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9hxs

CS-ROSETTA Structure of the Z Domain of the IgG-Binding Staphylococcal Protein A

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein A

Staphylococcus aureus

UniProt P02976

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 212–269 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成：2 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein Z, 25 mM MES, 1 mM CaCl2, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9HXS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DEE Structure of S. aureus protein A bound to a human IgM Fab 提交 1999-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 100–153（54 aa） 片段：RECOMBINANT DOMAIN D
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MPEG 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.281
1DEE Structure of S. aureus protein A bound to a human IgM Fab 提交 1999-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 100–153（54 aa） 片段：RECOMBINANT DOMAIN D
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MPEG 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.281
1FC2 Crystallographic Refinement and Atomic Models of a Human FC Fragment and its Complex with Fragment B of Protein A from Staphylococcus Aureus at 2.9-and 2.8-Angstroms Resolution 提交 1981-05-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 212–269（58 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1H0T An affibody in complex with a target protein: structure and coupled folding 提交 2002-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 213–269（57 aa） 片段：RESIDUES 213-269
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.6；303 K；压力 1
分辨率未提供
4Y4Y T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (C2 crystal form) 提交 2015-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 B 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 C 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 D 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 E 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 F 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 G 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 H 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 I 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 J 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 K 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 L 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 M 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 N 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 O 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 P 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 Q 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 R 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 S 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 T 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 U 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 V 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 W 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 X 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 Y 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 Z 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 a 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 b 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 c 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
链 d 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；15-20% PEG 4000, 5% Iso-propanol, 100 mM Sodium citrate
分辨率 3.00 Å R-free 0.200
4Y5Z T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (P1 crystal form) 提交 2015-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 0 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 1 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 2 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 3 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 4 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 5 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 6 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 7 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 A 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 B 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 C 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 D 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 E 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 F 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 G 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 H 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 I 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 J 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 K 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 L 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 M 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 N 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 O 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 P 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 Q 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 R 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 S 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 T 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 U 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 V 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 W 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 X 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 Y 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 Z 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 a 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 b 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 c 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 d 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 e 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 f 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 g 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 h 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 i 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 j 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 k 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 l 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 m 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 n 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 o 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 p 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 q 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 r 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 s 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 t 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 u 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 v 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 w 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 x 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 y 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
链 z 158–211（54 aa） 片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；15-25% PEG 400, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES
分辨率 2.95 Å R-free 0.249
9BDE Middle Region of Apolipoprotein B 100 bound to Low Density Lipoprotein Receptor 提交 2024-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 278–327（50 aa） 片段：;residues 27-384 (Uniprot numbering),residues 278-327 (Uniprot numbering),103-151 (Uniprot numbering),residues 440-497 (Uniprot numbering) ;
链 B 103–151（49 aa） 片段：;residues 27-384 (Uniprot numbering),residues 278-327 (Uniprot numbering),103-151 (Uniprot numbering),residues 440-497 (Uniprot numbering) ;
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.18 Å
9M5D Crystal structure of S. aureus protein A bound to a human single-domain antibody 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 93–153（61 aa）
链 H 93–153（61 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.2M Magnesium chloride and 0.1M BIS-Tris 5.5
分辨率 3.57 Å R-free 0.271
9M6J Crystal structure of S. aureus protein A bound to a camelid single-domain antibody 提交 2025-03-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 93–153（61 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M Ammonium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
9M6O Crystal structure of S. aureus protein A bound to a camelid single-domain antibody 提交 2025-03-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 93–153（61 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.1M Citric acid 3.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.257
9M6O Crystal structure of S. aureus protein A bound to a camelid single-domain antibody 提交 2025-03-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 93–153（61 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.1M Citric acid 3.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.257
9QBJ Legobody dimer 提交 2025-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 I 295–321（27 aa）
链 J 295–321（27 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPA_STAA8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–58； UniProt 212–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9hxs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9hxs
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9hxs
沉积日期 deposition_date2025-01-08
最后修订 last_revision2026-01-21
结构标题 titleCS-ROSETTA Structure of the Z Domain of the IgG-Binding Staphylococcal Protein A
关键词 keywordsZ Domain, Staphylococcus, Protein A, Three-Helix, Monomeric, IgG-Binding, Ig-Binding, Antibody-Binding, Fc-Binding, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.42 Å
零角强度 I(0) i056211300.00
分子量 molecular_weight59745.0 kDa
排除体积 excluded_volume73935 ų
包络体积 envelope_volume14980 ų
水化壳体积 shell_volume10006 ų
包络直径 envelope_diameter50.0 Å
壳层 Rg shell_rg18.44 Å
包络 Rg envelope_rg13.77 Å
形状 Rg shape_rg11.37 Å
总 Rg total_rg11.92 Å
总原子数 total_atoms8334
残基数 n_residues522
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.4 Å
Rg (实空间) rg_real11.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real5.6210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal56210000.0000
解质量估计 total_estimate0.7048
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary14.3 Å
偏度 Skewness skewness0.350
峰度 Kurtosis kurtosis0.108
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha59100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.435; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.877; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)