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9jpx

CryoEM structure of mouse RAG SEC-0

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 135.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

Mus musculus

UniProt P15919

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 4 DNA 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–1040 链 C； UniProt 1–1040 未记录 V(D)J recombination-activating protein 2 × 2 （P21784） ;DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*A)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9JPX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1RMD RAG1 DIMERIZATION DOMAIN 提交 1997-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 265–380（116 aa） 片段：ZINC-BINDING DIMERIZATION DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；5-10 % PEG 4K, 100MM HEPES, PH 7.5, 10% ETHYLENE GLYCOL
分辨率 2.10 Å R-free 0.257
21WB NZD domain of Mouse RAG1 提交 2025-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 89–223（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3GNA Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 提交 2009-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 389–464（76 aa） 片段：Nonamer binding domain: UNP residues 389-456
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.271
3GNB Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 提交 2009-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 389–464（76 aa） 片段：Nonamer binding domain: UNP residues 389-456
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 392–1008（617 aa） 片段：UNP Residues 391-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl
分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 392–1008（617 aa） 片段：UNP Residues 391-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl
分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 384–1008（625 aa） 片段：UNP residues 384-1008
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 C 384–1008（625 aa） 片段：UNP residues 384-1008
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 384–1008（625 aa） 片段：UNP residues 383-1008
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.
分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 C 384–1008（625 aa） 片段：UNP residues 383-1008
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.
分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 384–1008（625 aa） 片段：UNP residues 384-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 C 384–1008（625 aa） 片段：UNP residues 384-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 384–1008（625 aa） 片段：UNP residues 384-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.30 Å R-free 0.237
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 C 384–1008（625 aa） 片段：UNP residues 384-1008
未记录 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric
链 A 265–1039（775 aa）
链 C 265–1039（775 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric
链 A 265–1040（776 aa）
链 C 265–1040（776 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6CIK Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric
链 A 384–1008（625 aa）
链 C 384–1008（625 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9
分辨率 3.15 Å R-free 0.249
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 A 384–1008（625 aa）
链 C 384–1008（625 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9
分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric
链 A 384–1008（625 aa）
链 C 384–1008（625 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9
分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
6OEP Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-NFC/23RSS-PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6OEQ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-PRC/23RSS-NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6OER Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA2) 提交 2019-03-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
6OES Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain) 提交 2019-03-27 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
6OET Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex 提交 2019-03-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
突变：E962Q 突变：E962Q CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6V0V Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 提交 2019-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 265–1039（775 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
6XNX Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Dynamic-Form) 提交 2020-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 A 261–1008（748 aa）
链 C 261–1008（748 aa）
突变：R848M, E649V 突变：R848M, E649V MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6XNY Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Paired-Form) 提交 2020-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 A 261–1008（748 aa）
链 C 261–1008（748 aa）
突变：R848M, E649V 突变：R848M, E649V MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6XNZ Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Target Capture Complex 提交 2020-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 A 261–1008（748 aa）
链 C 261–1008（748 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9JPU CryoEM structure of mouse RAG SEC-PHD 提交 2024-09-26 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9JQN CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA 提交 2024-09-27 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9JTS CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (12RSS side) 提交 2024-10-07 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9JTU CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (23RSS side) 提交 2024-10-07 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 A 1–1040（1040 aa）
链 C 1–1040（1040 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å

共 30 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAG1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1040； UniProt 1–1040 作者链 C； PDB构建体 1–1040； UniProt 1–1040

