9ml9

Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-C9 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ml9
沉积日期 deposition_date	2024-12-18
最后修订 last_revision	2025-06-04
结构标题 title	Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-C9 Fab
关键词 keywords	immune system, neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.26 Å
零角强度 I(0) i0	78585900.00
分子量 molecular_weight	70192.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87805 Å³
包络体积 envelope_volume	113910 Å³
水化壳体积 shell_volume	32665 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.33 Å
包络 Rg envelope_rg	29.90 Å
形状 Rg shape_rg	30.22 Å
总 Rg total_rg	30.94 Å
总原子数 total_atoms	4944
残基数 n_residues	623
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	78580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8773
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.319
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9587000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.911; Smooth: 0.826

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	24004.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4967

RFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	SARS-CoV-2, 2019-nCoV, COVID-19 virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	M8b-C9 heavy chain
分子量 formula_weight	25015.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QSLEESGGDLVKPGTSLTLTCTASGFSFSHNYVMCWVRQAPGKGLECVACIYFGFGDTYYASWAKGRITISKTSSTTVTLQMTSLTAADTATYFCARALGYYIYGDAGDIYIADYFKLWGPGTLVTVSSGQPKAPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	M8b-C9 light chain
分子量 formula_weight	23560.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ADIVMTQTPASVEAAVGGTVTIKCQASQSISKYLAWYQQKPGQPPKLLIFEASTLESGVPSRFKGRGSGTEFTLTISDLECADAATYYCQGYYYSSHSYVFGGGTEVVVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.159 Å
晶胞边长 b length_b	127.194 Å
晶胞边长 c length_c	75.431 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	37.990 Å
R 因子 r_factor	0.2286
R_work r_work	0.2259
R_free r_free	0.2572

fit	/app/data/saxs_computation/ml/9ml9/9ml9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ml/9ml9/9ml9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ml/9ml9/9ml9.dat

Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-C9 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)