9jy0

Fab-CD3-gamma epsilon-TCR complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 129.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

Homo sapiens

UniProt P20963

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–164 链 b; UniProt 1–164 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 (P07766) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 1 (A0JD36,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 1 (Q99603,P0CF51) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 (P09693) Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3Z_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164 作者链 b; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

Homo sapiens

UniProt P04234

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 d; UniProt 1–171 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 (P07766) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 1 (A0JD36,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 1 (Q99603,P0CF51) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 (P09693) Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3D_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 d; PDB构建体 1–171; UniProt 1–171

T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

Homo sapiens

UniProt P07766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 e; UniProt 1–207 链 f; UniProt 1–207 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 (P04234) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 1 (A0JD36,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 1 (Q99603,P0CF51) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 (P09693) Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 42 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3E_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 e; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207 作者链 f; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207

T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant

Homo sapiens

UniProt A0JD36

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 m; UniProt 1–115 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 (P07766) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 1 (Q99603,P0CF51) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 (P09693) Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRDV2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 m; PDB构建体 1–115; UniProt 1–115

T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant

Homo sapiens

UniProt B7Z8K6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 m; UniProt 1–153 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 (P07766) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 1 (Q99603,P0CF51) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 (P09693) Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRDC_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 m; PDB构建体 140–292; UniProt 1–153

T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1

Homo sapiens

UniProt P0CF51

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 n; UniProt 1–173 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 (P07766) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 1 (A0JD36,B7Z8K6) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 (P09693) Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRGC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 n; PDB构建体 143–315; UniProt 1–173

T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1

Homo sapiens

UniProt Q99603

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 n; UniProt 1–121 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 (P07766) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 1 (A0JD36,B7Z8K6) T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 (P09693) Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRGV9_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 n; PDB构建体 1–121; UniProt 1–121

T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

Homo sapiens

UniProt P09693

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 g; UniProt 1–182 未记录 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 (P20963) T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 (P04234) T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 (P07766) T cell receptor delta variable 2,T cell receptor delta constant × 1 (A0JD36,B7Z8K6) T cell receptor gamma variable 9,T cell receptor gamma constant 1 × 1 (Q99603,P0CF51) Fab light chain × 1 Fab heavy chain × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD3G_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 g; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9jy0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9jy0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9jy0
沉积日期 deposition_date2024-10-12
结构标题 titleFab-CD3-gamma epsilon-TCR complex
关键词 keywordsT cell receptor, gamma delta TCR, immune cell, Fab complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.79
零角强度 I(0) i0122352000.00
分子量 molecular_weight92810.0 kDa
排除体积 excluded_volume117570 ų
包络体积 envelope_volume158880 ų
水化壳体积 shell_volume37028 ų
包络直径 envelope_diameter132.3
壳层 Rg shell_rg40.66
包络 Rg envelope_rg38.45
形状 Rg shape_rg38.83
总 Rg total_rg38.78
总原子数 total_atoms6521
残基数 n_residues822
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.6
Rg (实空间) rg_real38.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20
I(0) (实空间) i0_real1.2240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal122300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8543
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.6
偏度 Skewness skewness0.332
峰度 Kurtosis kurtosis-0.583
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11950000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.821; Smooth: 0.758

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)