V(D)J recombination-activating protein 2

Mus musculus

UniProt P21784

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 4 DNA 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–527 链 D； UniProt 1–527 未记录 V(D)J recombination-activating protein 1 × 2 （P15919） ;DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*CP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*A)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 9JPX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2JWO A PHD finger motif in the C-terminus of RAG2 modulates recombination activity 提交 2007-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 414–487（74 aa） 片段：PHD finger motif: Residues 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RAG2 PHD domain, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2V83 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide 提交 2007-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
链 B 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
链 C 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；10% PEG 5000 MONOMETHYL ETHER, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K.
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
2V85 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide 提交 2007-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE
分辨率 2.00 Å R-free 0.197
2V85 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide 提交 2007-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE
分辨率 2.00 Å R-free 0.197
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K
分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K
分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V87 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide 提交 2007-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2V87 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide 提交 2007-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2V88 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me2 peptide 提交 2007-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM POTASSIUM FLUORIDE. TEMPERATURE 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2V88 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me2 peptide 提交 2007-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM POTASSIUM FLUORIDE. TEMPERATURE 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2V89 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution 提交 2007-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.
分辨率 1.10 Å R-free 0.155
2V89 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution 提交 2007-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 414–487（74 aa） 片段：RESIDUES 414-487
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.
分辨率 1.10 Å R-free 0.155
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 2–350（349 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl
分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Y 2–350（349 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl
分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–387（387 aa） 片段：UNP residues 1-387
突变：M1V CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 D 1–387（387 aa） 片段：UNP residues 1-387
突变：M1V CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–387（387 aa） 片段：UNP residues 1-387
突变：M1V MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.
分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 D 1–387（387 aa） 片段：UNP residues 1-387
突变：M1V MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.
分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–387（387 aa） 片段：UNP residues 1-387
突变：M1V ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 D 1–387（387 aa） 片段：UNP residues 1-387
突变：M1V ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–387（387 aa） 片段：UNP residues 1-387
突变：M1V ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.30 Å R-free 0.237
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 D 1–387（387 aa） 片段：UNP residues 1-387
突变：M1V ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate
分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric
链 B 1–520（520 aa）
链 D 1–520（520 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric
链 B 1–520（520 aa）
链 D 1–520（520 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6CIK Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric
链 B 1–359（359 aa）
链 D 1–359（359 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9
分辨率 3.15 Å R-free 0.249
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 B 1–359（359 aa）
链 D 1–359（359 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9
分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric
链 B 1–359（359 aa）
链 D 1–359（359 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9
分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
6OEP Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-NFC/23RSS-PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6OEQ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-PRC/23RSS-NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6OER Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA2) 提交 2019-03-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å
6OES Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain) 提交 2019-03-27 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
6OET Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex 提交 2019-03-27 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6V0V Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 提交 2019-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–520（520 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
6XNX Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Dynamic-Form) 提交 2020-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 B 3–361（359 aa）
链 D 3–361（359 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6XNY Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Paired-Form) 提交 2020-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 B 3–361（359 aa）
链 D 3–361（359 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6XNZ Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Target Capture Complex 提交 2020-07-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 B 3–361（359 aa）
链 D 3–361（359 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9JPU CryoEM structure of mouse RAG SEC-PHD 提交 2024-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
链 E 1–527（527 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9JQN CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA 提交 2024-09-27 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9JTS CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (12RSS side) 提交 2024-10-07 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9JTU CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (23RSS side) 提交 2024-10-07 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric
链 B 1–527（527 aa）
链 D 1–527（527 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å

共 33 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAG2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–527； UniProt 1–527 作者链 D； PDB构建体 1–527； UniProt 1–527

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9jpx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9jpx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9jpx
沉积日期 deposition_date2024-09-26
结构标题 titleCryoEM structure of mouse RAG SEC-0
关键词 keywordsV(D)J recombination, RAG, Transposition, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.27 Å
零角强度 I(0) i0801566000.00
分子量 molecular_weight219850.0 kDa
排除体积 excluded_volume269590 ų
包络体积 envelope_volume357630 ų
水化壳体积 shell_volume71498 ų
包络直径 envelope_diameter147.9 Å
壳层 Rg shell_rg47.99 Å
包络 Rg envelope_rg39.85 Å
形状 Rg shape_rg40.29 Å
总 Rg total_rg40.55 Å
总原子数 total_atoms15360
残基数 n_residues1842
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.7 Å
Rg (实空间) rg_real40.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real8.0160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal801700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8830
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary52.2 Å
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.339
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha109700000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.972
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)