9ly9

Cryo-EM structure of carboxysomal mid-shell: T = 16 shell under C1 symmetry.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 490.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ly9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ly9
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9ly9
沉积日期 deposition_date2025-02-19
最后修订 last_revision2025-12-31
结构标题 titleCryo-EM structure of carboxysomal mid-shell: T = 16 shell under C1 symmetry.
关键词 keywordsCarboxysome, shell, icosahedron, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron214.90
零角强度 I(0) i01476100000000.00
分子量 molecular_weight10217000.0 kDa
排除体积 excluded_volume12742000 ų
包络体积 envelope_volume48618000 ų
水化壳体积 shell_volume1956000 ų
包络直径 envelope_diameter498.0
壳层 Rg shell_rg228.80
包络 Rg envelope_rg175.90
形状 Rg shape_rg214.90
总 Rg total_rg215.00
总原子数 total_atoms716166
残基数 n_residues99978
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax490.8
Rg (实空间) rg_real215.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real1.4650e+12
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7990e+10
Rg (倒空间) rg_reciprocal183.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal572700000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8833
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary350.6
偏度 Skewness skewness-0.506
峰度 Kurtosis kurtosis-0.664
角度范围 angular_range— – 0.0350 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.7540
最高正则化参数 α highest_alpha15740000000000.0000
实空间数据点数 n_real_points8
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.126; Oscil: 0.869; Stabil: 0.974; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (3)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)