SAXSdb — 9ipm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 6	1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 TETRADECANE × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 109–214； UniProt 23–128 作者链 B； PDB构建体 109–214； UniProt 23–128 作者链 C； PDB构建体 109–214； UniProt 23–128 作者链 D； PDB构建体 109–214； UniProt 23–128 作者链 E； PDB构建体 109–214； UniProt 23–128 作者链 F； PDB构建体 109–214； UniProt 23–128

Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt Q9UKL4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 6	1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 TETRADECANE × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CXD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 A； PDB构建体 215–348； UniProt 188–321 作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 B； PDB构建体 215–348； UniProt 188–321 作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 C； PDB构建体 215–348； UniProt 188–321 作者链 D； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 D； PDB构建体 215–348； UniProt 188–321 作者链 E； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 E； PDB构建体 215–348； UniProt 188–321 作者链 F； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 F； PDB构建体 215–348； UniProt 188–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ipm
沉积日期 deposition_date	2024-07-11
结构标题 title	Hemichannel sub-structure of Cx36/GJD2 gap junction intercellular channel (FN conformation) in soybean polar lipid nanodiscs, treated with a 20-fold molar excess of carbenoxolone
关键词 keywords	Gap junction, Connexin36, Inhibitor, Carbenoxolone, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ipm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ipm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ipm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.32 Å
Rg（电子密度）	32.16 Å
总 Rg	33.07 Å
原子数	8760
残基数	1026
排除体积	161400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ipm__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	41035.4 kDa
突变 mutation	M29W,H124I,R128L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A,B,F,C,D
原子数 atom_count	8760

MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQPGCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEVECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNKDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYVSRGDMLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	677.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRADECANE
分子量 formula_weight	198.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.56 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	111066

Hemichannel sub-structure of Cx36/GJD2 gap junction intercellular channel (FN conformation) in soybean polar lipid nanodiscs, treated with a 20-fold molar excess of carbenoxolone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ipm__assembly_1__model_1

9ipm__assembly_1__model_1 | I(q)

9ipm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Hemichannel sub-structure of Cx36/GJD2 gap junction intercellular channel (FN conformation) in soybean polar lipid nanodiscs, treated with a 20-fold molar excess of carbenoxolone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Gap junction delta-2 protein,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ipm__assembly_1__model_1

9ipm__assembly_1__model_1 | I(q)

9ipm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)