9lh2

Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (Delta) in complex with pH-dependent nanobody MNb-11.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lh2
沉积日期 deposition_date	2025-01-11
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (Delta) in complex with pH-dependent nanobody MNb-11.
关键词 keywords	Complex, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.31 Å
零角强度 I(0) i0	90254800.00
分子量 molecular_weight	73504.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91153 Å³
包络体积 envelope_volume	117780 Å³
水化壳体积 shell_volume	33347 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.49 Å
包络 Rg envelope_rg	30.02 Å
形状 Rg shape_rg	30.24 Å
总 Rg total_rg	31.10 Å
总原子数 total_atoms	5218
残基数 n_residues	650
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8991
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.298
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.951

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	24573.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5508

VQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSKPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	MNb-11
分子量 formula_weight	15195.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFNRYAMSWVRQAPGKGREWVSGIYSDGSETYYTESVKGRFTISRDNAKNMLYLQMNSLKPEDTALYYCAKDHHAHEDHFNSGFDRKYDYWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	290

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.135 Å
晶胞边长 b length_b	82.135 Å
晶胞边长 c length_c	292.615 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	49.900 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2357

fit	/app/data/saxs_computation/lh/9lh2/9lh2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lh/9lh2/9lh2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lh/9lh2/9lh2.dat

Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (Delta) in complex with pH-dependent nanobody MNb-11.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)