9lv1

Crystal structure of H1 Haemagglutinin HN/18 from Influenza A virus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lv1
沉积日期 deposition_date	2025-02-11
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Crystal structure of H1 Haemagglutinin HN/18 from Influenza A virus
关键词 keywords	Influenza virus, Haemagglutinin, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.65 Å
零角强度 I(0) i0	410026000.00
分子量 molecular_weight	161960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	201130 Å³
包络体积 envelope_volume	269340 Å³
水化壳体积 shell_volume	56269 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.79 Å
包络 Rg envelope_rg	40.72 Å
形状 Rg shape_rg	40.65 Å
总 Rg total_rg	40.85 Å
总原子数 total_atoms	11400
残基数 n_residues	1425
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.2 Å
Rg (实空间) rg_real	41.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	410000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8384
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	41820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.425

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	35759.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A,C
原子数 atom_count	11635

DTICVGYHANNSTDTVDTILEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCSLNGKIPLQLGNCNVAGWILGNPKCDLLLTANSWSYIIETSNSKNGACYPGEFADYEELKEQLSTVSSFERFEIFPKATSWPNHDTTRGTTVSCSHSGANSFYRNLLWIVKKGNSYPKLSKSYTNNKGKEVLVIWGVHHPPTDSDQQTLYQNNNTYVSVGSTKYYKRFTPEIVARPKVREQAGRMNYYWTLLDQGDTITFEATGNLIAPWHAFALKKGSSSGIMRSDAQVHNCTTKCQTPHGALKGNLPFQNVHPVTIGKCPKYVKSTQLRLATGLRNI

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	17565.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B,D

GAIAGFIEGGWTGMVDGWYGYHHRNEQGSGYAADQKSTQIAIDGISNKVNSVIEKMNIQFTSVGKEFNSLEKRMENLNKKVDDGFLDVWTYNAELLILLENERTLDFHDLNVKNLYEKVKSQLRNNAKEIGNGCFEFYHKCDNECMESVKNGTY

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	235

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.339 Å
晶胞边长 b length_b	79.603 Å
晶胞边长 c length_c	121.806 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.2634
R_work r_work	0.2625
R_free r_free	0.2801

fit	/app/data/saxs_computation/lv/9lv1/9lv1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lv/9lv1/9lv1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lv/9lv1/9lv1.dat

Crystal structure of H1 Haemagglutinin HN/18 from Influenza A virus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)