9me3

;Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound P301390 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 63.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9me3
沉积日期 deposition_date	2024-12-06
结构标题 title	;Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound P301390 ;
关键词 keywords	inhibitor, kinase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.48 Å
零角强度 I(0) i0	16100200.00
分子量 molecular_weight	30379.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37979 Å³
包络体积 envelope_volume	43334 Å³
水化壳体积 shell_volume	19453 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.09 Å
包络 Rg envelope_rg	18.82 Å
形状 Rg shape_rg	18.44 Å
总 Rg total_rg	19.57 Å
总原子数 total_atoms	4174
残基数 n_residues	265
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.5 Å
Rg (实空间) rg_real	19.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6600
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.251
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.338
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0059
最高正则化参数 α highest_alpha	6556000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.630 Å
晶胞边长 b length_b	107.630 Å
晶胞边长 c length_c	45.276 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	19.340 Å
R 因子 r_factor	0.2281
R_work r_work	0.2248
R_free r_free	0.2879

描述 description	Tyrosine-protein kinase BTK
分子量 formula_weight	31821.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
突变 mutation	K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S,Y617P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4193

;Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound P301390 ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
分子量 formula_weight	303.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/me/9me3/9me3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/me/9me3/9me3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/me/9me3/9me3.dat