SAXSdb — 9iqr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Muscarinic toxin 3

Dendroaspis angusticeps

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–65	未记录	Alpha-2A adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562 × 1 （P08913）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9IQR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9IQS Cryo-EM structure of MT3-Muscarinic acetylcholine receptor 4 提交 2024-07-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.60 Å
9IQV Cryo-EM structure of MT3-alpha1AAR 提交 2024-07-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.30 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	3SIM3_DENAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

Alpha-2A adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P08913

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 38–241 链 B； UniProt 379–456	未记录	Muscarinic toxin 3 × 1 （P81031）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9IQR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HLL NMR STRUCTURE OF T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA-2A ADRENERGIC RECEPTOR 提交 2000-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–149（32 aa）片段：SECOND INTRACELLULAR LOOP T3-I2 (RESIDUES 118-149)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl NMR样品组成 0.9 mM T3-I2 natural abundance; 460 mM D38-dodecylphosphocholine, 50 mM NaCl, 10 mM NaH2PO4, pH 4.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM T3-I2 natural abundance; 460 mM D38 dodecylphosphocholine, 50 mM NaCl, 10 mM NaH2PO4, pH 4.5 \| 100% D2O	分辨率未提供
1HO9 BEST 20 NMR CONFORMERS OF D130I MUTANT T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA 2A ADRENERGIC RECEPTOR 提交 2000-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–149（32 aa）片段：SECOND INTRACELLULAR LOOP (RESIDUES 118-149)	突变：D130I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NACL NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NMR样品组成 0.9 mM PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 100% D20	分辨率未提供
1HOD NMR STRUCTURE OF D130I MUTANT T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA 2A ADRENERGIC RECEPTOR 提交 2000-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–149（32 aa）片段：SECOND INTRACELLULAR LOOP (RESIDUES 118-149)	突变：D130I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NACL NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NMR样品组成 0.9 mM PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 100 % D20	分辨率未提供
1HOF NMR STRUCTURE OF T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA-2A ADRENERGIC RECEPTOR 提交 2000-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–149（32 aa）片段：SECOND INTRACELLULAR LOOP (RESIDUES 118-149)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NACL NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NMR样品组成 0.9 MM T3-I2 PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 MM T3-I2 PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 100% D2O	分辨率未提供
6K42 cryo-EM structure of alpha2BAR-Gi1 complex 提交 2019-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–27（27 aa）	未记录	CZX 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7EJ0 Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex 提交 2021-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	E5E Noradrenaline × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7EJ8 Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex bound to brimonidine 提交 2021-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	J59 Brimonidine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7EJA Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex bound to dexmedetomidine 提交 2021-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	CZX 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7EJK Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex bound to oxymetazoline 提交 2021-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	J5C Oxymetazoline × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7W6P Cryo-EM structure of the alpha2A adrenergic receptor GoA signaling complex bound to a G protein biased agonist 提交 2021-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	W96 N-pyridin-4-ylisoquinolin-4-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
7W7E Cryo-EM structure of the alpha2A adrenergic receptor GoA signaling complex bound to a biased agonist 提交 2021-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	W58 5-(3-bicyclo[4.2.0]octa-1,3,5-trienyl)-1,2,3,6-tetrahydropyridine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9CBL Cryo-EM structure of epinephrine-bound alpha-2A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gi-protein 提交 2024-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 35–242（208 aa）链 R 380–460（81 aa）	未记录	ALE L-EPINEPHRINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9CBM Cryo-EM structure of dexmedetomidine-bound alpha-2A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gi-protein 提交 2024-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 35–242（208 aa）链 R 380–460（81 aa）	未记录	CZX 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9PLN Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905) 提交 2025-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 2–465（464 aa）	未记录	A1CIU N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHS was solubilized in LMNG and GDN prior to diluting into buffers. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9PLO Structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905) 提交 2025-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–465（464 aa）	未记录	A1CIU N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHS was solubilized in LMNG and GDN prior to diluting into buffers. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å
9PQD Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound Z7149 提交 2025-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 2–465（464 aa）	未记录	A1CIZ (6M)-1-methyl-6-(1,2,5,6-tetrahydropyridin-3-yl)-1H-indole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was supplemented with 0.01 mM compound Z7149 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADA2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–204； UniProt 38–241 作者链 B； PDB构建体 306–383； UniProt 379–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iqr
沉积日期 deposition_date	2024-07-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of MT3-alpha2AAR
关键词 keywords	complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.68 Å
零角强度 I(0) i0	20299500.00
分子量 molecular_weight	37219.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47884 Å³
包络体积 envelope_volume	58636 Å³
水化壳体积 shell_volume	22007 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.35 Å
包络 Rg envelope_rg	24.19 Å
形状 Rg shape_rg	23.60 Å
总 Rg total_rg	24.76 Å
总原子数 total_atoms	2622
残基数 n_residues	325
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8456
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.544
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.259
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2601000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.755; Smooth: 0.930

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Muscarinic toxin 3
分子量 formula_weight	7396.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2622

LTCVTKNTIFGITTENCPAGQNLCFKRWHYVIPRYTEITRGCAATCPIPENYDSIHCCKTDKCNE

来源 Source

来源生物 organism	Dendroaspis angusticeps
通用名 common_name	eastern green mamba
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8618
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Alpha-2A adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	48895.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ARATPYSLQVTLTLVCLAGLLMLLTVFGNVLVIIAVFTSRALKAPQNLFLVSLASADILVATLVIPFSLANEVMGYWYFGKAWCEIYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSITQAIEYNLKRTPRRIKAIIITVWVISAVISFPPLISIEKKGGGGGPQPAEPRCEINDQKWYVISSCIGSFFAPCLIMILVYVRIYQIAKRRAADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKASGSGSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLAGRQNREKRFTFVLAVVIGVFVVCWFPFFFTYTLTAVGCSVPRTLFKFFFWFGYCNSSLNPVIYTIFNHDFRRAFKKILKIAALKEKIAALKEKIAALKEAEEKRASRLEEELRRRLTEGSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2264441

fit	/app/data/saxs_computation/iq/9iqr/9iqr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iq/9iqr/9iqr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iq/9iqr/9iqr.dat

Cryo-EM structure of MT3-alpha2AAR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Muscarinic toxin 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Alpha-2A adrenergic receptor,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)