9kj6

Crystal Structure of SpCas9 ternary complex, amino acids (1242-1263) replaced with Gly-Ser linker

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 145.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1

Streptococcus pyogenes

UniProt Q99ZW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–1241 链 A; UniProt 1264–1368 未记录 single-guide RNA × 1 Target Strand of double-stranded DNA × 1 Non-target Strand of double-stranded DNA × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295.15 K;0.07 M HEPES (pH 7.5), 0.18 M potassium acetate, 14% (v/v) PEG 3350 分辨率 3.59 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 134 个其他 PDB 条目、146 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAS9_STRP1
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–1245; UniProt 1–1241 作者链 A; PDB构建体 1253–1357; UniProt 1264–1368

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9kj6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9kj6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9kj6
沉积日期 deposition_date2024-11-12
结构标题 titleCrystal Structure of SpCas9 ternary complex, amino acids (1242-1263) replaced with Gly-Ser linker
关键词 keywordsCRISPR-Cas9, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.31
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.47
零角强度 I(0) i0783433000.00
分子量 molecular_weight188760.0 kDa
排除体积 excluded_volume218930 ų
包络体积 envelope_volume331580 ų
水化壳体积 shell_volume68843 ų
包络直径 envelope_diameter157.8
壳层 Rg shell_rg46.19
包络 Rg envelope_rg39.12
形状 Rg shape_rg39.47
总 Rg total_rg39.80
总原子数 total_atoms13121
残基数 n_residues1479
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.5
Rg (实空间) rg_real42.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real7.8570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1180e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal783500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6596
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.5
偏度 Skewness skewness0.581
峰度 Kurtosis kurtosis0.370
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.4830
最高正则化参数 α highest_alpha70160000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 0.883; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.794

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)