9ju1

Helix-loop-helix peptide (VS42-LR3) in complex with VEGF-A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 75.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ju1
沉积日期 deposition_date	2024-10-07
最后修订 last_revision	2024-12-25
结构标题 title	Helix-loop-helix peptide (VS42-LR3) in complex with VEGF-A
关键词 keywords	Helix-loop-helix, Inhibitor, complex, DE NOVO PROTEIN, IMMUNE SYSTEM-DE NOVO PROTEIN complex; IMMUNE SYSTEM/DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.88 Å
零角强度 I(0) i0	5193980.00
分子量 molecular_weight	16120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19935 Å³
包络体积 envelope_volume	25194 Å³
水化壳体积 shell_volume	11967 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.3 Å
壳层 Rg shell_rg	23.86 Å
包络 Rg envelope_rg	20.33 Å
形状 Rg shape_rg	19.93 Å
总 Rg total_rg	20.39 Å
总原子数 total_atoms	1122
残基数 n_residues	140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1940e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5040e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5194000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7742
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.645
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.048
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	742100.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.563; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.403; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	VS42-LR3
分子量 formula_weight	4739.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	1281

CAAELAALEAELAALEGHVEEADFPWGKLNNLIEKLWQLKQACX

Entity 2 polymer

描述 description	Vascular endothelial growth factor A, long form
分子量 formula_weight	11948.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GQNHHEVVKFMDVYQRSYCHPIETLVDIFQEYPDEIEYIFKPSCVPLMRCGGCCNDEGLECVPTEESNITMQIMRIKPHQGQHIGEMSFLQHNKCECRPKKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	159

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.982 Å
晶胞边长 b length_b	42.982 Å
晶胞边长 c length_c	309.665 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	37.251 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2156
R_free r_free	0.2449

fit	/app/data/saxs_computation/ju/9ju1/9ju1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ju/9ju1/9ju1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ju/9ju1/9ju1.dat

Helix-loop-helix peptide (VS42-LR3) in complex with VEGF-A

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)