9jk1

Crystal structure of CDK12/Cyclin K in complex with covalent inhibitor YJZ5118

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jk1
沉积日期 deposition_date	2024-09-14
最后修订 last_revision	2025-05-07
结构标题 title	Crystal structure of CDK12/Cyclin K in complex with covalent inhibitor YJZ5118
关键词 keywords	kinase, covalent inhibitor, selective, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.49 Å
零角强度 I(0) i0	428225000.00
分子量 molecular_weight	114820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112650 Å³
包络体积 envelope_volume	203990 Å³
水化壳体积 shell_volume	46900 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.96 Å
包络 Rg envelope_rg	34.73 Å
形状 Rg shape_rg	35.48 Å
总 Rg total_rg	35.90 Å
总原子数 total_atoms	8704
残基数 n_residues	1097
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.7 Å
Rg (实空间) rg_real	35.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	428300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8330
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.125
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.642
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 12
分子量 formula_weight	39629.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22,2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8709

GATESDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELVALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVFEYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPPDLPHWQDCHELWSKKRRRQRQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-K
分子量 formula_weight	31500.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

GAMKENKENSSPSVTSANLDHTKPCWYWDKKDLAHTPSQLEGLDPATEARYRREGARFIFDVGTRLGLHYDTLATGIIYFHRFYMFHSFKQFPRYVTGACCLFLAGKVEETPKKCKDIIKTARSLLNDVQFGQFGDDPKEEVMVLERILLQTIKFDLQVEHPYQFLLKYAKQLKGDKNKIQKLVQMAWTFVNDSLCTTLSLQWEPEIIAVAVMYLAGRLCKFEIQEWTSKPMYRRWWEQFVQDVPVDVLEDICHQILDLYSQGKQQMPH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	;N-[5-[[4-[(5-cyanopyridin-2-yl)amino]cyclohexyl]-[(phenylmethyl)carbamoyl]amino]-2-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]phenyl]propanamide ;
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.200 Å
晶胞边长 b length_b	77.190 Å
晶胞边长 c length_c	91.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	75.88 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.92 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.720 Å
最低分辨率 resolution_low	29.560 Å
R 因子 r_factor	0.2493
R_work r_work	0.2482
R_free r_free	0.2665

fit	/app/data/saxs_computation/jk/9jk1/9jk1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jk/9jk1/9jk1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jk/9jk1/9jk1.dat

Crystal structure of CDK12/Cyclin K in complex with covalent inhibitor YJZ5118

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)