9im5

Tubulin-RB3(MUT)-TTL-Y12

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 186.1 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9im5
沉积日期 deposition_date	2024-07-02
结构标题 title	Tubulin-RB3(MUT)-TTL-Y12
关键词 keywords	Tubulin, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.44 Å
零角强度 I(0) i0	1744810000.00
分子量 molecular_weight	228320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	219270 Å³
包络体积 envelope_volume	426400 Å³
水化壳体积 shell_volume	67754 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.5 Å
壳层 Rg shell_rg	51.00 Å
包络 Rg envelope_rg	57.63 Å
形状 Rg shape_rg	57.44 Å
总 Rg total_rg	57.32 Å
总原子数 total_atoms	17231
残基数 n_residues	2149
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.1 Å
Rg (实空间) rg_real	57.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1741000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4964
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.554
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.569
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	93620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.613; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.003; Positv: 1.000; Valcen: 0.587; Smooth: 0.012

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	50204.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17251

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	49907.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEA

Entity 3 polymer

描述 description	Stathmin-4
分子量 formula_weight	16834.1 kDa
突变 mutation	H71Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MADMEVIELNKCTSGQSFEVILKPPSFDGVPEFNASLPRRRDPSLEEIQKKLEAAEERRKYQEAELLKQLAEKREHEREVIQKAIEENNNFIKMAKEKLAQKMESNKENREAHLAAMLERLQEKDKHAEEVRKNKELKEEASR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Tubulin--tyrosine ligase
分子量 formula_weight	44378.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.25
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MYTFVVRDENSSVYAEVSRLLLATGQWKRLRKDNPRFNLMLGERNRLPFGRLGHEPGLVQLVNYYRGADKLCRKASLVKLIKTSPELSESCTWFPESYVIYPTNLKTPVAPAQNGIRHLINNTRTDEREVFLAAYNRRREGREGNVWIAKSSAGAKGEGILISSEASELLDFIDEQGQVHVIQKYLEKPLLLEPGHRKFDIRSWVLVDHLYNIYLYREGVLRTSSEPYNSANFQDKTCHLTNHCIQKEYSKNYGRYEEGNEMFFEEFNQYLMDALNTTLENSILLQIKHIIRSCLMCIEPAISTKHLHYQSFQLFGFDFMVDEELKVWLIEVNGAPACAQKLYAELCQGIVDVAISSVFPLADTGQKTSQPTSIFIKLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	~{N}4-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-6-(1~{H}-indol-4-yl)pyrimidine-2,4-diamine
分子量 formula_weight	359.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.350 Å
晶胞边长 b length_b	160.780 Å
晶胞边长 c length_c	184.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.860 Å
最低分辨率 resolution_low	37.150 Å
R 因子 r_factor	0.2099
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2457

fit	/app/data/saxs_computation/im/9im5/9im5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/im/9im5/9im5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/im/9im5/9im5.dat

Tubulin-RB3(MUT)-TTL-Y12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)