9lv3

Crystal structure of mutant H1 Haemagglutinin HN/18-HA FPP from Influenza A virus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 178.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lv3
沉积日期 deposition_date	2025-02-11
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Crystal structure of mutant H1 Haemagglutinin HN/18-HA FPP from Influenza A virus
关键词 keywords	Influenza virus, Haemagglutinin, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.23 Å
零角强度 I(0) i0	1577430000.00
分子量 molecular_weight	325680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	404620 Å³
包络体积 envelope_volume	585470 Å³
水化壳体积 shell_volume	91639 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.1 Å
壳层 Rg shell_rg	57.37 Å
包络 Rg envelope_rg	50.73 Å
形状 Rg shape_rg	52.23 Å
总 Rg total_rg	52.36 Å
总原子数 total_atoms	22926
残基数 n_residues	2862
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	178.3 Å
Rg (实空间) rg_real	52.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1578000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5876
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.131
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.645
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	223600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.007; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	35759.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,K,A,C,E
原子数 atom_count	22926

DTICIGYHANNSTDTVDTILEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCSLNGKIPLQLGNCNVAGWILGNPKCDLLLTANSWSYIIETSNSKNGACYPGEFADYEELKEQLSTVSSFERFEIFPKATSWPNHDTTRGTTVSCSHSGANSFYRNLLWIVKKGNSYPKLSKSYTNNKGKEVLVIWGVHHPPTDSDQQTLYQNNNTYVSVGSTKYYKRFTPEIVARPKVREQAGRMNYYWTLLDQGDTITFEATGNLIAPWHAFALKKGSSSGIMRSDAQVHNCTTKCQTPHGALKGNLPFQNVHPVTIGKCPKYVKSTQLRLATGLRNV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	17800.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J,L,B,D,F

LFGAIAGFIEGGWTGMVDGWYGYHHRNEQGSGYAADLKSTQIAIDGISNKVNSVIEKMNIQFTSVGKEFNSLEKRMENLNKKVDDGFLDVWTYNAELLILLENERTLDYHDSNVKNLYEKVKSQLRNNAKEIGNGCFEFYHKCDNECMESVKNGTY

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.782 Å
晶胞边长 b length_b	251.367 Å
晶胞边长 c length_c	113.103 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	43.610 Å
R 因子 r_factor	0.2349
R_work r_work	0.2339
R_free r_free	0.2534

fit	/app/data/saxs_computation/lv/9lv3/9lv3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lv/9lv3/9lv3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lv/9lv3/9lv3.dat

Crystal structure of mutant H1 Haemagglutinin HN/18-HA FPP from Influenza A virus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)