9lk4

Cryo-EM structure of Lhcb4.1-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 267.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9lk4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9lk4
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9lk4
沉积日期 deposition_date2025-01-16
结构标题 titleCryo-EM structure of Lhcb4.1-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
关键词 keywordsPhotosystem II, light harvesting, photoacclimation, stress-induced antennae, cryo-EM, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier73.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron74.60
零角强度 I(0) i08564470000.00
分子量 molecular_weight987270.0 kDa
排除体积 excluded_volume1308900 ų
包络体积 envelope_volume1724800 ų
水化壳体积 shell_volume191930 ų
包络直径 envelope_diameter282.6
壳层 Rg shell_rg73.76
包络 Rg envelope_rg75.29
形状 Rg shape_rg74.70
总 Rg total_rg74.07
总原子数 total_atoms70366
残基数 n_residues6872
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax267.5
Rg (实空间) rg_real77.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.63
I(0) (实空间) i0_real8.6240e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5390e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal72.85
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8542000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8498
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary76.4
偏度 Skewness skewness0.682
峰度 Kurtosis kurtosis0.146
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.0300
最高正则化参数 α highest_alpha1230000000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.705; Stabil: 0.864; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.375

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (37)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)