9lsh

Cryo-EM structure of the wild-type diabody complex (CitS-diabody #1-TLR3)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 171.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lsh
沉积日期 deposition_date	2025-02-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of the wild-type diabody complex (CitS-diabody #1-TLR3)
关键词 keywords	;Disulfide-bridged diabody, cryo-electron microscopy (cryo-EM), small protein imaging, structural marker, antibody engineering, protein nanotechnology, STRUCTURAL PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.28 Å
零角强度 I(0) i0	616311000.00
分子量 molecular_weight	217820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	277180 Å³
包络体积 envelope_volume	420470 Å³
水化壳体积 shell_volume	65999 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.0 Å
壳层 Rg shell_rg	53.38 Å
包络 Rg envelope_rg	55.11 Å
形状 Rg shape_rg	56.23 Å
总 Rg total_rg	56.34 Å
总原子数 total_atoms	15343
残基数 n_residues	1981
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.4 Å
Rg (实空间) rg_real	55.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	615500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5889
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.475
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.606
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 0.995; Sysdev: 0.041; Positv: 1.000; Valcen: 0.860; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Citrate/sodium symporter
分子量 formula_weight	47592.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15343

MTNMSQPPATEKKGVSDLLGFKIFGMPLPLYAFALITLLLSHFYNALPTDIVGGFAIMFIIGAIFGEIGKRLPIFNKYIGGAPVMIFLVAAYFVYAGIFTQKEIDAISNVMDKSNFLNLFIAVLITGAILSVNRRLLLKSLLGYIPTILMGIVGASIFGIAIGLVFGIPVDRIMMLYVLPIMGGGNGAGAVPLSEIYHSVTGRSREEYYSTAIAILTIANIFAIVFAAVLDIIGKKHTWLSGEGELVRKASFKVEEDEKTGQITHRETAVGLVLSTTCFLLAYVVAKKILPSIGGVAIHYFAWMVLIVAALNASGLCSPEIKAGAKRLSDFFSKQLLWVLMVGVGVCYTDLQEIINAITFANVVIAAIIVIGAVLGAAIGGWLMGFFPIESAITAGLCMANRGGSGDLEVLSACNRMNLISYAQISSRLGGGIVLVIASIVFGMMI

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Toll-like receptor 3
分子量 formula_weight	103946.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MRQTLPCIYFWGGLLPFGMLCASSTTKCTVSHEVADCSHLKLTQVPDDLPTNITVLNLTHNQLRRLPAANFTRYSQLTSLDVGFNTISKLEPELCQKLPMLKVLNLQHNELSQLSDKTFAFCTNLTELHLMSNSIQKIKNNPFVKQKNLITLDLSHNGLSSTKLGTQVQLENLQELLLSNNKIQALKSEELDIFANSSLKKLELSSNQIKEFSPGCFHAIGRLFGLFLNNVQLGPSLTEKLCLELANTSIRNLSLSNSQLSTTSNTTFLGLKWTNLTMLDLSYNNLNVVGNDSFAWLPQLEYFFLEYNNIQHLFSHSLHGLFNVRYLNLKRSFTKQSISLASLPKIDDFSFQWLKCLEHLNMEDNDIPGIKSNMFTGLINLKYLSLSNSFTSLRTLTNETFVSLAHSPLHILNLTKNKISKIESDAFSWLGHLEVLDLGLNEIGQELTGQEWRGLENIFEIYLSYNKYLQLTRNSFALVPSLQRLMLRRVALKNVDSSPSPFQPLRNLTILDLSNNNIANINDDMLEGLEKLEILDLQHNNLARLWKHANPGGPIYFLKGLSHLHILNLESNGFDEIPVEVFKDLFELKIIDLGLNNLNTLPASVFNNQVSLKSLNLQKNLITSVEKKVFGPAFRNLTELDMRFNPFDCTCESIAWFVNWINETHTNIPELSSHYLCNTPPHYHGFPVRLFDTSSCKDSAPFELFFMINTSILLIFIFIVLLIHFEGWRISFYWNVSVHRVLGFKEIDRQTEQFEYAAYIIHAYKDKDWVWEHFSSMEKEDQSLKFCLEERDFEAGVFELEAIVNSIKRSRKIIFVITHHLLKDPLCKRFKVHHAVQQAIEQNLDSIILVFLEEIPDYKLNHALCLRRGMFKSHCILNWPVQKERIGAFRHKLQVALGSKNSVH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Diabody (CitS VH-TLR3 VL)
分子量 formula_weight	27135.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFRNSAMHWVRQAPGKGLEWVSSIWYSGSNTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLTAEDTAVYYCARFAGGWGAYDVWGQGTLVTVSSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSIGLYLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGNTLSYTFGQGTKVEIKPWLVPRGSHHHHHHSGGGGSGGGGS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Diabody (TLR3 VH-CitS VL)
分子量 formula_weight	28436.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GGGGSGGGGLVPRGSPGEVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTNYWVGWVRQMPGKGLEWMGFIDPSDSYTNYADSVKGRFTISADKSISTAYLQMNSLTASDTAMYYCARELYQGYMDTFDSWGQGTLVTVSSGGGGSDIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSNYLAWYQQKPGQAPRLLIYDSSSRATGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCHQYSDISPTFGQGTKVEIKSGRLVPRGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	627.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	203935

fit	/app/data/saxs_computation/ls/9lsh/9lsh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ls/9lsh/9lsh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ls/9lsh/9lsh.dat

Cryo-EM structure of the wild-type diabody complex (CitS-diabody #1-TLR3)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)