9mmu

M5 protein with Factor H 6-7 domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M protein, serotype 5

Streptococcus pyogenes str. Manfredo

UniProt P02977

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 94–175 链 B; UniProt 94–175 未记录 Complement factor H × 2 (P08603) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;PEG 6000, Ethylene glycol, Sodium Chloride 分辨率 2.25 Å R-free 0.287
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 94–175 链 F; UniProt 94–175 未记录 Complement factor H × 2 (P08603) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;PEG 6000, Ethylene glycol, Sodium Chloride 分辨率 2.25 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 M5_STRP5
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–86; UniProt 94–175 作者链 B; PDB构建体 5–86; UniProt 94–175 作者链 E; PDB构建体 5–86; UniProt 94–175 作者链 F; PDB构建体 5–86; UniProt 94–175

Complement factor H

Homo sapiens

UniProt P08603

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 321–443 链 D; UniProt 321–443 未记录 M protein, serotype 5 × 2 (P02977) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;PEG 6000, Ethylene glycol, Sodium Chloride 分辨率 2.25 Å R-free 0.287
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 321–443 链 H; UniProt 321–443 未记录 M protein, serotype 5 × 2 (P02977) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;PEG 6000, Ethylene glycol, Sodium Chloride 分辨率 2.25 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、74 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CFAH_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–125; UniProt 321–443 作者链 D; PDB构建体 3–125; UniProt 321–443 作者链 G; PDB构建体 3–125; UniProt 321–443 作者链 H; PDB构建体 3–125; UniProt 321–443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9mmu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9mmu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9mmu
沉积日期 deposition_date2024-12-20
结构标题 titleM5 protein with Factor H 6-7 domain
关键词 keywordscomplement evasion, M protein, Factor H, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.91
零角强度 I(0) i079589700.00
分子量 molecular_weight64325.0 kDa
排除体积 excluded_volume77109 ų
包络体积 envelope_volume122490 ų
水化壳体积 shell_volume30309 ų
包络直径 envelope_diameter136.3
壳层 Rg shell_rg39.96
包络 Rg envelope_rg34.46
形状 Rg shape_rg35.89
总 Rg total_rg36.26
总原子数 total_atoms4544
残基数 n_residues636
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.4
Rg (实空间) rg_real35.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.58
I(0) (实空间) i0_real7.9590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal79580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8690
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.5
偏度 Skewness skewness0.401
峰度 Kurtosis kurtosis-0.308
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3221000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.853; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)