SAXSdb — 9k6h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 3 RNA 1 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–1275	未记录	Genomic DNA (top strand) × 1 Genomic DNA (bottom strand) × 1 Complementary DNA × 1 Template RNA × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；20 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9K6H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7N8K LINE-1 endonuclease domain complex with Mg 提交 2021-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–238（238 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；298 K；0.1M LiSO4; 26% PEG 2000 MME	分辨率 2.01 Å R-free 0.236
7N8K LINE-1 endonuclease domain complex with Mg 提交 2021-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–238（238 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；298 K；0.1M LiSO4; 26% PEG 2000 MME	分辨率 2.01 Å R-free 0.236
7N8S LINE-1 endonuclease domain complex with DNA 提交 2021-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–238（238 aa）	突变：D145A, Y226K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.5；298 K；0.2M NH4 CH3 CO2; 15% PEG 4000	分辨率 2.79 Å R-free 0.322
7N94 LINE-1 endonuclease domain complex with DNA 提交 2021-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–238（238 aa）	突变：D145A, Y226K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 0.2M NaCl, 30% Jeffamine ED-2003	分辨率 2.85 Å R-free 0.280
7N94 LINE-1 endonuclease domain complex with DNA 提交 2021-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–238（238 aa）	突变：D145A, Y226K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 0.2M NaCl, 30% Jeffamine ED-2003	分辨率 2.85 Å R-free 0.280
8SXT Structure of LINE-1 ORF2p with template:primer hybrid 提交 2023-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1275（1275 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20mM HEPES pH 7.6, 150mM NaCl, 2mM MgOAc, 2mM DTT, 2mM dTTP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manually blotted from the back	分辨率 3.30 Å
8SXU Structure of LINE-1 ORF2p with an oligo(A) template 提交 2023-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1275（1275 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20mM HEPES pH 7.6, 150mM NaCl, 2mM MgOAc, 2mM DTT, 2mM dTTP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manually blotted from the back	分辨率 3.66 Å
8UW3 Human LINE-1 retrotransposon ORF2 protein engaged with template RNA in elongation state 提交 2023-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1275（1275 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9HDO The Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex 提交 2024-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1275（1275 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
9HDP The Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with the fingers domain in a closed conformation 提交 2024-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1275（1275 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9HDQ The Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with the fingers domain in an open conformation 提交 2024-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1275（1275 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.45 Å
9HDR Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved 提交 2024-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1275（1275 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9K6G Structure of human LINE-1 ORF2p with endogenous dsDNA and RNA/cDNA hybrid 提交 2024-10-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–1275（1274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9K6I Structure of full-length human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid 提交 2024-10-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–1275（1274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES pH 7.0, 500 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LORF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1274； UniProt 2–1275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k6h
沉积日期 deposition_date	2024-10-22
最后修订 last_revision	2025-10-22
结构标题 title	Structure of human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound to dNTP and Mn2+
关键词 keywords	Endonuclease, Reverse transcriptase, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.63 Å
零角强度 I(0) i0	316746000.00
分子量 molecular_weight	138200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	170750 Å³
包络体积 envelope_volume	222000 Å³
水化壳体积 shell_volume	52354 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.10 Å
包络 Rg envelope_rg	34.54 Å
形状 Rg shape_rg	34.61 Å
总 Rg total_rg	35.20 Å
总原子数 total_atoms	9651
残基数 n_residues	1082
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	316800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8845
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.411
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
分子量 formula_weight	149153.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49,3.1.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9651

TGSTSHITILTLNINGLNSAIKRHRLASWIKSQDPSVCCIQETHLTCRDTHRLKIKGWRKIYQANGKQKKAGVAILVSDKTDFKPTKIKRDKEGHYIMVKGSIQQEELTILNIYAPNTGAPRFIKQVLSDLQRDLDSHTLIMGDFNTPLSTLDRSTRQKVNKDTQELNSALHQADLIDIYRTLHPKSTEYTFFSAPHHTYSKIDHIVGSKALLSKCKRTEIITNYLSDHSAIKLELRIKNLTQSRSTTWKLNNLLLNDYWVHNEMKAEIKMFFETNENKDTTYQNLWDAFKAVCRGKFIALNAYKRKQERSKIDTLTSQLKELEKQEQTHSKASRRQEITKIRAELKEIETQKTLQKINESRSWFFERINKIDRPLARLIKKKREKNQIDTIKNDKGDITTDPTEIQTTIREYYKHLYANKLENLEEMDTFLDTYTLPRLNQEEVESLNRPITGSEIVAIINSLPTKKSPGPDGFTAEFYQRYKEELVPFLLKLFQSIEKEGILPNSFYEASIILIPKPGRDTTKKENFRPISLMNIDAKILNKILANRIQQHIKKLIHHDQVGFIPGMQGWFNIRKSINVIQHINRAKDKNHMIISIDAEKAFDKIQQPFMLKTLNKLGIDGTYFKIIRAIYDKPTANIILNGQKLEAFPLKTGTRQGCPLSPLLFNIVLEVLARAIRQEKEIKGIQLGKEEVKLSLFADDMIVYLENPIVSAQNLLKLISNFSKVSGYKINVQKSQAFLYTNNRQTESQIMGELPFTIASKRIKYLGIQLTRDVKDLFKENYKPLLKEIKEETNKWKNIPCSWVGRINIVKMAILPKVIYRFNAIPIKLPMTFFTELEKTTLKFIWNQKRARIAKSILSQKNKAGGITLPDFKLYYKATVTKTAWYWYQNRDIDQWNRTEPSEIMPHIYNYLIFDKPEKNKQWGKDSLFNKWCWENWLAICRKLKLDPFLTPYTKINSRWIKDLNVKPKTIKTLEENLGITIQDIGVGKDFMSKTPKAMATKDKIDKWDLIKLKSFCTAKETTIRVNRQPTTWEKIFATYSSDKGLISRIYNELKQIYKKKTNNPIKKWAKDMNRHFSKEDIYAAKKHMKKCSSSLAIREMQIKTTMRYHLTPVRMAIIKKSGNNRCWRGCGEIGTLLHCWWDCKLVQPLWKSVWRFLRDLELEIPFDPAIPLLGIYPNEYKSCCYKDTCTRMFIAALFTIAKTWNQPKCPTMIDWIKKMWHIYTMEYYAAIKNDEFISFVGTWMKLETIILSKLSQEQKTKHRIFSLIGGN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Genomic DNA (top strand)
分子量 formula_weight	6027.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AAAAAAAAAAAACCCCCCCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Genomic DNA (bottom strand)
分子量 formula_weight	3605.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TTTTTTTTTTTT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Complementary DNA
分子量 formula_weight	3087.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AAAAAAAAAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Template RNA
分子量 formula_weight	3629.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UUUUUUUUUUUU

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	268644

fit	/app/data/saxs_computation/k6/9k6h/9k6h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k6/9k6h/9k6h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k6/9k6h/9k6h.dat

Structure of human LINE-1 ORF2p with endogenous DNA and RNA/cDNA hybrid bound to dNTP and Mn2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)