9mhg

Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 × 1 （Q8NEB9） Beclin 1-associated autophagy-related key regulator × 1 （Q6ZNE5） Beclin-1 × 1 （Q14457） Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PI3R4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–1358； UniProt 2–1358

Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

Homo sapiens

UniProt Q8NEB9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 × 1 （Q99570） Beclin 1-associated autophagy-related key regulator × 1 （Q6ZNE5） Beclin-1 × 1 （Q14457） Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PK3C3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–887； UniProt 1–887

Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

Homo sapiens

UniProt Q6ZNE5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 × 1 （Q99570） Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 × 1 （Q8NEB9） Beclin-1 × 1 （Q14457） Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAKOR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–492； UniProt 1–492

Beclin-1

Homo sapiens

UniProt Q14457

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 × 1 （Q99570） Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 × 1 （Q8NEB9） Beclin 1-associated autophagy-related key regulator × 1 （Q6ZNE5） Ras-related protein Rab-1A × 1 （P62820） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BECN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–450； UniProt 1–450

Ras-related protein Rab-1A

Homo sapiens

UniProt P62820

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 × 1 （Q99570） Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 × 1 （Q8NEB9） Beclin 1-associated autophagy-related key regulator × 1 （Q6ZNE5） Beclin-1 × 1 （Q14457） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 22–226； UniProt 1–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mhg
沉积日期 deposition_date	2024-12-11
结构标题 title	Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation
关键词 keywords	Complex, GTPase, GTP-binding, Autophagy, Kinase, Lipid Kinase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9mhg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9mhg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9mhg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.74 Å
Rg（电子密度）	63.09 Å
总 Rg	63.02 Å
原子数	22624
残基数	2795
排除体积	403790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9mhg__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
分子量 formula_weight	158808.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	22624

