SAXSdb — 9k49

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tol-Pal system protein TolQ

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–230 链 B； UniProt 1–230 链 C； UniProt 1–230 链 D； UniProt 1–230 链 E； UniProt 1–230	未记录	Tol-Pal system protein TolR × 2 （P0ABV6） Tol-Pal system protein TolA × 1 （P19934）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline (PBS) buffer at pH 7.5 (20 mM PBS pH 7.5, 300 mM NaCl) with 20 mM Imidazole and 0.04 mM CYMAL-6 Neopentyl Glycol detergent cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9K49	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8ODT Structure of TolQR complex from E.coli 提交 2023-03-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 2–230（229 aa）链 B 2–230（229 aa）链 C 2–230（229 aa）链 D 2–230（229 aa）链 E 2–230（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 10 Blot time 3 sec Wait time 2 sec	分辨率 4.20 Å
9KCH Cryo-EM structure of inner membrane TolQRA complex in CYMAL-6-Neopentyl Glycol detergent micelles 提交 2024-11-01	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）链 E 1–230（230 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline (PBS) buffer at pH 7.5 (20 mM PBS pH 7.5, 300 mM NaCl) with 20 mM Imidazole and 0.04 mM CYMAL-6 Neopentyl Glycol detergent cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.19 Å
9KPZ Structure of TolQRA complex at pH 5.4 from E.coli 提交 2024-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–230（229 aa）链 B 2–230（229 aa）链 C 2–230（229 aa）链 D 2–230（229 aa）链 E 2–230（229 aa）	未记录	3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9KQ0 Structure of TolQRA complex at pH 8.0 from E.coli 提交 2024-11-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–230（229 aa）链 B 2–230（229 aa）链 C 2–230（229 aa）链 D 2–230（229 aa）链 E 2–230（229 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9O40 cryo-EM structure of TolQR conformation1 in SMA nanodiscs 提交 2025-04-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）链 E 1–230（230 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å
9QUQ cryo-EM structure of TolQR conformation2 in SMA nanodiscs 提交 2025-04-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）链 E 1–230（230 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9QVD cryo-EM structure of TolQRA in nanodiscs 提交 2025-04-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）链 E 1–230（230 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOLQ_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–230； UniProt 1–230 作者链 B； PDB构建体 1–230； UniProt 1–230 作者链 C； PDB构建体 1–230； UniProt 1–230 作者链 D； PDB构建体 1–230； UniProt 1–230 作者链 E； PDB构建体 1–230； UniProt 1–230

Tol-Pal system protein TolR

Escherichia coli K-12

UniProt P0ABV6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–142 链 G； UniProt 1–142	未记录	Tol-Pal system protein TolQ × 5 （P0ABU9） Tol-Pal system protein TolA × 1 （P19934）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline (PBS) buffer at pH 7.5 (20 mM PBS pH 7.5, 300 mM NaCl) with 20 mM Imidazole and 0.04 mM CYMAL-6 Neopentyl Glycol detergent cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9K49	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5BY4 Structure and function of the Escherichia coli Tol-Pal stator protein TolR 提交 2015-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–142（107 aa）片段：UNP RESIDUES 36-142	未记录	NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Hepes buffer pH 7.5, 1.0 M sodium phosphate and 0.8 M potassium phosphate	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
8ODT Structure of TolQR complex from E.coli 提交 2023-03-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–142（142 aa）链 G 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 10 Blot time 3 sec Wait time 2 sec	分辨率 4.20 Å
9KCH Cryo-EM structure of inner membrane TolQRA complex in CYMAL-6-Neopentyl Glycol detergent micelles 提交 2024-11-01	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–142（142 aa）链 G 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline (PBS) buffer at pH 7.5 (20 mM PBS pH 7.5, 300 mM NaCl) with 20 mM Imidazole and 0.04 mM CYMAL-6 Neopentyl Glycol detergent cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.19 Å
9KPZ Structure of TolQRA complex at pH 5.4 from E.coli 提交 2024-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 1–142（142 aa）链 G 1–142（142 aa）	未记录	3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9KQ0 Structure of TolQRA complex at pH 8.0 from E.coli 提交 2024-11-24	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 1–142（142 aa）链 G 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9O40 cryo-EM structure of TolQR conformation1 in SMA nanodiscs 提交 2025-04-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–142（142 aa）链 G 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å
9QUQ cryo-EM structure of TolQR conformation2 in SMA nanodiscs 提交 2025-04-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–142（142 aa）链 G 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9QVD cryo-EM structure of TolQRA in nanodiscs 提交 2025-04-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–142（142 aa）链 G 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOLR_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 G； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Tol-Pal system protein TolA

