9le7

Coordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana C4S4M4-type PSII supercomplex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 303.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9le7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9le7
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9le7
沉积日期 deposition_date2025-01-07
结构标题 titleCoordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana C4S4M4-type PSII supercomplex
关键词 keywordsphotosystem, PLANT PROTEIN, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron118.20
零角强度 I(0) i034644400000.00
分子量 molecular_weight2059200.0 kDa
排除体积 excluded_volume2745100 ų
包络体积 envelope_volume4105700 ų
水化壳体积 shell_volume283920 ų
包络直径 envelope_diameter402.1
壳层 Rg shell_rg110.50
包络 Rg envelope_rg115.00
形状 Rg shape_rg118.30
总 Rg total_rg118.10
总原子数 total_atoms146846
残基数 n_residues13676
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax303.7
Rg (实空间) rg_real112.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real3.3220e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1490e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal112.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33910000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9084
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary116.8
偏度 Skewness skewness0.144
峰度 Kurtosis kurtosis-0.837
角度范围 angular_range— – 0.0650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.7202
最高正则化参数 α highest_alpha1373000000.0000
实空间数据点数 n_real_points14
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.993; Stabil: 0.981; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.891; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (38)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)