MGNQLAGIAPSQILSVESYFSDIHDFEYDKSLGSTRFFKVARAKHREGLVVVKVFAIQDPTLPLTSYKQELEELKIRLNSAQNCLPFQKASEKASEKAAMLFRQYVRDNLYDRISTRPFLNNIEKRWIAFQILTAVDQAHKSGVRHGDIKTENVMVTSWNWVLLTDFASFKPTYLPEDNPADFNYFFDTSRRRTCYIAPERFVDGGMFATELEYMRDPSTPLVDLNSNQRTRGELKRAMDIFSAGCVIAELFTEGVPLFDLSQLLAYRNGHFFPEQVLNKIEDHSIRELVTQMIHREPDKRLEAEDYLKQQRGNAFPEIFYTFLQPYMAQFAKETFLSADERILVIRKDLGNIIHNLCGHDLPEKAEGEPKENGLVILVSVITSCLQTLKYCDSKLAALELILHLAPRLSVEILLDRITPYLLHFSNDSVPRVRAEALRTLTKVLALVKEVPRNDINIYPEYILPGIAHLAQDDATIVRLAYAENIALLAETALRFLELVQLKNLNMENDPNNEEIDEVTHPNGNYDTELQALHEMVQQKVVTLLSDPENIVKQTLMENGITRLCVFFGRQKANDVLLSHMITFLNDKNDWHLRGAFFDSIVGVAAYVGWQSSSILKPLLQQGLSDAEEFVIVKALYALTCMCQLGLLQKPHVYEFASDIAPFLCHPNLWIRYGAVGFITVVARQISTADVYCKLMPYLDPYITQPIIQIERKLVLLSVLKEPVSRSIFDYALRSKDITSLFRHLHMRQKKRNGSLPDCPPPEDPAIAQLLKKLLSQGMTEEEEDKLLALKDFMMKSNKAKANIVDQSHLHDSSQKGVIDLAALGITGRQVDLVKTKQEPDDKRARKHVKQDSNVNEEWKSMFGSLDPPNMPQALPKGSDQEVIQTGKPPRSESSAGICVPLSTSSQVPEVTTVQNKKPVIPVLSSTILPSTYQIRITTCKTELQQLIQQKREQCNAERIAKQMMENAEWESKPPPPGWRPKGLLVAHLHEHKSAVNRIRVSDEHSLFATCSNDGTVKIWNSQKMEGKTTTTRSILTYSRIGGRVKTLTFCQGSHYLAIASDNGAVQLLGIEASKLPKSPKIHPLQSRILDQKEDGCVVDMHHFNSGAQSVLAYATVNGSLVGWDLRSSSNAWTLKHDLKSGLITSFAVDIHQCWLCIGTSSGTMACWDMRFQLPISSHCHPSRARIRRLSMHPLYQSWVIAAVQGNNEVSMWDMETGDRRFTLWASSAPPLSELQPSPHSVHGIYCSPADGNPILLTAGSDMKIRFWDLAYPERSYVVAGSTSSPSVSYYRKIIEGTEVVQEIQNKQKVGPSDDTPRRGPESLPVGHHDIITDVATFQTTQGFIVTASRDGIVKVWKGTENLYFQSGMAAWSHPQFEKGGGARGGSGGGSWSHPQFEKGFDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
分子量 formula_weight	101680.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.137
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGEAEKFHYIYSCDLDINVQLKIGSLEGKREQKSYKAVLEDPMLKFSGLYQETCSDLYVTCQVFAEGKPLALPVRTSYKAFSTRWNWNEWLKLPVKYPDLPRNAQVALTIWDVYGPGKAVPVGGTTVSLFGKYGMFRQGMHDLKVWPNVEADGSEPTKTPGRTSSTLSEDQMSRLAKLTKAHRQGHMVKVDWLDRLTFREIEMINESEKRSSNFMYLMVEFRCVKCDDKEYGIVYYEKDGDESSPILTSFELVKVPDPQMSMENLVESKHHKLARSLRSGPSDHDLKPNAATRDQLNIIVSYPPTKQLTYEEQDLVWKFRYYLTNQEKALTKFLKCVNWDLPQEAKQALELLGKWKPMDVEDSLELLSSHYTNPTVRRYAVARLRQADDEDLLMYLLQLVQALKYENFDDIKNGLEPTKKDSQSSVSENVSNSGINSAEIDSSQIITSPLPSVSSPPPASKTKEVPDGENLEQDLCTFLISRACKNSTLANYLYWYVIVECEDQDTQQRDPKTHEMYLNVMRRFSQALLKGDKSVRVMRSLLAAQQTFVDRLVHLMKAVQRESGNRKKKNERLQALLGDNEKMNLSDVELIPLPLEPQVKIRGIIPETATLFKSALMPAQLFFKTEDGGKYPVIFKHGDDLRQDQLILQIISLMDKLLRKENLDLKLTPYKVLATSTKHGFMQFIQSVPVAEVLDTEGSIQNFFRKYAPSENGPNGISAEVMDTYVKSCAGYCVITYILGVGDRHLDNLLLTKTGKLFHIDFGYILGRDPKPLPPPMKLNKEMVEGMGGTQSEQYQEFRKQCYTAFLHLRRYSNLILNLFSLMVDANIPDIALEPDKTVKKVQDKFRLDLSDEEAVHYMQSLIDESVHALFAAVVEQIHKFAQYWRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
分子量 formula_weight	55387.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MASPSGKGARALEAPGCGPRPLARDLVDSVDDAEGLYVAVERCPLCNTTRRRLTCAKCVQSGDFVYFDGRDRERFIDKKERLSRLKSKQEEFQKEVLKAMEGKWITDQLRWKIMSCKMRIEQLKQTICKGNEEMEKNSEGLLKTKEKNQKLYSRAQRHQEKKEKIQRHNRKLGDLVEKKTIDLRSHYERLANLRRSHILELTSVIFPIEEVKTGVRDPADVSSESDSAMTSSTVSKLAEARRTTYLSGRWVCDDHNGDTSISITGPWISLPNNGDYSAYYSWVEEKKTTQGPDMEQSNPAYTISAALCYATQLVNILSHILDVNLPKKLCNSEFCGENLSKQKFTRAVKKLNANILYLCFSQHVNLDQLQPLHTLRNLMYLVSPSSEHLGRSGPFEVRADLEESMEFVDPGVAGESDESGDERVSDEETDLGTDWENLPSPRFCDIPSQSVEVSQSQSTQASPPIASSSAGGMISSAAASVTSWFKAYTGHR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Beclin-1
分子量 formula_weight	51953.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MEGSKTSNNSTMQVSFVCQRCSQPLKLDTSFKILDRVTIQELTAPLLTTAQAKPGETQEEETNSGEEPFIETPRQDGVSRRFIPPARMMSTESANSFTLIGEASDGGTMENLSRRLKVTGDLFDIMSGQTDVDHPLCEECTDTLLDQLDTQLNVTENECQNYKRCLEILEQMNEDDSEQLQMELKELALEEERLIQELEDVEKNRKIVAENLEKVQAEAERLDQEEAQYQREYSEFKRQQLELDDELKSVENQMRYAQTQLDKLKKTNVFNATFHIWHSGQFGTINNFRLGRLPSVPVEWNEINAAWGQTVLLLHALANKMGLKFQRYRLVPYGNHSYLESLTDKSKELPLYCSGGLRFFWDNKFDHAMVAFLDCVQQFKEEVEKGETRFCLPYRMDVEKGKIEDTGGSGGSYSIKTQFNSEEQWTKALKFMLTNLKWGLAWVSSQFYNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-1A
分子量 formula_weight	25206.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	Q70L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MKSSHHHHHHENLYFQSNAMGMSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGLERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	161381

Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beclin 1-associated autophagy-related key regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beclin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ras-related protein Rab-1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9mhg__assembly_1__model_1

9mhg__assembly_1__model_1 | I(q)

9mhg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)