Helix-loop-helix peptide (M49) in complex with VEGF-A

条目编号 entry_id	9kku
沉积日期 deposition_date	2024-11-14
最后修订 last_revision	2024-12-11
结构标题 title	Helix-loop-helix peptide (M49) in complex with VEGF-A
关键词 keywords	Helix-loop-helix, Inhibitor, complex, DE NOVO PROTEIN, IMMUNE SYSTEM-DE NOVO PROTEIN complex; IMMUNE SYSTEM/DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.28 Å
零角强度 I(0) i0	17227800.00
分子量 molecular_weight	31507.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39542 ų
包络体积 envelope_volume	47530 ų
水化壳体积 shell_volume	19423 ų
包络直径 envelope_diameter	72.4 Å
壳层 Rg shell_rg	27.02 Å
包络 Rg envelope_rg	21.51 Å
形状 Rg shape_rg	21.28 Å
总 Rg total_rg	22.09 Å
总原子数 total_atoms	2196
残基数 n_residues	276
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

最大尺寸 Dmax dmax	70.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8261
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2285000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

晶胞参数 Unit Cell

晶胞边长 a length_a	56.260 Å
晶胞边长 b length_b	66.420 Å
晶胞边长 c length_c	76.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

对称性 Symmetry

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

精修参数 Refinement

分辨率 resolution	1.460 Å
最低分辨率 resolution_low	44.240 Å
R 因子 r_factor	0.2185
R_work r_work	0.2169
R_free r_free	0.2504

衍射实验 Diffraction

实验温度 temperature

100.0 K

Files (7)

• pr_distribution /app/data/pr_computation/kk/9kku/pr_distribution.json
• pr_output /app/data/pr_computation/kk/9kku/9kku.pr.out
• pr_plot /app/data/visualization/pr_computation/kk/9kku/9kku_pr_distribution.png
• saxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/kk/9kku/9kku.dat
• saxs_fit /app/data/saxs_computation/kk/9kku/9kku.fit
• saxs_log /app/data/saxs_computation/kk/9kku/9kku.log
• saxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/kk/9kku/9kku_saxs_profile.png

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/kk/9kku/9kku.fit
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