Escherichia coli K-12

UniProt P19934

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–421	未记录	Tol-Pal system protein TolQ × 5 （P0ABU9） Tol-Pal system protein TolR × 2 （P0ABV6）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline (PBS) buffer at pH 7.5 (20 mM PBS pH 7.5, 300 mM NaCl) with 20 mM Imidazole and 0.04 mM CYMAL-6 Neopentyl Glycol detergent cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9K49	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1S62 Solution structure of the Escherichia coli TolA C-terminal domain 提交 2004-01-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 325–421（97 aa）片段：C-terminal domain (residues 325-421)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100mN NaCl, 50mM NaPO4；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mN NaCl, 50mM NaPO4；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）500mN NaCl, 50mM NaPO4；压力 ambient NMR样品组成 1.4mM U-15N, 100mN NaCl, 50mM NaPO4, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5mM U-15N,13C, 50mN NaCl, 50mM NaPO4, Complete protease inhibitor (Boehringer), 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7mM U-15N, 500mN NaCl, 50mM NaPO4, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1TOL FUSION OF N-TERMINAL DOMAIN OF THE MINOR COAT PROTEIN FROM GENE III IN PHAGE M13, AND C-TERMINAL DOMAIN OF E. COLI PROTEIN-TOLA 提交 1999-05-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 295–421（127 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN OF MINOR COAT PROTEIN AND C-TERMINAL DOMAIN OF TOLA	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN AT CONCENTRATION 8-12 MG/ML IN 50 MM HEPES (PH=7.5) WITH ADDITION OF DTT C=2MM, WAS CRYSTALLIZED USING VAPOR DIFFUSION FROM THE SITTING OR HANGING DROP, WITH THE SOLUTION CONTAINING 25% PEG4000, 0.08M TRIS (PH=8.5), AND 0.15 M SODIUM ACETATE AS A PRECIPITANT. BEFORE SETTING THE DROPS, PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH THE PRECIPITANT IN THE RATIO 1:1. CRYSTALS WERE GROWING BEST AT TEMPERATURE 15 DEGREES CELSIUS.	分辨率 1.85 Å R-free 0.293
3QDP Structural characterization of the interaction of colicin A, colicin N, and TolB with TolAIII translocon 提交 2011-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–421（120 aa）片段：TolA domain III, residues 302-421	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.28；293 K；0.2 M NaNO3, 2.2 M ammonium sulphate, pH 5.28, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.225
3QDR Structural characterization of the interaction of colicin A, colicin N, and TolB with the TolAIII translocon 提交 2011-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–421（120 aa）片段：TolA domain III, residues 302-421	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M K2HPO4, 2.2 M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.273
9DDM E. coli TolAQR conformation I 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 F 2–421（420 aa）链 G 2–421（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9DDN E. coli TolAQR conformation II 提交 2024-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 F 2–421（420 aa）链 G 2–421（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9KCH Cryo-EM structure of inner membrane TolQRA complex in CYMAL-6-Neopentyl Glycol detergent micelles 提交 2024-11-01	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–421（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline (PBS) buffer at pH 7.5 (20 mM PBS pH 7.5, 300 mM NaCl) with 20 mM Imidazole and 0.04 mM CYMAL-6 Neopentyl Glycol detergent cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.19 Å
9KPZ Structure of TolQRA complex at pH 5.4 from E.coli 提交 2024-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 2–421（420 aa）链 I 2–421（420 aa）链 J 2–421（420 aa）链 K 2–421（420 aa）链 L 2–421（420 aa）	未记录	3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9KQ0 Structure of TolQRA complex at pH 8.0 from E.coli 提交 2024-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 2–421（420 aa）链 I 2–421（420 aa）链 J 2–421（420 aa）链 K 2–421（420 aa）链 L 2–421（420 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9QUQ cryo-EM structure of TolQR conformation2 in SMA nanodiscs 提交 2025-04-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–421（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9QVD cryo-EM structure of TolQRA in nanodiscs 提交 2025-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–421（421 aa）链 I 1–421（421 aa）链 J 1–421（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOLA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–421； UniProt 1–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k49
沉积日期 deposition_date	2024-10-21
结构标题 title	Cryo-EM structure of inner membrane TolQRA complex in CYMAL-6-Neopentyl Glycol detergent micelles
关键词 keywords	;bacteria, outer membrane, lipid homeostasis, phospholipid, inner membrane protein, protein complex structure, proton motive force, stator motor, PROTON TRANSPORT ;; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.98 Å
零角强度 I(0) i0	231125000.00
分子量 molecular_weight	129250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	165030 Å³
包络体积 envelope_volume	223110 Å³
水化壳体积 shell_volume	53804 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.72 Å
包络 Rg envelope_rg	33.36 Å
形状 Rg shape_rg	33.98 Å
总 Rg total_rg	34.63 Å
总原子数 total_atoms	18473
残基数 n_residues	1161
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.9 Å
Rg (实空间) rg_real	34.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	231100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.429
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.962

