9kvk

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with three-nAb 8H12, 3E2 and 1C4

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 104.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kvk
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with three-nAb 8H12, 3E2 and 1C4
关键词 keywords	SARS-CoV-2, Neutralizing antibody, Cryo-EM, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.00 Å
零角强度 I(0) i0	152487000.00
分子量 molecular_weight	96688.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120170 Å³
包络体积 envelope_volume	156100 Å³
水化壳体积 shell_volume	40796 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.68 Å
包络 Rg envelope_rg	31.80 Å
形状 Rg shape_rg	31.92 Å
总 Rg total_rg	32.79 Å
总原子数 total_atoms	6803
残基数 n_residues	870
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	152500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9013
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.496
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	25610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.902

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Light chain of nAb 3E2
分子量 formula_weight	11203.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	6803

QIVLTQSPAIMSASLGEEITLTCSVSSSVSDMHWYQQKSGTSPKVFIYSTSNLASGVPSRFSGSGSGTFYSLTISSVEAEDAAYYYCHQWSSWTFGGGTKLEIK

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of nAb 3E2
分子量 formula_weight	13105.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVMLVESGGGVVKPGGSLKLSCAASGFSFSTYAMSWIRQTPEKSLEWVAAISSGGTNTYYPGSVKGRFTISRDKAMNTLYLQLSSLRSEDTAMYYCVRHSGNYVDSVMDYWGQGTSVTVSS

Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of nAb 8H12
分子量 formula_weight	11945.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIVMTQFQKFMSTSVGDRVSITCKASQNVRTAVAWYQQKPGQSPKAMIYLASNRHRGVPDRFTGSGCGTDFTLTISNVQCEDLADYFCLQHRNYPLTFGGGTKLEIK

Entity 4 polymer

描述 description	Heavy chain of nAb 8H12
分子量 formula_weight	13153.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EVKLEESGGGLVQPGGSMKLSCAASGFTFSDAWMDWVRQSPEKGLEWVAQIRRKANNHATYYAESVKGRFTISRDDSKSSVYLQMNSLRAEDTGIYYCIRGMTYAMDFWGQGTSVTVS

Entity 5 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	21776.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

TNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCG

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	Light chain of nAb 8H12
分子量 formula_weight	11642.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

DIVLTQSPATLSVTPGDNVSLSCRASQIISNNLHWYQQKSHESPRLLIKYASQSISGIPSRFSGSGSGTDFTLSINSVETEDFGMYFCQQSNTWPLTCGSGTKLELN

Entity 7 polymer

描述 description	Heavy chain of nAb 8H12
分子量 formula_weight	13384.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYTFTDYGLNWVKQAPGKGLKWMGWINTYSGEPTYNDEFRGRFAFSLETSTITAYLKINNLKNEDTATYFCARGGNWDWYFDVWGAGTTVTVSS

Entity 8 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.44 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90363

fit	/app/data/saxs_computation/kv/9kvk/9kvk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kv/9kvk/9kvk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kv/9kvk/9kvk.dat

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with three-nAb 8H12, 3E2 and 1C4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)