SAXSdb — 9mq2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 其他聚合物 3	12G1 Heavy Chain Fab × 1 12G1 Light Chain Fab × 1 Hemagglutinin HA2 × 3 （A0AAX6NNL9） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8E4ZAK5_9INFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345 作者链 B； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345 作者链 C； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345

Hemagglutinin HA2

Influenza A virus

UniProt A0AAX6NNL9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 其他聚合物 3	Hemagglutinin HA1 × 3 （A0A8E4ZAK5） 12G1 Heavy Chain Fab × 1 12G1 Light Chain Fab × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAX6NNL9_9INFA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521 作者链 b； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521 作者链 c； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mq2
沉积日期 deposition_date	2025-01-01
结构标题 title	Cryo-EM map of H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1
关键词 keywords	;influenza, hemagglutinin, H5, monoclonal, complex, fab complex, viral fusion protein, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9mq2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9mq2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9mq2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.54 Å
Rg（电子密度）	44.32 Å
总 Rg	44.45 Å
原子数	13306
残基数	1640
排除体积	235260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9mq2__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1
分子量 formula_weight	39088.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	13312

MENIVLLLAIVNLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTHAQDILEKTHNGKLCDLNGVKPLILKDCSVAGWLLGNPMCDEFIRVPEWSYIVERDNPANDLCYPGSLNDYEELKHLLSRINHFEKILIIPKSSWPNHETSLGVSAACPYQGAPSFFRNVVWLIKKDDAYPTIKISYNNTNREDLLILWGIHHSNNAEEQTNLYKNPTTYISVGTSTLNQRLVPKIATRSQVNGQRGRMDFFWTILKPDDAIHFESNGNFIAPEYAYKIVKKGDSTIMKSGVEYGHCNTKCQTPVGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNKLVLATGLRNSPPREKRRKR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	12G1 Heavy Chain Fab
分子量 formula_weight	13480.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGDSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYVHYSGNTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTTMSRGPSLYYYYGLDVWGQGTTVT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	12G1 Light Chain Fab
分子量 formula_weight	12116.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLHSYGYIYLDWYLQKPGQSPQLLIYLGSDRASGIPDRFSGSGAGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQALQTPITFGQGTRLEI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2
分子量 formula_weight	25352.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c

GLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAIDGVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYYYPQYSEEARLKREEISGVGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGSENLYFQGGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.060 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	61353

Cryo-EM map of H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hemagglutinin HA2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9mq2__assembly_1__model_1

9mq2__assembly_1__model_1 | I(q)

9mq2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM map of H5 HA (A/Jiangsu/NJ210/2023) in complex with monoclonal fab 12G1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemagglutinin HA2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9mq2__assembly_1__model_1

9mq2__assembly_1__model_1 | I(q)

9mq2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)