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tol-Pal system protein TolQ
分子量 formula_weight	25623.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	18473

MTDMNILDLFLKASLLVKLIMLILIGFSIASWAIIIQRTRILNAAAREAEAFEDKFWSGIELSRLYQESQGKRDNLTGSEQIFYSGFKEFVRLHRANSHAPEAVVEGASRAMRISMNRELENLETHIPFLGTVGSISPYIGLFGTVWGIMHAFIALGAVKQATLQMVAPGIAEALIATAIGLFAAIPAVMAYNRLNQRVNKLELNYDNFMEEFTAILHRQAFTVSESNKG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tol-Pal system protein TolR
分子量 formula_weight	16746.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MARARGRGRRDLKSEINIVPLLDVLLVLLLIFMATAPIITQSVEVDLPDATESQAVSSNDNPPVIVEVSGIGQYTVVVEKDRLERLPPEQVVAEVSSRFKANPKTVFLIGGAKDVPYDEIIKALNLLHSAGVKSVGLMTQPILEHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tol-Pal system protein TolA
分子量 formula_weight	43232.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSKATEQNDKLKRAIIISAVLHVILFAALIWSSFDENIEASAGGGGGSSIDAVMVDSGAVVEQYKRMQSQESSAKRSDEQRKMKEQQAAEELREKQAAEQERLKQLEKERLAAQEQKKQAEEAAKQAELKQKQAEEAAAKAAADAKAKAEADAKAAEEAAKKAAADAKKKAEAEAAKAAAEAQKKAEAAAAALKKKAEAAEAAAAEARKKAATEAAEKAKAEAEKKAAAEKAAADKKAAAEKAAADKKAAEKAAAEKAAADKKAAAEKAAADKKAAAAKAAAEKAAAAKAAAEADDIFGELSSGKNAPKTGGGAKGNNASPAGSGNTKNNGASGADINNYAGQIKSAIESKFYDASSYAGKTCTLRIKLAPDGMLLDIKPEGGDPALCQAALAAAKLAKIPKPPSQAVYEVFKNAPLDFKP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	82928

fit	/app/data/saxs_computation/k4/9k49/9k49.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k4/9k49/9k49.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k4/9k49/9k49.dat

Cryo-EM structure of inner membrane TolQRA complex in CYMAL-6-Neopentyl Glycol detergent micelles

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tol-Pal system protein TolQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tol-Pal system protein TolR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tol-Pal system protein TolA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)