9lq3

Crystal structure of Linafexor-FXR complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bile acid receptor

Homo sapiens

UniProt Q96RI1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 258–485 未记录 Nuclear receptor coactivator 2 × 1 (Q15596) A1ELK Linafexor × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;291 K;0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% Polyethylene glycol 3,350 分辨率 2.80 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、136 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR1H4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–228; UniProt 258–485

Nuclear receptor coactivator 2

Homo sapiens

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 687–697 未记录 Bile acid receptor × 1 (Q96RI1) A1ELK Linafexor × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;291 K;0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% Polyethylene glycol 3,350 分辨率 2.80 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 283 个其他 PDB 条目、334 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–11; UniProt 687–697

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9lq3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9lq3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9lq3
沉积日期 deposition_date2025-01-27
结构标题 titleCrystal structure of Linafexor-FXR complex
关键词 keywordsBile acid receptor, nonbile acid agonist, Linafexor, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.65
零角强度 I(0) i023698400.00
分子量 molecular_weight25166.0 kDa
排除体积 excluded_volume24506 ų
包络体积 envelope_volume39421 ų
水化壳体积 shell_volume18550 ų
包络直径 envelope_diameter62.5
壳层 Rg shell_rg23.92
包络 Rg envelope_rg17.88
形状 Rg shape_rg17.64
总 Rg total_rg18.38
总原子数 total_atoms1907
残基数 n_residues235
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.1
Rg (实空间) rg_real18.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real2.3700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8137
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.5
偏度 Skewness skewness0.194
峰度 Kurtosis kurtosis-0.375
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6297000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)