9j9b

Substrate-engaged TIM23 complex from yeast

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23 × 1 （P32897） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP × 1 （P00175,Q01852） Protein MGR2 × 1 （Q02889） anti-Tim44-Fab H chain × 1 anti-Tim44-Fab L chain × 1 Substrate × 1 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIM17_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P32897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17 × 1 （P39515） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP × 1 （P00175,Q01852） Protein MGR2 × 1 （Q02889） anti-Tim44-Fab H chain × 1 anti-Tim44-Fab L chain × 1 Substrate × 1 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIM23_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP

synthetic construct

UniProt P00175

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17 × 1 （P39515） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23 × 1 （P32897） Protein MGR2 × 1 （Q02889） anti-Tim44-Fab H chain × 1 anti-Tim44-Fab L chain × 1 Substrate × 1 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 432–476； UniProt 121–165

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP

synthetic construct

UniProt Q01852

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17 × 1 （P39515） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23 × 1 （P32897） Protein MGR2 × 1 （Q02889） anti-Tim44-Fab H chain × 1 anti-Tim44-Fab L chain × 1 Substrate × 1 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIM44_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431

Protein MGR2

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q02889

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17 × 1 （P39515） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23 × 1 （P32897） Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP × 1 （P00175,Q01852） anti-Tim44-Fab H chain × 1 anti-Tim44-Fab L chain × 1 Substrate × 1 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MGR2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j9b
沉积日期 deposition_date	2024-08-22
结构标题 title	Substrate-engaged TIM23 complex from yeast
关键词 keywords	Mitochondrial protein import, TOM / TIM23 protein translocation, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9j9b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9j9b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9j9b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.73 Å
Rg（电子密度）	33.25 Å
总 Rg	33.90 Å
原子数	6047
残基数	790
排除体积	107790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9j9b__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17
分子量 formula_weight	16602.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6047

MSADHSRDPCPIVILNDFGGAFAMGAIGGVVWHGIKGFRNSPLGERGSGAMSAIKARAPVLGGNFGVWGGLFSTFDCAVKAVRKREDPWNAIIAGFFTGGALAVRGGWRHTRNSSITCACLLGVIEGVGLMFQRYAAWQAKPMAPPLPEAPSSQPLQA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23
分子量 formula_weight	23266.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSWLFGDKTPTDDANAAVGGQDTTKPKELSLKQSLGFEPNINNIISGPGGMHVDTARLHPLAGLDKGVEYLDLEEEQLSSLEGSQGLIPSRGWTDDLCYGTGAVYLLGLGIGGFSGMMQGLQNIPPNSPGKLQLNTVLNHITKRGPFLGNNAGILALSYNIINSTIDALRGKHDTAGSIGAGALTGALFKSSKGLKPMGYSSAMVAAACAVWCSVKKRLLEK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP
分子量 formula_weight	84451.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.2.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHRSTFIRTSGTSSRTLTARYRSQYTGLLVARVLFSTSTTRAQGGNPRSPLQIFRDTFKKEWEKSQELQENIKTLQDASGKLGESEAYKKAREAYLKAQRGSTIVGKTLKKTGETMEHIATKAWESELGKNTRKAAAATAKKLDESFEPVRQTKIYKEVSEVIDDGESSRYGGFITKEQRRLKRERDLASGKRHRAVKSNEDAGTAVVATNIESKESFGKKVEDFKEKTVVGRSIQSLKNKLWDESENPLIVVMRKITNKVGGFFAETESSRVYSQFKLMDPTFSNESFTRHLREYIVPEILEAYVKGDVKVLKKWFSEAPFNVYAAQQKIFKEQDVYADGRILDIRGVEIVSAKLLAPQDIPVLVVGCRAQEINLYRKKKTGEIAAGDEANILMSSYAMVFTRDPEQIDDDETEGWKILEFVRGGSRQFTPNHPGGQDVIKFNAGKDVTAIFEPLHAPNVIDKYIAPEKKLGPLQGSGSGSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVRGEGEGDATNGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTISFKDDGTYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNFNSHNVYITADKQKNGIKANFKIRHNVEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSVLSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGSAGLEVLFQGPANGGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein MGR2
分子量 formula_weight	12264.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MPPLPQNYAQQQPSNWDKFKMGLMMGTTVGVCTGILFGGFAIATQGPGPDGVVRTLGKYIAGSAGTFGLFMSIGSIIRSDSESSPMSHPNLNLQQQARLEMWKLRAKYGIRKD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	anti-Tim44-Fab H chain
分子量 formula_weight	25635.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MDWTWRVFCLLAVAPGAHSQVQLKQSGPGLVQPSQSLSITCTVSGFSLTTYGVHWVRQSPGKGLEWLGVMWRGGSTDFNAAFMSRLSITKDNSKSQVFFKMNSLQADDTAIYYCARYGNYDAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	anti-Tim44-Fab L chain
分子量 formula_weight	26140.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MVLQTQVFISLLLWISGAYGDIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDIYGISFMNWFQQKPGQPPKLLIYATSNQGSGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPMEEDDTAMYFCQQSKEVPRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Substrate
分子量 formula_weight	1294.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

XXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.830 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	160770

Substrate-engaged TIM23 complex from yeast

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44,L-lactate dehydrogenase (cytochrome),sfGFP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein MGR2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9j9b__assembly_1__model_1

9j9b__assembly_1__model_1 | I(q)

9j9b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)