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9ma0

Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 4A11

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 108.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein GP350

Human herpesvirus 4 strain B95-8

UniProt P03200

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–470 未记录 4A11 heavy chain × 1 4A11 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.33 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9MA0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8SGN Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy651H02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine 提交 2023-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–425（425 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 23 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.72M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.237
8SIC Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine 提交 2023-04-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–425（425 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；18% PEG 8000, 0.22 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.76 Å R-free 0.295
8SIC Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine 提交 2023-04-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–425（425 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；18% PEG 8000, 0.22 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.76 Å R-free 0.295
8SM0 Crystal structure of human complement receptor 2 (CD21) in complex with Epstein-Barr virus major glycoprotein gp350 提交 2023-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–425（425 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.60M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.5% GLYCEROL, 0.1M SODIUM ACETATE PH5.5
分辨率 1.68 Å R-free 0.241
8SM1 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANTIBODY 769A9 IN COMPLEX WITH EPSTEIN-BARR VIRUS MAJOR GLYCOPROTEIN GP350 提交 2023-04-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–425（425 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.60M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.5% GLYCEROL, 0.1M SODIUM ACETATE PH5.5
分辨率 3.29 Å R-free 0.298
9MA7 Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 1A12 and 1H5 and non-neutralizing antibody 2E9 提交 2025-03-14 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–470（470 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.14 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GP350_EBVB9
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–470； UniProt 1–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ma0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ma0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ma0
沉积日期 deposition_date2025-03-13
结构标题 titleCryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 4A11
关键词 keywords;Envelope glycoprotein GP350, Membrane antigen (MA), neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.48 Å
零角强度 I(0) i082431500.00
分子量 molecular_weight70840.0 kDa
排除体积 excluded_volume88241 ų
包络体积 envelope_volume121960 ų
水化壳体积 shell_volume33901 ų
包络直径 envelope_diameter115.3 Å
壳层 Rg shell_rg36.60 Å
包络 Rg envelope_rg31.29 Å
形状 Rg shape_rg31.46 Å
总 Rg total_rg32.02 Å
总原子数 total_atoms4989
残基数 n_residues650
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.2 Å
Rg (实空间) rg_real31.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real8.2430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal82430000.0000
解质量估计 total_estimate0.8664
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.5 Å
偏度 Skewness skewness0.471
峰度 Kurtosis kurtosis-0.282
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29110000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.932; Smooth: 0.835
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)