKRLVDENILVIFCDDKRLPTAFLTPYYARHDSSLQIARQIAWKENVKCEVWTAIIAQKILNQSYYLGECSFFEKSQSIMELYHGLERFDPSNREGHSARIYFNTLFGNDFTRESDNDINAALDYGYTLLLSMFAREVVVCGCMTQIGLKHANQFNQFNLASDIMEPFRPIIDRIVYQNRHNNFVKIKKELFSIFSETYLYNGKEMYLSNIVSDYTKKVIKALNQLGEEIPEFRMSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
分子量 formula_weight	13431.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSYRYMRMILMFDMPTDTAEERKAYRKFRKFLLSEGFIMHQFSVYSKLLLNHTANTAMVGRLKANNPKKGNITILTVTEKQFARMIYLYGDKNTSIANSEERLVFLGDNYCDED

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csn2
分子量 formula_weight	27459.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,L,N,M

MGHHHHHHENLYFQGGMKINFSLLDEPMEVNLGTVLVIEDVSVFAQLVKEFYQYDEQSNLTIFDSKIRSIRSSELLLITDILGYDINTSQVLKLLHTDIVSQLNDKPEVRSEIDSLVSLITDIIMAECIENELDIEYDEITLLELIKALGVRIETKSCTVFEKIFEILQIFKYLVKKRILVFVNSLSYFSKDEIYQILEYTKLSQADVLFLEPRQIEGIQQFILDKDYILMPYNN

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.39 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	67204

Cas9-Cas1-Cas2-Csn2 supercomplex with dsDNA in PAM-unbound conformation, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein Csn2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9hp9__assembly_1__model_1

9hp9__assembly_1__model_1 | I(q)

9hp9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)