9ly8

Cryo-EM structure of carboxysomal midi-shell: T=9 shell under C1 symmetry

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 354.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ly8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ly8
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9ly8
沉积日期 deposition_date2025-02-19
最后修订 last_revision2025-12-31
结构标题 titleCryo-EM structure of carboxysomal midi-shell: T=9 shell under C1 symmetry
关键词 keywordsCarboxysome, shell, Icosahedron, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron159.60
零角强度 I(0) i0469829000000.00
分子量 molecular_weight5752000.0 kDa
排除体积 excluded_volume7171000 ų
包络体积 envelope_volume21051000 ų
水化壳体积 shell_volume1124200 ų
包络直径 envelope_diameter374.9
壳层 Rg shell_rg173.70
包络 Rg envelope_rg133.10
形状 Rg shape_rg159.60
总 Rg total_rg159.70
总原子数 total_atoms403140
残基数 n_residues56100
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax354.1
Rg (实空间) rg_real159.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real4.6740e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1550e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal260.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1033000000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8066
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary283.2
偏度 Skewness skewness-0.512
峰度 Kurtosis kurtosis-0.622
角度范围 angular_range— – 0.0500 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.4700
最高正则化参数 α highest_alpha56420000000000.0000
实空间数据点数 n_real_points11
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 0.970; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (3)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)